根据诸子文献的特点，其在研究中的应用无外乎以下两种:一是支撑某个论点，起到论据的作用;二是成为学术史中的一部分，起到关键节点的作用。我们研治诸子，尤其是先秦诸子，文献的重要性不言而喻。现在应用较多的就是学术史的梳理。目前我们所看到的学术史多以某一子为研究对象，如熊铁基《中国老学史》、方勇《庄子学史》、王其俊《中国孟学史》、郑杰文《中国墨学通史》等，这些著作的共同特点是对某一部子书研究著述的历时性梳理，其间涉及众多的文献资料，这些研究著作构成了上下几千年的研究史，反映出学术研究的发展历程。当然，也必须承认，因为不同学者研究特点的不同，有的倾向于思想探究，如王其俊《中国孟学史》;有的侧重在学术研究中体现文献的价值，将文献看作是支撑学术史发展的基础，如方勇《庄子学史》。客观来讲，学术史的发展是建立在文献基础上的，纯粹的理论探讨会逐渐陷入空谈的误区，提出的理论会失去支撑其存在的基础。

此外，学术界也发表了许多相关的论文，大多侧重于文献层面的探讨，主要以校勘为主。尽管校勘也是涉及文献研究时所不可逾越的阶段，但纯粹的校勘会限制诸子研究的空间。况且，今人的文献校勘从整体上无法与乾嘉学派的校勘相比。因此，从诸子学的特点及发展规律来看，以文献为基础的子学研究是研究诸子之学的正确方向。

总体来看，目前学界还未能充分利用各种子书文献，文献学家更注重版本、题跋，而思想研究者则侧重学理探讨，不重视版本、题跋。学术史著作就是要文献与理论并重，理论要以文献为基础，文献也要借助理论发挥其应有的价值。所以，笔者认为，学术史研究是一种综合研究，是以史的宏观视野将文献与理论结合到一起的一种研究。子的研究，就应该树立这样一种研究理念，既要注重个性也要注重共性，努力发掘相关文献的价值。