不合作运动中止，国大党与哈里发委员会的同盟关系结束。尽管后者表示继续坚持哈里发运动，但仅靠穆斯林支撑已无力回天，加之各种错综复杂的矛盾重又泛起，哈里发运动走到了它的尽头。

矛盾之一，是两教间的冲突频频发生，有时相当激烈。从领导层来说，哈里发委员会的头头们认为甘地和国大党片面停止不合作运动，以及国大党内“主变派”甚至加入政府倡导的立法会议选举，这是对穆斯林利益的出卖。加入国大党的穆斯林纷纷脱党，就连与甘地情谊最深的阿里兄弟也在1924年离开了国大党，并且在同年9月坎哈特的教派冲突事件上，兄弟俩与甘地的矛盾公开化。甘地对于冲突中寺庙被毁，偶像遭砸，以及两名印度教徒因拒绝改信伊斯兰教而遇害，表示了不满，并说：“穆斯林无兴趣于国内的政治生活和国家的进步，因为他们没有把印度看作引以为骄傲的国家。”阿里兄弟对此极不高兴，直言不讳地指责甘地的态度是倾向印度教徒的。而在社会基层，两教的对抗更是针锋相对。如克其鲁建立名为“组织”的团体，旨在组织穆斯林为自身的“自治”全力奋斗，他说：“我将简单地宣告一件事，听着，我亲爱的印度教兄弟，如果你们在‘组织’运动的路上设置障碍，并且不给我们应有的权力，我们将与阿富汗和其他穆斯林国家一起进行共同的事业，并在这个国家建立我们的统治。”而好斗的印度教教派主义者，如哈尔德亚尔在拉哈尔的《力量报》上发表宣言，要在印度建立印度教的统治，他把达到目标分为四个步骤：印度教团结一致；印度教统治；改宗穆斯林；征服和改宗阿富汗和边境地区的穆斯林。

矛盾之二是与英印政府的冲突。英印政府为瓦解哈里发运动，使用了离间手段，用于削弱、破坏两教关系；使用大肆逮捕的手段，造成运动群龙无首，并摧垮中坚力量；使用血腥镇压，以图威慑广大民众；使用利诱手段，令两教的一些著名领袖参加议会选举，使民族主义阵营发生分裂。

矛盾之三来自凯末尔及其领导的土耳其国民议会。起初，印度穆斯林十分赞赏凯末尔对土耳其民族利益的保卫，幻想由他来重振伊斯兰教的威望，甚至誉他为“伊斯兰教之剑”。然而，正是此剑砍掉了他们作为运动旗帜的哈里发。1924年3月1日，凯末尔领导的国民议会通过决议，废黜哈里发，并放逐其家族的全部成员。消息传来，印度穆斯林震惊万分，如果哈里发为外国或异教所废，或许会使运动再起一波，但竟是自己阵营所为，则茫然不知所措。阿里兄弟等看到处心积虑经营的旗帜就这样倒了，气得大骂凯末尔，然后伴随着每星期五祷告中念哈里发的名字，逐渐淡出了历史舞台。

就在阿里兄弟等与哈里发委员会渐趋消退时，真纳与穆斯林联盟正在重新崛起。历史上有“两个真纳”，此语并非猎奇。纵观真纳的政治生涯，从现象看，20年代的真纳与30年代后期、40年代的真纳判若两人。前期的真纳羽翼尚未丰满，往往在可接受的妥协的基础上，解决穆斯林与政府、与印度教之间的争端；后期的他拟就一种严峻而强硬的态度，在谈判中不折不挠、咄咄逼人。

事实上，真纳是一位民族主义者，自20年代前后起，他始终不渝地坚持印度穆斯林社会的利益。他的战略目标是要穆斯林社会自主、强大，成为印度独立的第三力量。是时，真纳身兼数职：中央立法会议议员，国大党成员，地方自治同盟成员，穆斯林联盟成员并在1919年任永久主席。多种身份孰轻孰重，他审时度势，具体问题具体处理，一步步踏实地向着既定目标迈进。

真纳对立法会议的态度是先退出，后又争取入选，在一退一进中充分展现了他的现实主义特色。他退出立法会议的原因是表示对罗拉特法案抗议，因为通过罗拉特法案“清楚表明了帝国立法会议是个徒具虚名的立法机构，只不过是外国政府所操纵的一架机器而已。在立法会议里，印度议员的意见和公众舆论都得不到尊重”。因此，真纳愤然辞职，在大是大非问题上斩钉截铁的态度赢得喝彩。但真纳拒不参加当时甘地领导的声势颇壮的“坚持真理”运动，足见他的独立性。到了1923年真纳又反过来积极争取入选立法会议，这并非他没有主见，恰恰相反，正是他坚持现实主义原则的表现。此时哈里发运动的危机不断出现，两教的裂痕明显，势单力孤的真纳复出的时机到了。可是从哪儿起步再登历史舞台呢？因此入选立法会议是权衡再三的。国大党甘地派及哈里发运动领袖们对议会选举进行抵制，这正是乘隙而击的好机会。其次，20年代的真纳一直反对过激的手段，所以据他看来“能够有效地承担为印度的要求而斗争的唯一地点是立法会议”。

真纳对哈里发委员会的态度是保持距离，静观其变。1919年11月，哈里发委员会成立大会召开，真纳认为它处在甘地影响下，所以没有参加会议，也不加入该组织。但他策略性地拍了贺电，以免被穆斯林同胞误解，“很抱歉我没有出席这次大会，无论怎样，我希望它在各方面都获得成功”。

真纳在国大党中与甘地进行了正面交锋，坚持他的独立性，坚决反对不合作政策。1920年9月7日穆斯林联盟会上在涉及不合作问题时，真纳表示不赞成，但只是提出告诫。而在同年12月的国大党那格浦尔年会上，许多反对派都在压力下转而支持不合作，惟有真纳拒绝改变意向或保持沉默，坚持反对不合作。因此，他在受到一片“耻辱”、“政治骗子”喊叫声的冲击下，拂袖而走，永远离开了国大党。同样出于反对不合作，他还从已被甘地控制的“地方自治同盟”辞了职，并且毫不客气地在给甘地的信中说：“你的方式已经在迄今为止你所接近的几乎每个组织中，以及在国家的公共生活中，引起了分裂和不和，全国人民都在铤而走险，所有这一切都意味着彻底的无组织和无秩序，其后果如何，我焦虑地注视着。”敢于对甘地如此直言相斥，恐怕在印度民族主义者中并不多见。

相反，真纳对穆斯林联盟十分重视。他的政治概念是争端只能在两个平等的、相互尊敬和相互害怕的党派之间解决，这就必须培育起并立于殖民政府和印度教的第三力量。因此他需要一个能够主宰的组织，以便推行自己的战略。这个组织就是穆斯林联盟。由此可见，真纳辞去了立法会议议员、离开了“地方自治同盟”、退出了国大党，对哈里发委员会的成立漠然视之，惟独保留了穆斯林联盟的位子，这是他用心良苦的选择。事实上他在穆斯林联盟也不是一帆风顺。1918年12月30日德里全印穆斯林联盟大会，真纳的提议遭到多数人的否决后，他也曾拂袖而去，但并不退出该组织。恰恰相反，1919年阿姆利则会上真纳欣然就任穆斯林联盟永久主席。尽管此时哈里发委员会风头正劲，而穆斯林联盟黯然无光，它“无声无息地躺着，已经失去了威信和重要性”，甚至开年会出席者也疲沓不堪。真纳担任主席后，长远的计划从头越。他首先把穆斯林联盟作为自己对时局看法的讲坛，1920年9月7日他在这儿发表了与“不合作”对立的意见。1923年真纳谋求入选立法会议，也是以穆斯林联盟为立足阵地。1924年哈里发运动已成强弩之末，真纳看到时机成熟，开始实施壮大穆斯林联盟的计划。1924年2月27日他在德里召集立法会议中穆斯林成员的会议，会议委托真纳主席尽早召开穆斯林联盟委员会会议。3月16日该会在真纳主持下于德里召开，许多哈里发运动者也出席了会议。在与真纳尖锐争执后，穆罕默德·阿里等自动退出会议。1924年5月24—25日穆斯林联盟拉哈尔会议上，真纳的地位已无人挑战。他强调把哈里发这个“最令人吃惊的复杂问题”的解决，留给世界穆斯林大会去苦思冥想，而至上的问题是把眼光移到国内，注目于自治和宪法的修改。真纳找到了一个显露政治才能和领袖素质的地方，在穆斯林展现于他的热忱和依附中，真纳的精心设计终于有了结果，为战略目标的实现得到了坚实的根据地。

穆斯林联盟与真纳

重新崛起的真纳和穆斯林联盟，首先要求调整穆斯林在中央与省立法机构中的席位。据1919年法案规定，十年为改革一阶段，因此1927年殖民政府指派以西蒙为首的七人调查团，调查改革状况并提出进一步改革的报告。由于调查团成员全都是英国人，因此1928年2月3日该团在孟买登陆时，遭到国大党、穆斯林联盟等各派的抵制。印度事务大臣伯坎海德为缓和对立的局势，就要求印度人提出一个他们的宪法方案。1928年间以莫·尼赫鲁为首的委员会多次召开多党派会议，旨在向英印政府提出印度人的宪法方案。12月28日，又一次多党派会议在加尔各答召开，53岁的真纳代表穆斯林联盟提出新建议，在由选举产生的代表议席中，穆斯林在中央立法会议应有三分之一的席位；在穆斯林占人口多数的孟加拉和旁遮普两省，穆斯林的席位应与人口比例相符；在穆斯林占人口少数的其他省，适当增加穆斯林的席位；如满足上述条件，穆斯林可以放弃单独选举制。但是这一建议没有被接受。尼赫鲁委员会制订的报告最后拟定不设单独选区，穆斯林在中央和省的立法机构中的席位与人口比例相等。真纳深感失望，拒绝在报告文件上签字。他严正重申：对穆斯林少数派要公正，尤其应以团结为重，否则，从此就要分道扬镳了。

1929年9月，真纳在穆斯林联盟特别会议上，提出了“十四点计划”，表示了穆斯林联盟在宪法原则上的强硬立场。这些计划包括：建立以省自治为基础的联邦；穆斯林设单独选区；中央立法机构中穆斯林的席位占三分之一；中央行政机构中的部长职位穆斯林应不少于三分之一；信德（是穆斯林居住集中区）应从孟买省划出，单独建省；加强伊斯兰教文化教育等。这些要求远远超出了真纳在多党派会议上的建议。“十四点计划”被称为穆斯林的“权利宪章”，得到穆斯林各派的响应，本来还持各种看法的人，现在都聚集在了穆斯林联盟的周围，真纳朝着他的目标，迈出了稳稳的一步。