夏斯特里猝然病逝，国大党领导层不得不面临又一次抉择领袖的艰难问题。德赛作为国大党资历最深的元老，自认本应继承尼赫鲁任总理，只是遭“阴谋”暗算，才赋闲在家，这次是当仁不让了。在夏斯特里去世仅48小时，德赛就公开表露了心迹。内政部长南达也试图出任总理，在前两位总理去世时，他都出任代总理，执掌过渡政府，这次是否可以水到渠成转正呢？尼赫鲁家族及其忠实追随者认为，这是英迪拉上台的好机会，并为此积极奔走。英·甘地本人则不动声色，以沉默等待着时机。

起决定作用的仍是辛迪加派。1月15日，卡马拉季出面召集八名邦首席部长在新德里开会，经磋商后，他们决定全力支持英·甘地。1月19日在国大党议会党团选举中，英·甘地以355票对169票的绝对优势击败了德赛。1月24日，英·甘地宣誓就任第三任总理。这次上任实际上是初试牛刀，因为1967年的大选迫在眼前。然而，就在这一年时间里，英·甘地经受了一系列考验，显示出了果敢处理问题的能力，为以后十多年的政治生涯奠定了坚实的基础。

1966年3月，已严重失衡的第三个五年计划期满，此时仓促上马下一个宏大计划，显然是不合时宜的。为了有充裕的时间总结经验和教训，政府果断进行了策略调整，决定暂停“四五计划”的实施，改为以每年定出目标，逐步调整以扭转不利局面。此后共实行了三个年度计划。

粮食的严重短缺成为燃眉之急。“二五”和“三五”计划期间，过分强调了发展重工业，造成国民经济比例严重失调，农业投资占计划总投资的比率大幅下降，粮食生产基础薄弱，如“一五”计划中农业投资占总投资的31%，“二五”、“三五”计划中分别为20.7%和20.5%。1965年和1966年又连续两年遭遇前所未有的旱灾，1965—1966年度农业生产下降了17%，形成了粮食恐慌。英·甘地一面酝酿粮食政策的修订，一面在1966年3月出访美国，请求粮食援助。结果1966年共进口粮食1 000万吨，暂时缓和了紧张的粮荒。

英·甘地对夏斯特里执政时制定的一些粮食政策，予以支持并继续执行。如1965年印度成立了农产品价格委员会，负责确定农产品的收购价和销售价体系，重视了生产者的利益；支持推广新技术，使土地资源得到合理使用。还有，印度政府为稳定粮价，减少价格波动对社会的冲击，规定由中央政府和邦政府或其指定代理机构对粮食统一购销。1965年成立了印度粮食公司，是政府收购、储存、调运、加工和销售粮食的总机构。

英·甘地在财政方面大刀阔斧进行改革，其中最具威慑力及最受争议的是1966年6月宣布卢比贬值36.5%。由于外汇储备严重短缺，为了提高出口产品的竞争能力，这是不得已而为之。此举遭到党内外一片指责声，国大党工作委员会通过一项决议，对政府的这一决定进行了谴责，党主席及辛迪加派领头人卡马拉季也抨击了这一做法。一些左翼党派认为英·甘地此举是屈服于世界银行和国际货币基金的压力，有损民族尊严和利益。英·甘地则力排众议，认为这是必要且必需的措施。但是，最后实施的效果并未完全达到她的意愿。

在政治方面，尽管英·甘地得到辛迪加派的支持而当上总理，因为这实力集团认为她比德赛更易驾驭，但她并非驯服工具，而是时时伺机摆脱辛迪加派的控制。英·甘地组阁初始，本想撤换南达的内政部长职务，因为这是仅次于总理的掌握实权的职位，而她心目中有更理想的人选。但在总统拉达克里希纳和卡马拉季的双重压力下，英·甘地不得不暂时妥协。1966年11月，“宰牛动乱”事件发生，即一批印度教徒的极端分子视牛为神圣，提出严禁宰牛的动议并要求成为法律。他们开展大规模的骚乱活动，对政府施加压力。政权初稳的英迪拉借题发挥，指责南达在这事件上进行了与内政部长职责不相称的活动，罢免掉了他的职务，巧妙实现了她的初衷。

在中央与地方的关系方面，英·甘地政府顺应潮流，解决了尼赫鲁政府遗留下来的建立旁遮普语言邦的问题。长期以来锡克人及其政党阿卡利党为达到这一目的不懈努力，此时，他们改变了语言问题与宗教问题混为一谈的立场，采取将两者分离的态度，为最终解决这一问题，扫除了一大障碍。而且，在1965年的印巴战争中，锡克士兵的勇敢表现得到政府和民众的赞许。1966年议会通过法案，将旁遮普一分为三，建立讲旁遮普语的旁遮普邦，说印地语的哈里亚纳邦，东北山区则并入邻近的喜马偕尔邦。

就在政治动荡、财政拮据的状况下，1967年2月，印度第四届人民院和邦议会选举拉开了帷幕。参加这次大选的全国性政党一共有七个，即国大党、印度人民同盟、自由党、人民社会党、社会党、印度共产党和印度共产党（马克思主义），邦一级的政党有16个以及众多更小的地方性政党。在竞选过程中，英·甘地行程5万多公里，发表了上千次演说，充分显示了她的决心和刚毅。有一次她在演讲时，被反对派扔来的石头击中鼻子，造成骨折并鲜血直流，但她用手绢止血，继续慷慨陈词。尽管如此，由于大气候的不景气，国大党仍遭受了重大挫折。在人民院，国大党上届获得总议席的75.1%，为361席，而在本届则大幅下滑到54.4%，在520个席位中，获得283席。在各邦议会选举中，国大党获得的议席还不足一半。在17个邦中，国大党在八个邦的议会中失去多数，丧失了执政的资格。国大党在中央的居高地位暂时仍在，因为各反对党派隔裂成各个对立团体，但在地方邦中，国大党垄断政权机构的局面已被打破。在比哈尔、马德拉斯、西孟加拉、古吉拉特，奥里萨、喀拉拉和旁遮普等邦，国大党已失去了执政者地位。如，马德拉斯是德拉维达进步联盟、古吉拉特邦是自由党掌权，喀拉拉邦由印度共产党主政，中央邦和北方邦是印度人民同盟组建政府。

印度共产党在这些年中也发生了一些变化。1964年10月，印度共产党在加尔各答召开第七次代表大会期间，以党主席丹吉为首的一派与总书记南布迪里巴德和孙达拉雅为首的另一派，在对内政策和国际共产主义运动的方针问题上，存在着严重分歧。南布迪里巴德和孙达拉雅派认为丹吉派向国大党妥协，斥之为修正主义，双方公开分裂。南、孙派于1966年11月改称印度共产党（马克思主义），丹吉派仍沿用印度共产党称谓。印度共产党（马）宣布反对国大党政权，不与之合作，也不参加联合政府，并且图谋与其他左翼党派联合，争取在一些地方邦建立左翼的邦政府。印度共产党则表示支持国大党的大力发展公营经济的政策及其坚持民族独立的立场，提出联合国大党，参加联合政府的方针。印度共产党在1967年大选中获得人民院议席23席，印共（马）获得19席。但印共（马）在西孟加拉和喀拉拉邦的议会选举中有所收获，与印度共产党及地方党结盟，分别组成了两邦的邦政府。

两个社会党与两个共产党一起，在议会中构成了左翼势力，社会党和人民社会党在第三次大选后一度合并，后又再度分裂。在1967年的竞选中，两党都没有什么新的主张，最后在人民院共获得36席。这次大选以后，两党更是江河日下，至70年代中已销声匿迹了。

自由党和人民同盟可说是这次大选的真正赢家，前者在人民院选举中获得42席位，比上次大选足足多了20席，成为议会中的第一大反对党。后者获得35席位，而上次选举仅为14席，成为第二大反对党。以这两党为首，在议会中构成了右翼势力。

大选后，国大党组建了新一届联邦政府，英迪拉·甘地仍出任总理，作为平衡或让步，德赛任副总理兼财政部长。由于辛迪加派成员在这次大选中纷纷落马，甚至卡马拉季也没有进入议会，英·甘地进一步加强了在国大党和政府内的地位。