早期的东印度公司以“1702年公司危机”案为界，大致可分为两个阶段。第一阶段，公司处于内外交困的境地；第二阶段，公司逐步兴隆，垄断地位巩固，贸易有了飞速的发展，尤其以印度三大商港为中心，设立了三个管区。

英人贪婪的目光早就盯向这富饶的次大陆。早在1527年，一名英国商人罗伯特·汤恩就曾向亨利八世建议，出航西北，开辟一条更快捷的直达印度的新航线，但两次试航都以失败告终。1583年2月，以拉尔夫·费杰为首的一伙商人，携带女王写给阿克巴大帝的信，远航东方。费杰等四人在波斯湾口欲偷渡去印度时，被葡萄牙人抓住，葡人竟然将四人运抵果阿囚禁。后来费杰等三人寻机逃脱，进入印度，在印度及东南亚游历八年后，带着大量情报返回伦敦。

1599年，伦敦大贸易商集会，筹备对东印度贸易的公司。他们集中了2万多英镑的资金，向国王申请贸易特许状。是时，荷兰人刚刚将欧洲的胡椒价格提高一倍以上，香料贸易的暴利产生了强烈的示范效应，这是英国东印度公司获得特许状的直接原因之一。就在1600年的最后一天，女王颁发了特许状，授予公司15年东方贸易的专利权。1609年詹姆士一世又将专利权的15年期限，改为永久性授予。

东印度公司初期，海上力量尚处弱势，在东方常常受到荷兰人的排挤。在国内，其他一些英国公司也想染指它的特许垄断权。例如，1637年“柯坦协会”在查理一世的支持下成立；“阿萨达公司”也企图在印度海岸建立殖民地。英国革命后，原先国王颁发的特许状失效，公司在贷款给新政府助其渡过难关后，1657年“护国主”克伦威尔才发给新的特许状。更糟糕的事接踵而来，议会为了解决财政困难，1698年通过法案：凡向政府贷款200万英镑者，即可成立对东印度贸易的新公司。结果“英国东印度贸易公司”应运而生，并获得对印度贸易的独享权利。那家老公司按现行法案条款，三年后将自动解散。公司的董事们面临着“国无二主，两个东印度公司必毁其一”的险境，在英国和印度全力以赴，据理力争并努力调解，终于在1702年达成两者合并的协议。1708年新公司组建完毕，定名为“英商东印度贸易联合公司”，双方股金各占一半。

随着东印度公司在印度的进展，它的性质渐渐发生了变化。1600年特许状允许公司制定内部法律，1615年国王授权公司在内部具有司法权，可对罪犯判罚直至死刑。以后公司将立法与司法权扩至印度殖民地。1677年，公司被授权铸造印度货币，在殖民地使用。1683年的特许状授予公司招募军队、宣战及媾和的权力。17世纪下半叶起，英人以马德拉斯、孟买和加尔各答三大商港为中心，设立三大管区，各设一名省督管辖。至此，东印度公司已从最初的贸易公司，演变成商业、政治、军事、司法合一的组织。