尽管拉·甘地执政前期，改革似乎声势颇壮，政坛较以前有所清新，经济取得一定的发展，社会秩序略有好转。但随着改革的深入，各利益集团冲突加剧，遭遇的阻力越来越大。大约自第三个年头起，矛盾的碰撞逐渐激烈，革新的进展渐趋迟缓，甚至停滞，原先潜伏的危机重又泛起。

拉·甘地曾以清新、廉洁的形象，在1985年大选中赢得众多选票，但博福斯军火案的丑闻，最终令他形象大损。1986年3月，政府与瑞典博福斯军火公司达成一笔高达13亿美元的军火交易，印度购买400门155毫米的榴弹炮。1987年10月9日《印度教徒报》独家报道了来自瑞典国家审计局披露的消息，印度官员与国大党一些高层官员接受了博福斯公司近5 000万美元的回扣。反对党媒体更是将受贿矛头直指国大党和当时兼任国防部长的拉·甘地，并要他辞去总理职务，12个政党的一百多名议员甚至以集体辞职要挟。最后尽管查无实据，但漏洞颇多的军火交易丑闻仍长期被反对党和媒体大肆渲染，对拉·甘地的形象造成了难以挽回的影响。

拉·甘地此时在国大党和政府内部都遭到了层层矛盾的冲击。党内的元老派以原财政部长穆克吉为首，公开上书，全面攻击拉·甘地的方针政策，并指责他起用一些曾不忠于国大党的人担任要职。结果穆克吉及其追随者被开除出党，他们另组“国家社会主义国大党”。在政府内部同样存在着斗争。维·普·辛格曾在拉·甘地内阁中担任过两年的财政部长，期间他以严厉的手段深挖当时十分猖獗的“黑钱”。他在商界查处逃税和将资金非法转移到国外的行为，甚至不惜违反印度外汇管制法，雇佣美国费尔法团侦探公司，调查印度人在外国大银行的账户。这些行为遭到了企业界和商界大亨们的强烈不满。同时，由于辛格过于专制以及采取与法律相悖的措施，遭到舆论界的批评。拉·甘地在经济界和新闻界的压力下，1987年1月将维·普·辛格调任为国防部长。但辛格依旧坚持其反腐败的斗士形象。当有人揭发1981年印度购买联邦德国的舰艇有人从中受贿时，他又公开声明追查并组织了调查小组。因潜艇交易案可能将当时兼任国防部长的英·甘地牵涉进去，辛格的行为激怒了国大党，也引起拉·甘地的不满。维·普·辛格被迫辞职，后又被开除出国大党。

1987年国大党在一系列邦议会选举中失利，这使党内对拉·甘地的领导能力产生了信任危机。在1985年9月的旁遮普选举、1986年12月的阿萨姆和1987年2月的米佐拉姆的选举中，国大党都失败了，这或可说是在中央执政的国大党为顾全统一大局、采取缓和措施所致，那么1987年3月喀拉拉邦选举中败给印度共产党，失去了在南印度的最后一个邦，在西孟加拉选举中败给印共（马），6月在北印度印地语腹地的哈里亚纳邦议会选举中的惨败，以及在安得拉邦、卡纳塔克邦选举中的一败再败，致使国大党内的不满情绪急剧上升，拉·甘地的威信则降到了低点。

同时，拉·甘地推行的经济革新遭遇到了困难。他的一些改革措施使得既得利益集团受损，它们原先享有着许可证制度带来的排他性的垄断利润和控制着贷款。拉·甘地的新经济政策使他们的利益大大缩水，因此他们打着“社会主义”旗号，指责拉·甘地数典忘祖。下层民众作为社会的另一端，也对拉·甘地的新经济政策深感失望，因为改革的得利者主要是处于中产阶级的私营工商业者，而广大的下层民众却不得不承受着消费品价格的不断上涨。

民族矛盾、教派骚乱，这使拉·甘地政府在贯彻世俗主义方面的努力黯然失色。由于“旁遮普协议”达成后并没有有效执行，锡克教的极端分子借机发挥，直呼联邦政府为“骗子”。1987年1月26日，他们挑选印度共和国日的那一天，在金庙召集万人大会，焚烧了印度国旗，升起卡利斯坦旗帜，意图再掀起建立独立国运动。他们宣布在阿姆利则立国，在一些村镇创建了自己的政权。同时他们大肆鼓吹原教旨主义，冲击印度教徒的烟店、酒店、肉铺和理发店等，迫使大批印度教徒逃离旁遮普。7月中央政府不得不对旁遮普实行总统治理并向金庙发起代号为“霹雳行动”的军事进攻。

此时，廓尔喀人也提出自治的要求。廓尔喀人中世纪时为尼泊尔西北山区的部族，早先以打猎为生，也常常出山抢劫。18世纪突然兴盛，向东扩展，打败当时统治尼泊尔的马拉人，取而代之，至今仍为尼泊尔的统治者。廓尔喀人有一部分移民印度，此时他们在廓尔喀民族解放阵线的领导下，要求以尼泊尔语为根据单独建邦，一时闹得风风雨雨。

印度教的教派主义势力同样对世俗主义国策发起挑战，他们以“振奋印度教”为旗帜，兴起排他性的教旨主义活动。他们结成“同盟家族”，形成一股合力。“同盟家族”主要由印度人民党、国民志愿团、印度教大会及三者众多附属组织组成。80年代“同盟家族”的活动非常广泛，他们号召印度教徒团结起来，弘扬传统文化的精神价值。他们为达到印度教社会的紧密性和团结，倡导破除印度教的一些旧规陋习，宣扬消除种姓差别、包括对原贱民的歧视，主张不分语言、教派，一起参加宗教仪式，增强印度教统一的意识，并对其他宗教教派的“进攻”采取自卫行动。其中尤以印度人民党最为活跃，它作为有着印度教教派主义和民族主义浓厚色彩的一个政党，提出了自己的政治、经济纲领，确立了建立“一个国家、一个民族、一种文化”的目标。就在印度教教派主义掀起的一系列集会和活动中，一部分激进分子煽起了狂热的宗教情绪，尤其是策划恢复中世纪曾被穆斯林改建为清真寺的印度教圣地，最终酿成了两大教派间的流血冲突。

印度人民党领导的阿约迪亚运动，在80年代后半叶至90年代初，造成了印度社会的一次大动乱。阿约迪亚是北方邦的一个小镇，据传那儿是印度教罗摩大神的诞生地并且有一座罗摩神庙。1528年巴卑尔的军队占领了这座小镇后，摧毁了罗摩庙，并在原址建起了后以巴卑尔的名字命名的巴布里清真寺。1949年12月，曾有一批印度教徒夜闯清真寺，把罗摩神及另一些印度教神像安放寺内，引起两教间的激烈冲突。该年12月当地法院下令关闭了清真寺。此后穆斯林要求移走印度教偶像，恢复清真寺原貌，但此案一直被搁置。1986年2月，以世界印度教大会为首的一些印度教社团，强烈要求开放清真寺，以便他们崇拜这原来的印度教圣地，这一要求获得地方法官允准，声称两教信徒均可入寺崇尚己神。这一糟糕决定势必造成宗教磨擦。拉·甘地明知会引起尖锐冲突，但为了不得罪印度教徒，态度暧昧，未予干涉。这一行为令穆斯林大失所望，也受到各方的指责和抨击。

拉·甘地的威望正处下降通道之中，大选的日期却正在逼近。为避免局势更加不利，国大党决定提前几个星期进行大选。

第九届人民院选举在1989年11月22日至26日举行，这届选举的一个特点是选民的年龄由21岁降至18岁，使选民总数增至4.986亿人。参加大选的全国性政党有国大党、印度人民党、印度共产党、印共（马）以及名为“全国阵线”的诸党联盟。“全国阵线”是经过一连串的分化组合后形成的。1987年10月，同是脱离国大党的维·普·辛格、阿伦·尼赫鲁、阿里夫·穆罕默德、达姆、达恩等人建立了人民阵线。1988年10月11日，人民阵线与人民党、民众党合并，组成一个新的人民党，由维·普·辛格任主席。接着在1989年初，又以新人民党为主体，与德拉维达进步联盟、泰卢固之乡党和阿萨姆人民同盟三个强势的邦级政党联合，组成了参加竞选的“全国阵线”。

选举结果，国大党在人民院的席位从上届的415席猛降到197席，虽然仍是人民院的第一大党，但没有获得超过半数的席位。全国阵线获得143席，名列第二。余下的排名依次为印度人民党86席、印共（马）33席及印度共产党12席。这样，自独立以来，第一次出现人民院中没有一个党获得执政所需的半数以上的席位，这称作“悬浮议会”现象。拉·甘地在大选失败后，对于新形势未能“急速转弯”，只表示愿意接受人民裁决，不出面组织联合政府，因此在11月29日主动提出辞呈。全国阵线在两个印度共产党的支持下，组建了联邦政府，维·普·辛格于12月2日宣誓就任总理，这是独立以来第二个执政联邦的非国大党政府。