据1942年内阁使团方案，“当新的自治政府或独立政府成立以后，英国政府即停止其最高权力，英王对各土邦的主权关系已不存在，而将至高权返回各小邦。……各小邦的未来，或者进入相继的政府成为同一联邦，或者与相继的政府作出政治上的特别安排”。这就为众多土邦的去向定下了基调。

后来，由于蒙巴顿的印巴分治方案成为大趋势，国大党和穆斯林联盟倾力开展争取土邦的工作，力图说服它们加入自己的自治领。此时一个棘手的问题出现了，少数土邦王公开始策划土邦独立，如特拉凡克尔在1947年6月11日宣布为独立国家，12日海德拉巴也宣告独立。有些王公甚至主张成立一个单独的“土邦斯坦”。尼赫鲁在这一问题上决不妥协，1947年6月15日国大党全印委员会通过决议，不承认印度境内土邦独立，并对海外正告：任何国家承认“独立”的土邦，将被视为对印度不友好。6月17日安姆倍德卡表示，即便按照英国宪法，“只要土邦仍在宗主权的庇护下，无论宗主权属于英王或印度自治领，它们都不能算独立国”。7月5日印度临时政府成立土邦部，由帕特尔任部长。根据他的建议，除极少数土邦外，其他各邦都派出代表参与制宪，加入联邦，蒙巴顿也表示同意。另外，帕特尔采取了软硬兼施的政策，一方面宣布土邦只需将国防、外交、交通三项权利交给自治领政府，其余权利仍归它们掌控，中央不予干涉。另一方面，指示各土邦内的国大党组织向王公阐明，如果不加入印度，就策划推翻他，并且财产不保。这样，众多土邦的归属进程大大加快了。至印度独立日时，除少数与巴基斯坦毗邻或在其境内的土邦加入了巴基斯坦外，其余绝大部分土邦都选择了加入印度，只有朱纳格特、海德拉巴和查谟-克什米尔等少数土邦，还游离在印巴之外。

印度政府在土邦归属的同时，进行了土邦行政区的合并和重组。其一，根据地理位置毗连，文化、语言和习俗相通，以及历史渊源密切关联等因素，众多土邦或者并入邻近的省份，如东方各土邦并入奥里萨和中央省；或者重组成土邦联区，如中印度土邦联区、东旁遮普联区、诸多拉其普特土邦组成的拉贾斯坦土邦联区、特拉凡克尔和柯钦组成喀拉拉联区等五个土邦联区。迈索尔仍然在印度联邦统辖下，自成一邦。其二，还有21个土邦，因战略地位、交通枢纽或其他一些特殊原因，均置于中央政府的直接统辖。至1949年底，除了海德拉巴和克什米尔外，印度政府基本完成了对土邦的合并。印度政府的白皮书对土邦的顺利合并进行了总结，“一则是民主思潮发挥了作用，二则是统治者的爱国情深，由此带来了一次不流血的革命。这是一种可喜的变化”。

但是，朱纳格特和海德拉巴土邦的归并，并不是顺顺当当的，而是经历了大规模的军事冲突，克什米尔则更为错综复杂。朱纳格特是一个拥有海港的小土邦，位于印度西海岸卡提阿瓦半岛，居民约81万，其中印度教徒占80%以上，但纳瓦布（王公称号）是伊斯兰教教徒。1847年8月15日，纳瓦布宣布加入巴基斯坦，印度政府表示不予承认，并立即陈兵边界，实行经济封锁。印度政府要求该土邦实行全民公决，并帮助从土邦逃出的亲印分子组成流亡政府。10月印军进入朱纳格特邦，纳瓦布逃亡巴基斯坦。尽管巴基斯坦抗议印度侵略并要求联合国干预，但印度仍在11月7日接管了朱纳格特政权，并在1948年2月进行邦内全民公决，将其合并。

海德拉巴地处南印度中心地带，是印度人口最多的土邦，约1 700万人，面积近82 700平方公里，仅次于克什米尔邦。居民85%是印度教徒，而尼扎姆（王公称号）是伊斯兰教教徒，其家族背景甚至可上溯至莫卧儿时代。尼扎姆不愿加入印度，由于地理位置的关系，又不可能并入巴基斯坦。1947年11月29日该邦声明，关于是否加入联邦，还是继续维持独立状态，延期一年再作决定，时限为1948年8月15日。由于海德拉巴可能成为印度国中之国，这是印度政府“心中的结石”，是不可容忍的。并且，海德拉巴与毗邻的马德拉斯、中央省和孟买各省，在边境上经常发生纠纷，使这些地区的人民不胜其忧。1948年上半年，印度联邦与海德拉巴的一系列谈判均告破裂。6月18日，蒙巴顿总督在离开印度前三天，还致信尼扎姆，要求他加入印度自治领，但仍无结果。于是，印度政府实施经济制裁，而王公不愿就范，一面扩军备战，一面争取巴基斯坦援助。1948年9月13日，印度政府宣布，“为了恢复邦内的和平，以及毗邻印度边界的安全”，印度不得已采取“警察行动，但决非是战争行为”。就这样，印度军队进入了海德拉巴邦。9月18日下午四点三十分，土邦军队总司令率部投降，尼扎姆见大势已去，改变了态度，予以印度充分合作，并在11月24日宣布海德拉巴加入印度自治领。为了局势稳定，印度政府保留了尼扎姆的王公地位，但实行全邦军事管制。1950年1月26日海德拉巴正式加入印度联邦，1956年再度改组后，它已不复是一个独立的土邦了。王公仅保留了一些特权，还有500万卢比养老年金。

查谟-克什米尔是面积最大的土邦，战略位置十分重要，资源、尤其是水力资源十分丰富，巴基斯坦的三条主要河流、包括印度河在内，均发源于此。邦内人口402万，其中77%的居民是穆斯林，但王公哈里·辛格是印度教徒。无论是地缘上，还是多数民众的意向上，以及历史的渊源上，甚至是按朱纳格特和海德拉巴土邦归属的先例上，巴基斯坦自然渴望将其置于版图内。而印度的态度是针锋相对且决不退让。哈里·辛格深知事情的复杂性和潜藏危机的严重性，他希望维持独立，保全自身利益。1947年10月22日，武装的帕坦部落民从巴基斯坦一侧进入克什米尔，深入到伽罗姆河谷，威胁首府斯利那伽。哈里·辛格见形势危急，就向印度求援，蒙巴顿表示，只有克什米尔加入印度，印度才能出师援助。10月26日，在哈里·辛格的授意下，谢赫·阿卜杜拉正式访印，要求印度政府接受克什米尔为一行省。6月27日清晨，印军空运至克什米尔，迅速控制了局势。12月31日，印度向联合国呈递备忘录，请其照会巴基斯坦，“停止对侵入部族的一切援助”。巴基斯坦进行反击，指控印度以阴谋和暴力侵占了克什米尔和朱纳格特。1948年初，印巴第一次战争爆发，经联合国调停，1949年元旦双方停火。依照确定的停火线，印度控制了包括斯利那伽在内的三分之二地区和四分之三的人口，其余为巴基斯坦控制区。