1947年8月17日，拉德克利夫边界划定书公布，本已遍及各地的教派冲突，愈加激化。边界划定书引起颇多争议，尤其对三处界线，反应更为强烈，焦点集中在印度教徒与穆斯林杂居的孟加拉和旁遮普两地区。在本已纷乱的局势下，这无疑成了进一步扩大教派仇杀的催化剂。

其一，巴基斯坦对于将加尔各答从东孟加拉划出感到愤怒，而印度认为不管是地理位置，还是人文环境，加尔各答更趋向与西孟加拉一致。其二，旁遮普地区的印巴分界线造成颇多争端。由于宗教原则是划界的主要根据，某一地区印度教徒或穆斯林占半数以上，则该地区就划归印度或巴基斯坦。这造成极大混乱，原本共同享用的水资源和运输线，常常被人为切断。而且这些世代为邻的人们，突然被一道森严的国界线划开，他们成了相互对立的双方，无不心存恐慌，毫无安全感。其三，锡克教徒为民族解放事业作出了自己的贡献，本应与其他主要民族、教派一样，有权受到应有的褒奖。但他们在旁遮普多达400多万的信徒，却被人为地几乎均分于印巴两个自治领，“所罗门提议平分一个活生生的孩子的故事，真实地发生在锡克教徒的身上”。况且，锡克人与穆斯林在旁遮普的冲突由来已久，这更使双方剑拔弩张。

在教派主义极端分子的煽动下，大规模的教派仇杀迅速展开，并不断升级。在印度一方，众多穆斯林被杀害，房屋、土地和财产遭抢劫；在巴基斯坦一方，大批的印度教徒和锡克教徒被杀戮和驱逐。许多政府官员、军队和警察也卷入了仇杀之中。居住在两国的少数教派的居民处于极度恐慌中，为了活命，他们抛弃祖居的绝大部分财产，扶老携幼，穆斯林逃往巴基斯坦，印度教徒和锡克教徒逃命印度。巨大的难民迁徙洪流终日绵延数十里，并且不时遭到武装暴徒的袭击，有时双方难民交汇时，还不断发生相互杀戮。横尸遍野，无人收拾，加上雨季的恶劣天气，造成瘟疫流行，难民的悲惨境遇，罄竹难书。当大量对方国家的难民充斥内地城市的街头时，他们的惨状震撼了市民，本来气氛稍缓的内地，对立教派的居民间也充满了愤恨。随之，宗教仇杀席卷了内地的许多城市。据一位目击者记载，即便在首都新德里，9月上旬的一星期内，仇杀死伤者就达2 000人以上，而阿姆利则及加尔各答的惨剧要严重好几倍，“拉合尔变成了死城”。据不完全统计，从1947年8月至1948年4月底，印度与西巴基斯坦相互大逃亡的难民共达1 100万，从东孟加拉逃往印度的难民为120多万，从信德逃往印度的则为40万，双方死于教派仇杀的人数约60万。

仇杀的野火漫遍次大陆，印巴两个自治领政府不得不搁置其他政务，全力以赴处理教派残杀事务。它们制止并且镇压暴乱，动用一切交通工具从对方境内抢运难民以及遣送对方难民出境，而且还要安置千百万的流入难民。

为了呼吁民众冷静、克制，并且用爱来唤醒真知，一位尊敬的老人跋山涉水，孤身奋战，直至生命的最后一刻。7月底仇杀还没有达到高潮时，甘地离开了德里，8月初他来到了加尔各答，加市一向是印度教徒和穆斯林的杂居地，也是历次教派仇杀的祸乱中心之一。8月13日甘地带着孙女在仇杀重灾区的破瓦残垣中，找到一所人去楼空的穆斯林住宅，居住下来。此后他到暴乱地区观察，用一颗爱心去感动疯狂的民众。他充满深情地向穆斯林呼喊：“回来，回来吧！不要害怕，我与你们共生死。”他的住宅成了和平总部。在甘地的努力下，双方酝酿已久的独立日大暴乱，终于在加尔各答幸免。

教派骚乱逐渐蔓延到了西孟加拉。眼看血腥仇杀就要大爆发，9月1日甘地开始绝食，如果不能使两教间重新亲善，他打算绝食至死。当地的党、政、教领导人在他的感召下，用尽各种方法，终止了暴乱。甘地绝食72小时后，领袖们纷纷以生命向他保证，宗教仇杀的恶劣局面不会再现。

西孟加拉局势平定后，甘地前往祸患重灾区旁遮普。10月他路过德里，那儿正处烧杀动乱中，甘地见状，心急如焚，马上停留脚步，投入劝阻的工作中。甘地为了阻止屠杀穆斯林市民的暴行，以及抗议临时政府扣压巴基斯坦按分治协议应得到的5.5亿卢比的款项，决定不顾79岁老人的心力交瘁，再次以绝食抗争。他说：“有一种绝食是非暴力者为了纠正社会的不义，被迫采取的一种步骤。我作为一个非暴力者，已别无选择。现在正是时候。”1948年1月12日，尽管尼赫鲁和帕特尔曾苦口婆心劝说，但甘地心意已决，在晚祷会上宣布，自明日起无限期绝食，以期停止教派间的仇视。这是甘地一生中18次绝食的最后一次。13日11时绝食开始前，一些仰慕甘地的群众围坐在一起，朗诵了古兰经、锡克教及印度教的一些诗篇。绝食五天后，在各方再三保证接受他的要求的情况下，18日下午12点三刻，在众人颂念经文“领我们从谬误到真理，从黑暗入光明，从死亡向永生”中，甘地停止了绝食。

甘地全身心致力于各教派的和平亲善，却招致一部分印度教极端分子的怨恨。他们认为这是向巴基斯坦投降，欲除之而后快的忿激情绪，已在暗中酝酿。1948年1月20日，自称印度教难民的青年马丹拉尔投手榴弹谋刺甘地，所幸未遂，甘地亲闻爆炸声，毫不惊动。1月30日下午5时，甘地从寄居的比尔拉寓所出来，前往室外草坪与静候着的500余人一起举行晚祷会。当甘地边走边与听众相互合十行礼并喃喃说“我来迟了”时，一个青年挡住他的去路，先向甘地合十俯身行礼，然后顺势掏出手枪向甘地连发三枪，两枪射中前胸，一枪击中腹部。甘地双手合十，口中微念印度教大神“罗摩、罗摩啊”，徐徐倒在青草地上。凶手名叫纳·戈德赛，是浦那《印度教民族报》编辑，印度教极端派组织“国民服务团”的成员。尼赫鲁等印度领导人迅速赶到现场，总理向全国发表了广播讲话，“我们生命中的光辉消逝了，到处笼罩在黑暗之中，……不，我说错了，因为照耀在我们国土上的光辉，不是普通的光芒”，“千年之后我们仍将看到这光辉，因为它是活的真理的光芒”。

甘地之死，在全世界引起了巨大反响。美、苏、英、法等国纷纷发去唁电，对甘地去世表示哀悼。蒋介石夫妇也致电尼赫鲁吊唁，称甘地为“一代主张非暴力主义、实现人类和平之神圣斗士”。中华民国驻印大使罗家伦出席了追悼会并赴火葬场送葬。按中国习俗，甘地火葬后七日，南京举行了大规模的甘地追悼会，并由蒋介石亲自主祭。

甘地之死，震惊了印度，愤怒的印度教徒捣毁了印度教大会、国民服务团的组织机构。政府也下令取缔了国民服务团。秉承这位老人的愿望，在印巴两国政府的努力下，教派仇杀在1948年春季后逐渐缓和下来。