自刘备兵败夷陵之后，蜀国内部的局势即开始动荡，幸亏诸葛亮镇守成都，才未发生大的动乱。但当诸葛亮奉诏至白帝城后，大的动乱便开始了。章武三年（223）三月，素为诸葛亮所不满的汉嘉郡（分蜀郡所置）太守黄元，一则考虑到刘备病危，怕刘备死后诸葛亮对己不利，二则考虑到诸葛亮东行，成都空虚，于是举郡反叛，火烧临邛城。在此危急关头，益州治中从事杨洪，启奏太子刘禅遣其亲兵，派将军陈曶、郑绰率领，讨伐黄元。杨洪估计黄元兵败后必将顺流东下，至白帝城向刘备请罪，如刘备已死，则必将投奔东吴，于是命陈曶、郑绰在南安峡口拦截。陈曶、郑绰按杨洪的部署，果然活捉黄元，押回成都斩之。黄元之乱虽被平息，但与此同时，南中地区又发生了更大的叛乱。一时之间，蜀汉的国内形势十分危急。

为了腾出时间迅速处理因夷陵兵败和刘备去世而引发的一系列问题，诸葛亮上表刘禅，请他立即公布刘备遗诏，并按礼而有节制地办理刘备的丧事。在诸葛亮的安排下，以李严为中都护，留镇白帝城，自己则护送刘备灵柩于五月返回成都，八月葬刘备于惠陵。

章武三年（223）五月，十七岁的刘禅即位于成都，改章武三年为建兴元年，封诸葛亮为武乡侯，领益州牧，设立丞相府署，治理国事。从此，四十三岁的诸葛亮担负起辅佐刘禅的重任，朝廷事无巨细，咸决于亮，他实际上成为蜀汉的最高执政者。

诸葛亮秉政之后，由于后主刘禅暗弱年幼，国家大事集于自己一身，因此他深感责任重大。为了广开言路，听取大家的不同意见，诸葛亮于建兴元年（223）接连下发了《教与军师长史参军掾属》（亦称《与群下教》）和《又教与军师长史参军掾属》（亦称《又与群下教》），鼓励部属对自己的缺点和错误提出批评。他在第一《教》中说：所行之事，之所以让大家参与讨论，是为了集思广益。如果为了避免小嫌疑而不肯提出不同意见，则会对国家造成损失。通过不同意见的反复争论，最后得出正确结论，就如同丢弃破鞋而获得珠玉一样。然而人们总是顾虑重重，苦于不能把心中的话完全说出。只有徐元直能够直言不讳；另外董幼宰参与处理政事七年，我办事每有不周之处，他都能反复多次提出不同意见。如果大家能学到徐元直的十分之一，能像董幼宰那样勤勤恳恳，忠于国家，那我就可以少犯过失了。在第二《教》中又说：我任重才轻，故多阙漏。过去与崔州平交往时，屡闻指点得失；与徐元直交往时，多受启发教诲；与董幼宰共事时，他每次都把话讲尽；与胡伟度共事时，他经常有规劝阻止。我虽然天性鄙陋愚昧，不能完全采纳，但与此四人的关系始终很融洽，这足以说明我对直言者绝不会疑忌。从以上两《教》来看，诸葛亮在处理国家大事时，很欢迎部属能提出不同意见，供自己斟酌参考，以避免或减少失误。

由于诸葛亮鼓励大家提意见，不搞打击报复，因此部属们便敢于对他直言劝谏。例如，刘备刚去世后，诸葛亮身为丞相， 日理万机，然事无巨细，他都亲自过问，甚至连校阅账簿文书之类的具体小事，他也亲自处理。对于诸葛亮的这种工作方法，主簿杨颙就提出批评，他说：为治应有分工，上下不可相侵。譬如一个家庭，男奴管耕种，女婢管炊事，鸡主司晨，犬主吠盗，牛用于载重，马用于远行，分工明确，所求皆足，如此，则主人便可雍容不迫，高枕无忧。相反，如果主人分工不明确，凡事皆躬亲，劳其体力，为此细务， 则必形疲神困，一事无成。这并非主人之智力不如奴婢鸡犬及牛马，而是治家的方法有问题。治理国家，亦同此理。坐而论道，乃王公之职责；作而行之，乃士大夫之职责。汉宣帝的丞相丙吉春日出行，看见清道夫群斗，死伤横道，他并不过问，但看见耕牛吐舌喘气，他却为之担忧，因为丙吉认为丞相不应亲自处理小事，只应关心大事。群斗小事，应由长安令和京兆尹处理；耕牛春天热得喘气，说明时气失节，阴阳不调，关心此类大事，才是丞相的职责。汉文帝问丞相陈平，全国每年决狱多少？每年钱谷出入多少？陈平说，事有分工，各负其责。决狱之事，可问治狱廷尉；钱谷之事，可问治粟内史。丞相的职责，不在具体细务，而在于上佐天子，燮理阴阳，下育万物，各得其宜，外镇四夷，安抚诸侯，内亲百姓，使卿大夫各司其职。杨颙在向诸葛亮举了以上事例后，又对他说：丙吉、陈平为丞相，都能做到分工明确，各司其职；而现在您任丞相，连校阅账簿文书之类的具体小事都要亲自处理，形疲神困，汗流终日，这不是太劳累了吗！诸葛亮听了杨颙对自己工作方法的批评后，非常感谢。后来杨颙去世，诸葛亮曾为之垂泣三日，并在写给张裔和蒋琬的信中说：“令史中失去赖玄，掾属中失去杨颙，对朝廷的损失太大了。”（原文见《三国志·杨戏传》）当然，由于蜀汉当时的具体国情，加之诸葛亮小心谨慎的一贯作风，使他不可能完全改变事必躬亲的工作方法，但是，他广开言路，鼓励部属提意见，不搞打击报复，这却是十分难能可贵的。

诸葛亮主持蜀国大政后，摆在他面前的问题很多。在诸多问题中，诸葛亮认为最紧迫的是必须立即恢复遭到破坏的孙刘联盟。

由诸葛亮和鲁肃在建安十三年（208）赤壁之战前夕所共同促成的孙刘联盟，在赤壁之战后艰难地维持了十一年。建安二十四年（219）孙权杀关羽而夺荆州，彻底破坏了孙刘联盟；此后刘备为关羽报仇伐吴而遭惨败，不但使孙刘两家的仇恨更为加深，而且使蜀国元气大伤。在刘备死后，魏帝曹丕乘吴蜀仇恨正深而蜀国处境十分困难之机，命司徒华歆、司空王朗、尚书令陈群、太史令许芝、谒者仆射诸葛璋等五位耆艾老臣各自写信给诸葛亮，陈以天命人事，劝诸葛亮举国称藩，投降魏国。由于华歆等五人同时写信劝降，诸葛亮深感事情重大，不能置之不理，必须予以严厉驳斥，而他又不屑于给五人分别回信，因此，诸葛亮便写了《正议》一文，公诸天下，对五人同时加以驳斥曰：“昔日项羽起兵之后，不遵循正道，虽处华夏之要地，握帝王之权势，但最终兵败身死，为后人留下永久的鉴戒。魏国不吸取历史教训，又步项羽后尘，曹氏父子能自身免祸已属万幸，子孙当以此为戒。然而，你等老迈之人，承伪命而称颂曹丕，劝我投降，此正如同陈崇、张竦称颂王莽之功一样，也不过是你等为了免去大祸，迫不得已的苟且偷生作法而已。昔日世祖皇帝（指刘秀）在前汉基础上创立后汉，只激励数千疲弱兵士，便在昆阳郊外挫败王莽的四十余万劲旅。可见，依靠正义而讨伐不义，并不在兵士的多少。到了曹操，凭借其以诡诈手段取胜而窃取的权力，统率数十万大军，前往汉中阳平关救援张郃，结果被我军打败，曹操悔恨不已，仅能自脱，丧其精锐之众，遂失汉中之地，他此时才深知皇权帝位不可妄获，不久即返回，未及到达许都即感毒而死。曹丕荒淫逸乐，继曹操之后而篡夺汉位。纵然曹丕派你等在信里施展像苏秦、张仪那样的诡辩靡丽之说，妄陈像骓兜那样的罪恶滔天之辞，企图诬蔑诽谤尧帝，挑拨离间夏禹和后稷，但也不过是徒费文辞、烦劳笔墨而已，这是大人君子所绝不肯为之事。另外，《军诫》中说：‘万人下定必死的决心，便可横行天下，所向无敌。’昔日黄帝轩辕只率兵数万，便可制服四方，平定海内，何况现在蜀国以数十万之众，依靠正义而讨伐篡汉的罪人，曹魏岂可冒犯阻挡！”（原文见《三国志·诸葛亮传》裴松之注引《诸葛亮集》）诸葛亮在《正议》中引经据典，联系现实，驳斥了华歆等人的劝降谬论，揭露了曹氏父子篡汉夺位的罪行，说明了正义战胜邪恶的必然性，表达了自己以弱胜强、统一天下、复兴汉室、还于旧都的决心和信念。

但诸葛亮又清醒地看到，当时要顶住魏国的压力，并为以后的北伐做好准备，仅靠蜀汉一国之力是绝对不行的，必须立即恢复遭到破坏的孙刘联盟，更何况孙刘联盟是自己当年在“隆中对策”中的既定外交政策。于是，在建兴元年（223）九月，诸葛亮派邓芝出使东吴，与孙权修好。而在此之前，孙权因已夺得荆州，并取得夷陵之战的胜利，加之曹丕不断向他施压，要他送子入朝为人质，所以他也有重新恢复孙刘联盟的意向，曾于蜀汉章武二年（222）十二月派郑泉到白帝城表示愿与蜀国改善关系。当时刘备兵败夷陵后正驻白帝城，曾派宋玮、费祎等报命于吴。但刘备死后，孙权又产生了疑虑。邓芝于建兴元年（223）十一月到达东吴后，针对孙权的疑虑，做了大量工作。孙权终于答应与魏绝交，重新与蜀联合，并于蜀汉建兴二年（224）春天派张温与殷礼随邓芝报聘于蜀。诸葛亮接着派邓芝再次出使东吴。从此，吴蜀信使往来，不绝于道，孙刘联盟重新恢复。尤其是孙权一方，更将与蜀汉联系的大权交给镇守荆州的陆逊。为了便于与蜀汉联系，孙权还把自己的大印放在陆逊处，他每次写给刘禅和诸葛亮的信件，都先送给陆逊过目，轻重可否，任其改定，然后盖印发出。陆逊镇守荆州，隔三峡与蜀为邻，他在此后很长一段时间内，实际上起着孙权与诸葛亮相互联系的中介作用。

北拒魏国 东续联盟

在孙权所派来的张温与殷礼两位报聘使者中，对于殷礼的人品才能，“诸葛亮甚称叹之”（《三国志·顾邵传》裴松之注引《通语》）。诸葛亮曾称赞殷礼是东吴少有的奇伟之人，又在写给其兄诸葛瑾的信中称赞殷礼才能出众，把他比作颇受后世称誉的春秋时期郑国大夫公孙桥和晋国大夫羊舌肸。

当然，孙刘两家的第二次联盟，与第一次联盟有很大的不同。第一次联盟是与刘备一方“跨有荆益”的战略利益同时并存的。到了第二次联盟时，无情的现实使诸葛亮已清醒地认识到，自己原先设想的“跨有荆益”，与孙刘联盟是不可能长期并存的，二者之间存在着不可调和的尖锐矛盾。所以，第二次孙刘联盟，诸葛亮是付出了沉重代价的。这个代价，就是承认孙权占有荆州的合理性，自己则不能再提“跨有荆益”。尽管付出了沉重的代价，但孙刘联盟的恢复，对蜀汉仍具有十分重要的意义。它使蜀汉的长江三峡边境，从此保持了较长时间的安定局面，也使诸葛亮从此再无东顾之忧，可以腾出手来专心解决其他问题。