依靠武力建立起来的统治，从表面上看也许非常光辉，但实质上是脆弱的，阿克巴充分认识到这一点。他深知要建立一个伟大的帝国，文治武功不可偏废。在从军事征服者演变为伟大领袖的过程中，阿克巴充分显示了他的文治才能。

莫卧儿帝国幅员辽阔，统治集团是外来民族，其风俗习惯与当地的宗教和文化有很大差异，双方冲突屡屡，有时十分激烈。在这种状况下，阿克巴按照自己的思想和原则，建立了一个带有浓烈军事性质的高度中央集权的统治机构。换言之，那是波斯-阿拉伯政治制度与印度环境相结合的产物。

在集权的统治机构中，王权高于一切。皇帝是国家元首、行政首脑、军队的最高统帅、主要的立法者、司法的最高审判官，也是真主在世间的最高代表。阿克巴每天参加三次会议，第一次是上朝，第二次是重臣的日常事务会，第三次会议是在下午或晚上，讨论宗教、政策、政务等事项；在一段时间内，根据情况会专门安排一天处理司法案件。阿克巴通过这些会议，行使王权，发布旨令。

中央政府位于德里，主要设置四大部：田赋部、军事部、作坊管理部、宗教事务及司法部。田赋是莫卧儿帝国最大的收入来源。1582年，阿克巴大胆起用印度人托达·马尔任税务和财政大臣。自德里苏丹以来，主管田赋的官员都由穆斯林担任。但正是托达·马尔进行了中世纪印度惟有的一次田赋改革。他借鉴舍尔沙未尽的改革措施，制订了田税的标准制度。其实施的秩序是：1.土地测量；2.土地分类；3.确定税率。原先的测量工具在材料上易受冷热、干燥及潮湿等诸因素影响，误差较大。托达·马尔改用统一制作的铁环连接竹尺为丈量工具。测定的土地，经过一段时间的实际耕作以后，以地力及休耕状况的不同，将土地分为四类：每年都能耕种的土地，为第一等；两年内不定时可耕种的土地，为第二等；三、四年内，经休耕后可耕种的土地，为第三等；五年内难以获得收成的土地，为第四等。只对前三等实际耕种的土地征税，税额为收获量的三分之一，农民可以付现金，也可以交纳实物。如以现金纳税，则依当时市价为准。田地税额十年估定一次，十年后另行测估。这制度在北印度及古查拉特推行，以后略加修改，也贯彻到德干地区。田赋改革十分成功，至阿克巴去世时，印度已相当富裕。当代印度史专家英国斯皮尔教授对16世纪英国与印度的农村生活进行比较研究，他认为当时印度农村的生活比英国农村稍强。他还将印度与中国万历年间进行比较，因为16世纪80年代左右，中国正是张居正改革的时期，斯皮尔教授认为中国和印度当时人口大约都是1亿，托达·马尔的田赋改革比之张居正的“一条鞭法”毫无逊色，甚至更显成效。

军事部门在莫卧儿帝国政府中的地位是举足轻重的。政府的官僚机构就是按照军事方式编制的。军官和政府官僚主要由西北外族组成，官阶的定位遵循曼沙达尔制度。“曼沙达尔”是波斯语，意为“官位”，该制度分为三十三等级，以骑兵数目为阶，最低官员指挥十骑，最高的指挥万骑。最高的三个级位，即指挥万骑、八千骑、七千骑的高位，保留给三个王子。军官的任命、升降、免职、调离等权限，全部由皇帝掌控。每个官员的官阶、薪水都有委任状具体规定，他们有责任提供固定人数的军队为国家服役，所以他们成为国家法定的贵族，军事、民政都由其一人掌控。军官和政府官员领取薪俸的方式有两种：从国家银库支领现金；或者授予“扎吉尔”，即指定某一地区的税收为他享有，价值与其薪俸大致相等，但土地所有权仍归朝廷。官员们的待遇非常优厚，一个“五千骑”的军官月薪至少有1.8万卢比，一个“一千骑”官员的月薪为5 000卢比，而“五百骑”的官员受月俸1 000卢比。官员的职位不是世袭的，他活着的时候才拥有“扎吉尔”，死后爵位、官职和扎吉尔不能传给儿子，英国人霍金斯在1608年写道：“莫卧儿的惯例是：贵族死后，皇帝没收他们的财产，并用来赐给他所喜欢的该贵族的孩子。”这种领地收回制度，使高官们无法为子孙留下福泽，所以他们在有生之年尽量挥霍享受。这制度也妨碍一个独立的世袭贵族阶级的形成，这就不存在一个能制止国王独裁的强大力量。因为世袭贵族的子孙在地位和财富上不会仰赖于国王的恩惠，只有这样，长期稳固的贵族集团才能仗义执言，规谏君王，防止其专制、残暴。曼沙达尔制度开始时有1 800人封官，成为军政骨干，到后来冗官产生，达6 000多人，制度也略有变化或扭曲。

作坊管理部日益重要，这与当时城市繁荣，商业和手工业发达相适应。莫卧儿帝国时期，印度城市繁荣、富庶，这在当时著作的记述中，比比皆是。例如，1585年非奇记载，“亚格拉与法特普尔是很大的城市，两者都比伦敦大得多，且人口稠密。亚格拉和法特普尔相距仅12英里，沿路是销售食物及各种货品的商店，人群往来熙攘，热闹非凡，俨然已成通衢市场，与城中无异”。另两名同时代的欧洲人记载，旁遮普“物产丰富，拉合尔是这地区最主要的城市，不仅城广人多，而且民众富有，是印度最大商埠之一”，“不亚于欧洲或亚洲的任何城市”，它“气候适宜，世界顶级产品汇集于此，如此氛围，举世无双”。当然，最大的城市是德里，它是手工业集聚地，工匠们有的制造炮、弓箭等军器，有的做精致无比的宫廷用品，德里的首饰闻名世界，至今留有“银街”。作坊管理部不仅对这些城市的企业、商业进行管理，而且还是外贸机构，管理印度与欧亚各国大量的贸易活动。除了中国、中亚及非洲等传统的外贸对象以及运输路线外，这时一个重要的特点是英国人和荷兰人的商务非常活跃，他们在印度各中心地，纷纷设立商馆，承担很大一部分的印欧贸易。从英格兰激烈批评英商运来金银购买印度的商品来看，印度当时的对欧贸易应是出超的。还有记载表明，当时欧洲商人千方百计讨好、迁就和贿赂印度官员，以图谋贸易上的方便，他们中有些人达到了目的，有些人碰了一鼻子灰。

宗教事务及司法部在四大部门中最为重要，并且与其他三部门关系密切。宗教自古以来是印度的头等大事，宗教部门的地位之高，对各方面的作用之大，是不言而喻的。至于司法，最显著的特点是穆斯林与印度教徒的诉讼各有宗教庭所处理。在农村，村落组织与印度教制度仍然存在，继续发挥着作用；甚至在城市里，涉及印度教徒有关继承、婚姻等民事诉讼，也都依据印度教的习惯法判决。穆斯林法庭受理初审和上诉案件，审判遵循《古兰经》的禁令和训诫，遵循《法典》和有名的法理学家对圣法的解释。重大刑事案件和处以极刑的案件需上报，最终审判由皇帝定夺。

帝国幅员辽阔，阿克巴坚持大一统印度的方向，坚持中央集权。他把全国分成15个省，即孟加拉（包括奥利萨）、阿拉哈巴德、比哈尔、亚格拉、奥德、德里、阿杰米尔、木尔坦（包括信德）、拉合尔（包括克什米尔）、艾哈迈达巴德（古查拉特）、喀布尔、马尔瓦、坎德什、贝拉尔、阿马德纳加尔，各省均设省督管理，以税务官加以牵制，并派遣众多密探以洞察各地的状况。各省的行政机构是中央政府的缩影。

从一个外来的少数民族及异教集团的统治者，上升为整个印度斯坦都接受的领袖，吸引不同的人们为了良好愿望共同合作，而不是在恐惧中顺从，这是阿克巴另一项文治业绩。他一反前代穆斯林王朝暴力统治的做法，改为伊斯兰教和印度教亲善的政策，以建立广泛的政治基础。1562年他娶了斋浦尔印度教统治者比哈·马尔的公主为妃，后来继承王位的查罕杰，就是这桩联姻的结果。以后阿克巴连续娶了几个印度教女子，都相待甚厚。他用联姻的方式，尽力调和两者之间的感情。

1568—1569年，阿克巴在占领奇托尔和兰桑波尔之后，尽力拉拢拉其普特的头领们，虽然这些人都以印度教保护者自居。他邀请他们为莫卧儿帝国服务，并与其中一些头领约法三章，以表示与他们和解的愿望。例如与邦迪的协约：邦迪的酋长们可免除将新娘送入莫卧儿后宫的惯例，这惯例显然对拉其普特人是一种屈辱；免除他们的“人头税”；印度教寺庙受到尊敬等。事实上他还授予一些拉其普特头领很高的职位和帝国荣誉，有的成为军事司令官，有的成为行省统治者，有的还成为阿克巴机密圈子中的成员。如斋浦尔的比哈·马尔成为曼沙达尔制的“五千骑”高官，儿孙也一直在军中任高职。苏贾纳·哈拉把兰桑波尔要塞的钥匙献给了阿克巴，他本人成为朝廷地位很高的贵族。阿克巴也授予一些拉其普特首领以特权，暗示他们与穆斯林贵族有着几乎相等的地位。例如，有些人可在宫廷中骑马，可全副武装骑马至公众会议厅，允许他们的皮鼓一直敲到红门，这些都是高规格荣誉的象征。阿克巴统治后期，多数拉其普特头领都领受了莫卧儿帝国的“曼沙达尔”，莫卧儿骑兵三分之一是印度教徒。据统计在阿克巴时代，中央政府的官员70%来自印度以外，剩下的30%中，印度教徒与穆斯林各占一半。因此斯皮尔教授说：“这些拉其普特人实际上成了帝国的合伙人。”托德描述阿克巴为：“第一个成功征服拉其普特的人，他能用镀上金光的锁链来束缚他们。”

阿克巴以卓越的见识和勇气对印度教徒采取一系列非常宽容的政策。印度教崇拜偶像，伊斯兰教反对偶像崇拜，因此以前的苏丹朝廷规定，印度教徒要保留习俗，须交纳“进香税”，每年的税额多达几百万卢比。1562年阿克巴取消了这项税收。1564年甚至取消了岁入更多的“人头税”。其他的宽容政策还有：禁止奴役战俘；允许各宗教建立寺院，自由传教；允许被迫改宗伊斯兰教的人恢复他们原来的信仰；在重要的伊斯兰教和印度教节日，宫廷都举行隆重的庆典，并且允许印度教徒穿传统的服装；政府职务不问教籍，向一切人开放。同时他对于印度教的一些陋习坚决予以取缔，如明令禁止“萨蒂”（焚身殉夫，即丈夫死了，妻子在柴堆上将自己活活烧死，以殉夫君）、童婚、近亲婚配、杀婴等，允许寡妇再嫁。

在印度教徒人口占压倒多数的国度里，要为莫卧儿帝国建立一个广泛的社会基础，宗教问题是一个不得不解决的棘手问题。阿克巴具备了宗教改革的条件。首先，“他精明的头脑和宽广的胸怀，是上苍赋予他来承担这一重大责任的”。其次，阿克巴的母亲是波斯学者的女儿，据阿克巴本人回忆，她的说教在其心灵播下了宽容精神的种子。再者，阿克巴自小受伊斯兰教苏菲派的熏陶，他接受“通过虔诚与安拉合一”的主张，树立了超脱于宗教之上的观念。还有，他的拉其普特的妻子们和信奉印度教的朝臣们为他拓展了伊斯兰教以外的世界。另外，1574年，当还是一个正统的逊尼派穆斯林时，他曾修建一所礼拜堂，召集伊斯兰教神学家讨论教义，但不久他们的讨论流为粗鄙的辱骂，甚至进行人身攻击，这使阿克巴感到失望和震撼。于是他把各种宗教派别的有识之士召来，经常在礼拜堂举行宗教辩论，从中悟出“一切宗教都有光”的道理。最后，他在几名助手、尤其是阿布·法齐的协助下，开始了宗教改革。

1579年6月，阿克巴在礼拜堂以自己的名义宣读了“呼图白”（意为“宗教讲义”），向伊斯兰教“乌尔玛”（神职人员）挑战，并在同年9月颁布“无误法令”，宣布自己对于一切宗教事务有最高裁判权。接着，阿克巴致力于一种新的宗教，“将各教教义的精华熔为一炉，变成全国所崇奉的新宗教，使整个帝国都能和谐无间地成为一个整体”。这就是“Din Ilahi”（意为“真理”、“圣王”），实质是“圣王教团”，即以王为中心，万教在下，每一宗教都可存在，但要服从圣王，阿克巴是“圣王教团”的先知。在这旗帜下，伊斯兰教、印度教、耆那教、祆教、基督教都被包括在内。耶稣会教士巴图利说：“这种新组合的宗教教义，部分得自穆罕默德的《古兰经》，部分取自婆罗门的经典，还有的来自基督的福音，根据研究所得及旨趣所在，定出取舍。”德国研究阿克巴的史学家冯·内尔评价：阿克巴可以为自己的业绩感到骄傲，他平生事迹可证明他的谦虚、务实。他一度是政治、宗教、哲学的创立者，他创设的宗教无时间、空间的限制，体现宗教事务中的大度和宽容。

其实，阿克巴年幼时不受庭训，不习文墨，身为帝王不知阅读，但他有着浓厚的求知欲、惊人的记忆力和敏锐的理解力。他用口述来弥补写作，让学者们为他朗诵来弥补阅读不足。印度学大家史密斯写道：“只要看到他概括问题和发表精辟论述的能力，你一定认为他具有渊博的学识，而决不相信他是个文盲。”阿克巴尊重知识，尊重学者，对于文化事业给予足够的支持，例如他专门成立了一个翻译机构，把梵语、阿拉伯语、突厥语及希腊语的众多名著，译成当时的宫廷语言波斯语。

阿克巴对艺术有浓厚兴趣，他一生爱好音乐，曾恭敬地请教印度音乐名家坦逊。1565年，出于对建筑的喜爱，他在亚格拉要塞修建了规模宏大的石城。在他的鼓励支持下，孟加拉和古查拉特的建筑师们各显其能，在广袤地区建起了几百项风格各异的美丽建筑，只可惜它们大多在沙贾汉时期被毁掉了。

“前有阿育王，后有阿克巴”，印度民众如是评价，犹如中国的“秦皇汉武，唐宗宋祖”。查罕杰描述其父：中等身材，健美硕壮，黑眼黑眉，“两眼明亮如日照下的海洋”。声如洪钟，讲话时既诙谐，又有活力。他的一举一动没有世俗气息，处处显示出神的庄严和灵光。尽管他平易近人，却有一种令人肃然起敬的慑服力，“在伟人之中独显伟大，在卑微之中显其卑微”。英国的斯皮尔教授评价：阿克巴的才能是全方位的，他拥有创造性的想象力。他利用成功来改变局势，而不是用成功来侮辱对方。因此，他的统治是因为某些理由被认可，而不是因为强大的力量迫人接受。他的王朝得到了印度教徒和穆斯林的效忠。