再次出任总理后，粮荒依然是英·甘地面临的一个严重问题。为了从根本上改变印度农业长期落后的状况，英·甘地启动了积极的“绿色革命”。这是以高产种子等生物技术为主，辅之以水利、化肥、农药、农业机械等现代农业技术，力争提高单位面积产量，然后逐步扩大种植面积，在总产量上获得突破，从而根本扭转粮荒局面。

国家增加农业投资，世界银行提供贷款，绿色革命的资金有了一定保障。国家又通过价格、补贴政策、税收、信贷等具体调控手段和优惠措施，支持农民采用高产良种以及农业新工艺、新技术、新农具。

1966—1967年，实施农业新战略的试验地区定为西北印度的旁遮普、哈里亚纳及北方邦西部，约占全国耕地面积的十分之一。高产良种开始时以小麦为主，后来水稻、玉米、高粱、谷子等也有优良品种投入播种。大兴水利工程实行两条腿走路的方式，由政府投资兴建和民间筹资合建。化肥和农药的用量猛增，如化肥的施用是原先的6.4倍，农业机械也得到积极推广。在各种措施到位的情况下，高产良种与传统品种的单产产量差距悬殊，小麦良种每公顷的产量是6 000公斤，传统品种是1 200公斤；水稻良种每公顷可产5 000公斤，传统品种为1 200公斤。几年下来，绿色革命初见成效。1965—1966年印度的粮食产量为7 200万吨，1970—1971年，在天时地利的帮助下，粮食产量达到1.08亿吨，下一年度更是创记录的1.12亿吨。

国大党内的紧张关系仍未消解，此时英·甘地与辛迪加派在政治、经济、外交等方面或多或少产生了意见分歧，而且愈演愈烈。双方在控制和摆脱的斗争中，英·甘地是主动的，而且始终把握着主动。她在国内四处巡视并且频频出访各国，不仅增加了印度的国际名声，同时也树立起自己的形象。在国内她实行激进的经济政策，1967年5月，国大党工作委员会通过了英·甘地倡导的《关于贯彻国大党纲领的决议》，决议规定将在1967年开始实行“十点纲领”：对银行实行社会控制；普通保险业国有化；私营的进出口贸易逐步由国营公司经营；实施粮食配给政策；组织城乡消费合作社；采取有效措施遏止垄断和经济权利的集中；保证最低的粮食需求；限制个人在城市土地上的投机收入；推进土地改革和农村发展计划；取消土邦王公的特权。其中在银行国有化的问题上，英·甘地与德赛和辛迪加派的对立最为尖锐。英·甘地和左翼要求银行国有化，德赛和辛迪加派则认为银行不应受政府控制，否则其作用就不能发挥。

随着分歧的加深，直接冲突不可避免了。双方较量的第一回合始于1967年。是年在新总统人选方面，辛迪加派举荐在任总统拉达克里希纳，英·甘地以其年届79岁，健康欠佳，并且眼睛已近失明为由，力挺当时的副总统扎基尔·胡赛因。结果，国大党最终提名胡赛因为总统候选人并在1967年5月9日当选。但是在1967年国大党年会上，属辛迪加派的右翼成员尼贾林加帕当选为国大党主席，并且在他组成的工作委员会中，绝大多数是右翼成员。英·甘地曾提名一些左翼人士入组，但遭拒绝。这一回合双方各有所得。

最后的摊牌发生在1969年。其时，卡马拉季等辛迪加派的头头通过补缺选举，重新成为人民院议员。在1968年的国大党主席选举中，辛迪加派和右翼的力量有所加强，英·甘地又一次受挫，尼贾林加帕继续当选。英·甘地不断聚集左翼力量，继续打“社会主义”牌，准备实施银行国有化措施。1969年5月3日，总统胡赛因突发心脏病去世，总统提名又成为双方必争的焦点。因此，围绕着交叉在一起的银行国有化和总统提名问题，双方展开了新一轮的较量。

辛迪加派推举桑吉瓦·雷迪为国大党提名的总统候选人，英·甘地曾撤掉雷迪的内阁部长职务，也曾阻挠他当选人民院议长，因此雷迪对她深有成见。英·甘地派推出的总统候选人是贾格吉凡·拉姆。结果英·甘地的一些亲信临时倒戈，雷迪获得国大党提名。英·甘地一边哀叹自己“正在成为党阀们的囚徒”，一边奋起反击，她利用不寻常的做法，即在总统选举上，不支持本党提名的雷迪，而是呼吁“凭良心投票”，积极支持国大党左翼、现任副总统吉里作为独立候选人参加竞选。

在此期间，英·甘地抓紧落实银行国有化措施。7月9日她向国大党工作委员会递呈“关于经济政策的意向书”，要求实行银行国有化、控制私人资本、实行土地改革等，获得工作委员会批准。7月18日，英·甘地宣布解除德赛财政部长职务，由自己兼任，因为德赛坚决反对银行国有化。德赛被解职后，一并辞去了副总理职务，退出内阁。7月21日总统正式签署法令，将印度14家私营大商业银行国有化，政府还通过电台迅速向全国广泛宣传，告知了国民并壮大了声势。此后国营银行控制了全国信贷的90%，并大力向农村发展分支行。这一行动赢得了城市中小工商业者和农村广大民众的赞同，普通市民也有所获益。一些右翼政党、大工商业者和财团则纷纷表示反对。新德里成千上万市民涌到英·甘地家，以敬献鲜花和花环，表示对她的信任和支持。

8月20日深夜，另一战场的结果终于揭晓，英·甘地支持的吉里以微弱多数获胜，当选为印度总统。这胜利主要靠英·甘地从共产党、德拉维达进步联盟、社会党部分人员那里争取来的选票，其中也包含着交易和妥协，如向共产党作出废除预防拘禁法的保证，一些地方政党支持吉里，其所在邦也将获得大笔救济资金等。

为了进一步赢得民众支持，9月1日英·甘地在人民院提出宪法修正案，要求取消原土邦王公享有的津贴及其他一些特权，如免交水电费、免费医疗、保留头衔、拥有私人旗标等，这些特权是独立之初作为土邦王公们的合作而给予的回报。时过境迁，民众对此类特权已表现出日益不满，况且众多王公还参加了右翼政党自由党，在许多方面与英·甘地的主张唱反调。最后，该修正案在人民院以绝对多数票通过，但在原土邦王公占据不少席位的联邦院未获通过。尽管如此，英·甘地在政治上得分颇多。

在总统竞选中，国大党形成了泾渭分明的两派，总统选举后，国大党分裂的迹象愈加明显，愈加公开了。英·甘地在国大党议会党团中获得三分之二议员的支持，但在国大党工作委员会21名成员中遭到11人的反对。首先发难的是60名国大党议员，他们谴责英·甘地不顾党的决定，竟然另聚力量击败党的正式总统候选人，要求对她实行党纪制裁。由于众多英·甘地的支持者反击，指责国大党主席也与自由党和人民同盟有秘密交易，制裁一事才不了了之。

英·甘地决意反击，她授意支持者提出书面申请，要求召开国大党全印委员会特别会议，改选党主席，以扭转右翼担任国大党主席的局面。双方已没有了退步。11月1日国大党工作委员会两派成员分别开会，出现了两个平行的工作委员会。会后，双方都发表了指责对方的声明。11月8日，英·甘地发布了致国大党党员的公开信，对辛迪加派进行了指责。11月12日辛迪加派掌控的工作委员会提议将英·甘地开除出党，并决定召开国大党议会党团会议，另选一名新的议会党团领袖，以替代英·甘地总理的职务。结果辛迪加派未能如愿，约80%的议员支持英·甘地，她再次当选。11月16日，支持辛迪加派的议员另行组成议会党团。国大党议会党团也一分为二了。

国大党议会党团分裂后，英·甘地派在议会中已不足半数席位，辛迪加派乘机提出对政府不信任案。但英·甘地争取到了印度共产党和德拉维达进步联盟等一些全国和地方政党的支持，仍在议会保持微弱多数，挫败了对手的企图。11月22日英·甘地进行反击，召开国大党全国委员会会议，辛迪加派予以抵制。结果英·甘地派在会上撤销了尼贾林加帕的党主席职务。12月下旬，国大党两派分别召开党的年会，宣告彻底决裂。由于双方均自称正统，最后经最高法院裁决，英·甘地派称为国大党执政派，德赛阵营与辛迪加派称国大党组织派。前者声称坚持尼赫鲁改革的真正精神以及温和的社会主义；后者则标榜民主自由、反对个人专制，更多代表大工商业主的利益并寻求与自由党和印度人民同盟接近。

印度的政党往往带有其领袖的很深的烙印，而当领袖失去领导能力时，它们便离析了，共产党、社会党和国大党莫不如此。正如斯皮尔教授所说：“尼赫鲁去世后，国大党和印度政府都暗流涌动，极不平稳。印度正在寻找一位领袖，就像西藏人寻找一名转世活佛，然而在过去那些日子里，他们没有找到。”

国大党分裂后，英·甘地不仅彻底摆脱了辛迪加集团的控制，而且排除了来自党内的干扰，并以左翼形象赢得了党内外广大民众的支持。她一鼓作气继续推出一些激进措施。1969年12月，国大党（执）孟买年会通过了《关于经济政策的决议》，重申了“十点计划”。同月又制订了《垄断和限制性贸易行为法》，抑制大财团的经济活动，并成立专门委员会负责贯彻该法。1970年2月，政府强令推行新工业许可证制度，垄断财团扩大生产、开发新产品、建立新企业，都需经过政府部门审批后，才能实施。1970年3月，推迟了三年的“四五计划”提交议会讨论。计划提出的社会发展目标是“通过改革社会经济体制，实现社会公平”，而不再是“建设社会主义类型社会”。国家经济发展的重点转移到农业上，提出“农业发展新战略”，加大对农业投资，继续推进“绿色革命”。1970年4月，议会通过法令，取消了殖民时期传承下来的经理行制度。