尼赫鲁时期，中央联邦和地方政府的大权都控制在国大党手中，中央和地方的一些冲突，往往通过协调，就可以得到解决，双方的矛盾不致激化。即便最为棘手的土邦归属问题、语言邦问题和官方语言问题，通过上下协调，最终都迎刃而解了。而在他执政后期，一些地方势力正逐渐形成，并日趋强大。尼赫鲁去世后，已然坐大的地方势力集团辛迪加派甚至左右了夏斯特里与德赛、英·甘地与德赛由谁继任总理职位的大势。

地方势力强大，地区性政党不断破土而出，并始终在动态中分化组合，而且时时搀杂着民族矛盾、宗教因素，致使整个局面更加复杂，矛盾更为尖锐。1967年至1984年英·甘地的前后两次执政以及人民党的短期执政中，地方势力以政党形式，在联邦议会和邦议会进行竞选，尤其在地方上破除了国大党独掌邦议会大权的局面。接着，许多地方政党向中央提出各自的要求，如1971年泰米尔纳杜邦的德拉维达进步联盟组建的邦政府向中央递交的“拉贾曼纳尔委员会报告”，阿卡利党的纲领性的“阿南德普尔·萨希布决议”，以及1977年西孟加拉左翼联合政府向中央表示意见的“西孟加拉备忘录”，等等。这些地方政党提出的文件都要求地方在政治上、立法上、经济上，拥有更多的自主权利。面对如此错综复杂的局面，英·甘地政府则显示出时而缓和、时而强硬，前期缓和、后期趋强的政策走向。如在执政初期，英·甘地用缓解的方式解决了旁遮普语言邦问题，而在执政后期，联邦政府又采取了强化中央的方针，例如对阿萨姆驱逐外乡人运动采取了高压政策，对旁遮普锡克人的武装动乱，采取了严厉的军事镇压，最后英·甘地本人也在贯彻强化中央的政策中殉难。

拉·甘地在处理中央与地方的矛盾上，采取了缓和、协商的政策。这一基调在他一上台果断处理教派仇杀中就已显现出来。从另一方面看，此时地方权势已然形成，地方政党愈加成熟，并且互相联合的趋势愈见明朗，因此联邦政府的政策调整也势所必然。

拉·甘地在人民院选举获胜后，就把解决旁遮普问题摆在优先地位。他采取和解政策，努力与阿卡利党的温和派谈判寻求合作，并且在内阁设立一个委员会，专门处理旁遮普问题。为营造一个缓和的气氛，联邦政府采取了一系列措施，如对旁遮普进行经济援助；1985年3月无条件释放了在押的阿卡利党领导人；撤销了判决全印锡克学生联盟为非法组织的命令等。通过拉·甘地任命的旁遮普首席部长阿尔琼·辛格与阿卡利党温和派领袖隆格瓦的谈判，1985年7月24日双方签订了旁遮普十四点协定，接受了阿卡利党提出的部分要求。协定的主要内容有：把昌迪加尔市和说旁遮普语的地区划归旁遮普邦；同意制定全印锡克寺庙法；解决拉维—比阿斯河运河河水的使用分配问题；军队兵员的征召以严格的军事要求为标准，这显然有利于尚武的锡克教徒；建立一个专门的委员会，考虑给旁遮普邦更大自治权等。由于协议签订不久，隆格瓦被锡克极端分子刺杀，也由于邦际界线的调整必定牵涉到哈里亚纳邦和拉贾斯坦邦的利害关系，而联邦政府的工作过于草率，致使邦与邦之间新的矛盾产生，因此印度政府未能如期实施这一协定。但它毕竟是中央与旁遮普邦地方紧张关系缓和的重要转折。由于旁遮普局势得到缓和，1985年9月中央宣布结束对旁遮普邦的总统治理，并举行邦议会选举和延误的人民院旁遮普邦议席的选举。结果，阿卡利党获得邦议会117席中的73席，也取得人民院议员选举的多数席位。9月29日阿卡利党建立了单独执政的邦政府。拉·甘地为此对阿卡利党表示了祝贺，这显示他把维护国家统一、地方和解的大局放在首位，至于邦政府是否由国大党掌控已退居次要地位。但是极端分子的势力仍然强大，曾经的教派仇杀在锡克人心中的阴影还未散去，离心的力量在一部分锡克人中仍然存在。1987年局势又一度恶化。

拉·甘地执政初始，阿萨姆地区因抵制1983年邦议会选举而形成的混乱局面依然继续着，反对外乡人运动的组织仍然十分活跃。拉·甘地继续沿用缓和与协商的政策。1985年8月15日，政府与阿萨姆人民联盟签订了协议，接受了阿萨姆邦反对外乡人运动组织的部分要求。协议规定，1961年1月1日前进入的移民可享有充分的公民权，1961年1月1日至1971年3月24日间的入境者，10年内没有选举权，但保留公民权，1971年3月25日后的外来移民应予以遣返；邦界线处设立检查站，阻止外乡人渗入；邦政府在立法和行政上有更多自治权；充分保护阿萨姆人的文化、语言及社会风俗等民族特性；中央政府在经济上予以更多援助。根据协议，1985年12月邦议会进行了重新选举。阿萨姆人民联盟获胜，成为邦政府的执政者。拉·甘地同样予以祝贺。持续五年的反对外乡人运动引起的动乱终于结束了。以后由于协议没有得到充分贯彻，1979年成立的阿萨姆极端势力组织“阿萨姆解放阵线”在90年代初又引发起新一轮分离主义的骚乱。

1986年6月30日，政府与米佐民族解放阵线签订了协议，终止了米佐拉姆自1966年以来的20年动乱。米佐拉姆族居住在印度东北地区，人口20万，主要信奉基督教。米佐解放阵线在60年代初提出建立独立国家的要求，并开展武装斗争。联邦政府一面进行镇压，一面与之谈判。后来米佐人退而求其次，提出建独立邦的要求。1972年政府将其定为中央直辖区，并在经济上予以一定帮助，但武装叛乱始终未停。1976年中央政府对该区实行总统治理。拉·甘地执政后，经过协商，双方签署协议，米佐民族解放阵线同意解散武装力量，作为一个政党走议会民主竞选的道路。中央政府同意米佐由中央直辖区升格为正式的邦，原由国大党担任的首席部长职务让位给解放阵线的领导人拉尔登加。1987年2月进行邦议会选举，米佐民族解放阵线获得总数40议席中的24席，拉尔登加再次出任邦首席部长。米佐拉姆问题基本得到了解决。

1986年11月6日，拉·甘地还与克什米尔地方领袖法鲁克签订了协议，试图和解中央与克什米尔地方的紧张关系。1984年英·甘地为强化中央对克什米尔的控制，调走了反对她的邦长，解散了法鲁克邦政府，任命自己的亲信为邦的首席部长。拉·甘地上台后，采取与法鲁克和解及合作的方策。经协商后，政府与地方签订了协议，法鲁克重新担任首席部长，并得到国大党的支持。但因克什米尔特别复杂的关系，以及印度教徒与穆斯林的教派冲突时有发生，克什米尔问题的彻底解决实非一时之功。尽管如此，拉·甘地和解政策的努力还是十分明显的。