印度穆斯林据有次大陆人口总数的四分之一，怀着曾经几个世纪统治印度的美好记忆，步入了近代。如同罗易对于印度教徒一样，赛义德在印度穆斯林的近代启蒙中，发挥了重大作用。文化教育运动，穆斯林联盟的成立，标志着新一代印度穆斯林已成长起来并果敢地担起了责任。哈里发运动使穆斯林在思想上、组织上、领导人选上渐趋成熟。不合作运动戛然而止，印度两大教派此后在民族独立运动中，再也没有协同作战。真纳和穆斯林联盟的重新崛起、壮大，加上殖民帝国自始至终对两大教派的矛盾有意识的利用，分治的道路越来越难以挽回。

穆罕默德·伊克巴尔（1877—1938）最早提出了建立单独的穆斯林国家的思想。伊克巴尔是20世纪印度最优秀的穆斯林诗人、哲学家和政治思想家，出生于旁遮普省锡亚尔科特，1905年赴英，进入剑桥大学学习哲学，获得学位后又去慕尼黑大学学习法律。回国后在国立拉合尔学院当哲学教授，后任律师。他在名诗《国家主义》中就提出过一个民族即一个国家的概念。1930年他任穆斯林联盟阿拉哈巴德年会主席，在致词时说：“如果从单一民族这个概念出发，来制订印度宪法，或者以英国式民主作为印度实施的原则，那么这无疑是在印度培育一场内战。”因此他提出：“我愿意看到旁遮普、西北边省、信德和俾路支斯坦构成一个单独的国家，无论在英帝国之内自治或者在英帝国之外自立，我认为建立一个巩固的西北印度穆斯林国家，至少是西北印度穆斯林的必然归宿。”

1933年，就读于英国剑桥大学的印度学生拉赫马特·阿里，提出了“巴基斯坦”的概念。“巴基斯坦”（Pakistan）是乌尔都语，源自波斯文“Pak”（纯净）和“Stan”（国土），意为“纯净的国度”或“清真之国”。“巴基斯坦”的另一释义由印度穆斯林故乡名称中的字母组成，表达了他们共同的政治志向。即旁遮普的“P”，西北边省即阿富汗尼亚的“A”，克什米尔的“K”，信德的“S”以及俾路支斯坦的词尾“stan”。

真纳一直为使穆斯林成为印度的一支独立的政治力量，坚毅地努力着。1937年2月的选举，国大党在大多数省份获得了胜利。在组建省政府时，尼赫鲁不无得意地认为，印度此时只有国大党与英国人两方面的力量。穆斯林联盟尽管在选举中遭受一些挫折，但真纳仍希望以独立的第三方，参与共同治理，“我们乐意和具有进步性和独立性的团体合作。随时准备以平等的身份为印度的利益工作”。但是国大党拒绝了，他们在印度教徒占多数的省份中建立了清一色国大党人组成的政府。而在联合省中，甚至还规定穆斯林代表如参与多党联合政府，他们就必须遵守国大党的规矩，而且穆斯林联盟的组织形式在议会和政府中都不允许存在。这种排斥性的做法，深深刺伤了穆斯林，此后双方的关系更是急剧恶化。

国大党的错误策略刺激了穆斯林各派，反而引起他们的强烈抗争。1937年5月28日伊克巴尔致信真纳，表示有必要重新划分政区，建立穆斯林占绝对多数的穆斯林国家，并询问真纳：“你是否认为实现这一目标的时刻已经到来。”真纳不失时机大力宣传，使本来众多而分散的穆斯林组织，纷纷聚汇于真纳与穆斯林联盟。很快，真纳被穆斯林尊称为“伟大领袖”，穆斯林联盟也真正成了代表印度穆斯林的政党。6月21日伊克巴尔又一次致信真纳，称赞他是独一无二的领袖，惟有他才能指引印度穆斯林迎战即将来临的风暴。

为乘势推进“独立的穆斯林”的思想，真纳适时提出了理论依据，即“两个民族”论。他认为，印度如欧洲一样，有许多不同的民族。印度居民的三分之二信仰印度教，近8 000万人是伊斯兰教教徒，他们是“两个不同的民族”。两者之间的差别不仅仅在于宗教，而且在法律、经济和文化传统等多方面都有区别，实际上两者代表了两种根本不同的文明。1940年3月真纳在伦敦的杂志《时代与潮流》上刊文：“必须制定一部承认印度有两个民族的宪法，这两个民族必须分享对共同的祖国的管理。”

1940年3月23日，在全印穆斯林联盟的拉合尔年会上，正式通过了建立“穆斯林国家”的决议，即著名的“拉合尔决议”。决议要求对印度的行政区进行一些必要的调整，使穆斯林占人口多数的西北地区和东部地区合并为一个独立的国家，并且这国家有完全主权和自治权。第二天，印度报刊以“巴基斯坦决议”一词登载拉合尔决议的报道，真纳和穆斯林联盟采纳了这一名词，因为它包含了他们的政治志向。