诸葛亮来到新野后，刘备对他敬若师长，两人形影不离，情好日密。但关羽、张飞却心中不快，经常流露出不满的言辞。关羽和张飞都是刘备最早的部属，自随刘备镇压黄巾起义开始，二十多年来立过无数战功，平时护卫刘备，更是不避艰险。他们与刘备并非一般关系，三人寝则同床，恩若兄弟。正因为关羽、张飞数立战功，又与刘备恩若兄弟，加之他们的年龄都远远大于诸葛亮，所以两人对诸葛亮这个未立战功却深受刘备敬重的年轻书生，颇不以为然。针对关羽和张飞的不满情绪，刘备解释说：“我有了孔明，如同鱼有了水，请你们以后不要再乱说。”（原文见《三国志·诸葛亮传》）刘备把自己比作鱼，把诸葛亮比作水，而鱼是不可须臾离开水的，否则便无法生存。刘备这个比喻的言外之意是，诸葛亮对自己事业的成功至关重要，如果没有诸葛亮， 自己将一事无成。经过刘备这么一解释，关羽和张飞也就不再说什么了。

诸葛亮随刘备到新野的时间是建安十二年（207）深冬，转眼之间，冬去春来，已到了建安十三年（208） 。此时曹操已平定了北方，诸葛亮断定他不久将南下进攻荆州。刘备驻屯的新野县，是荆州所辖的最北边的南阳郡的一个小县，必定会首当其冲，而刘备当时却只有数千人，兵力甚微。诸葛亮劝刘备扩充兵力，但刘备觉得有两大难题：一是他当时正依附刘表，在名义上是刘表的部下，如果私自扩兵，必定会引起刘表的猜疑。二是兵源奇缺，此为更大的难题。荆州本为大州，据《后汉书·郡国志》载，汉顺帝永和五年（140）时，荆州七郡共一百三十九万九千三百九十四户，六百二十六万五千九百五十二人。汉末虽有战乱，但荆州所遭破坏较少，至建安十三年（208）时，人口当不会少于此数，可能还有增加。但是，由于当地的豪族富户大肆兼并土地，又把失掉土地后为求生存而流落四方的农民招为“荫户”，而这些“荫户”都未在官府登记户口，成为逃役逃赋的“游户”，因此从户籍上看，荆州人口并不多，兵源自然也就大成问题了。为了解决这两大难题，诸葛亮想出了“游户自实”的办法，对刘备说：“可向刘表建议，令荆州所有游户都必须到官府如实自报户口，用以增加兵源。”（原文见《三国志·诸葛亮传》裴松之注引《魏略》）这个办法的高明处在于：因为“游户自实”的命令并非由刘备下达，而是先由刘备向刘表建议，然后由刘表亲自下达，所以，它既可解决刘备扩兵的兵源问题，也可使刘备免去私自扩兵的嫌疑。刘备按诸葛亮的办法去做，果然很快扩充了兵力，使实力较前大为增强。

诸葛亮在新野时还为刘表的儿子刘琦出过一次主意，不但使刘琦转危为安，而且预先为刘备留下一支兵力。刘表有两个儿子：长子刘琦，是前妻所生；次子刘琮，是后妻蔡氏所生。刘表开始时因刘琦相貌与自己相似，为人又颇孝顺，所以对他甚为喜欢。但蔡氏与其弟蔡瑁以及刘表的外甥张允等人均得幸于刘表，他们经常在刘表面前说刘琦的坏话而赞誉刘琮，刘表是个没有主见的人，久而久之，便又爱刘琮而恶刘琦。刘琦心中恐惧，坐卧不宁，他向来敬重诸葛亮，便多次请诸葛亮为他谋划“自安之术”。但诸葛亮觉得这是他们父子兄弟之间的家事，别人不便插手，所以总是婉言谢绝，敷衍搪塞。一次，刘琦请诸葛亮游览后园，共上高楼，饮宴之间，令人撤去楼梯，向诸葛亮恳求道：“今日上不至天，下不至地，言出子口，人于吾耳，可以言未？”诸葛亮本来还是不想插手此事，但因楼梯已被撤去，无法离开，而刘琦又苦苦哀求，所以便只说了两句话：“君不见申生在内而危，重耳在外而安乎？”（《三国志·诸葛亮传》）这里所说的申生和重耳，都是春秋时期晋献公的儿子，二人皆有贤行。申生的母亲齐姜是齐桓公之女，为晋献公正妻，早死，申生以嫡子被立为太子。后来晋献公所宠幸的骊姬生了儿子奚齐，她想改立奚齐为太子，便设法陷害太子申生和公子重耳。晋献公二十一年（前656）， 骊姬欺骗申生，说她梦见了齐姜，让申生速去齐姜庙中祭祀，并在祭祀结束后将祭祀所用之肉献给晋献公。申生遵命而行。当时晋献公出猎未归，申生所献祭肉置于宫中，骊姬便在肉中下了毒药。晋献公回宫后发现肉中有毒，骊姬便诬称申生下毒，想毒死献公。献公大怒，要杀申生。有人劝申生向献公解释，申生认为如果解释清楚了，献公必然会杀骊姬；而献公年事已高，如果骊姬被杀，他又会寝食不安，于是不愿解释。又有人劝申生出奔别国，申生也不同意，最后自杀身亡。申生自杀后，骊姬又陷害重耳，诬称申生在肉中下毒之事，重耳知道。重耳恐惧，立即逃出晋国，在外辗转流亡十九年，最后由秦穆公送回晋国即位，是为晋文公，后来成为春秋五霸之一。诸葛亮对刘琦说的两句话，实为以古喻今。他既不公开涉及刘琦的家事，又明确地暗示刘琦不要像申生那样留在州城内等死，应该像重耳那样离开州城，只有如此，方能转危为安。刘琦很明白诸葛亮的暗示，于是想找机会离开刘表等人。恰在此时，刘表的江夏郡太守黄祖被孙权攻杀，刘琦乘机请求出镇江夏郡。刘表同意，派他出任江夏郡太守，前往治所夏口（今湖北武汉）上任。刘琦从此化险为夷，转危为安。在刘表集团中，刘表和刘琮对刘备始终不太信任，蔡氏和蔡瑁、张允等人还经常想暗算刘备，只有刘琦与刘备相处甚好。诸葛亮暗示刘琦离开州城，不但使刘琦得以出任江夏郡太守，脱离险境，而且刘琦在江夏所率领的一支兵力，后来还为刘备派上了用场。

建安十三年（208）七月，曹操率大军开始进攻荆州，而刘备此前已由新野移驻樊城。八月，刘表病死，蔡瑁和张允等人立刘琮为荆州牧，屯兵襄阳。刘琦由夏口来襄阳奔丧，受到刘琮的冷遇，又听说曹操大军将至，旋复南返。九月，曹操大军到达新野，刘琮背着刘备派人向曹操投降。驻屯樊城的刘备本不知曹军猝至和刘琮投降之事，当他得知这一消息时，曹军已经逼近，于是急忙率众撤离樊城。

樊城离刘琮驻屯的襄阳很近。刘备经过襄阳时，诸葛亮建议他乘机进攻刘琮，夺取荆州。但刘备素来仁慈，很讲信义，他觉得刘表对自己虽然不太信任，但毕竟容留自己在荆州驻屯了整七年（刘备建安六年九月投奔刘表），何况自己与刘表同为汉室疏宗，如果在刘表去世后进攻刘琮，夺取荆州，便会留下骂名，因此没有采纳诸葛亮的建议。刘备在襄阳城下驻马呼叫刘琮，想和他见上一面。刘琮不敢出见刘备，而荆州士民不愿随刘琮投降曹操，他们素闻刘备仁慈信义，多归附于刘备。刘备在襄阳城外祭拜刘表的坟墓后，率众继续南撤，到达南郡所辖之当阳县时，所率兵士及追随而来的士民，已达十余万人，还有辎重数千辆，行动颇慢，每日只走十余里。有人劝刘备舍弃士民，急速退守江陵，刘备不忍，只派关羽率船数百艘提前出发，约定在江陵会合。

退守夏口 力主联盟

江陵是南郡治所，地处冲要，军资殷实，向为荆州重镇。曹操怕刘备先据江陵，于是丢弃辎重，亲率精骑五千，兼程急进，一昼夜行军三百余里，终于在当阳县之长坂，追上刘备。刘备所率十余万众被曹军冲散，已无法前往江陵，他只得与诸葛亮、张飞、赵云等数十骑携家眷改道斜趋汉津，恰好与关羽所率水军会合，得以渡过沔水，而江夏郡太守刘琦又率兵万人前来接应，于是同至夏口立足。刘备从樊城南撤时，徐庶一直跟随，及至当阳县，徐母被曹操俘获，徐庶方寸已乱，遂向刘备和诸葛亮告辞，投奔曹操，后来在魏仕至右中郎将、御史中丞。

刘备退至夏口后，曹操夺取了江陵，即将顺江东下，形势非常危急。诸葛亮对刘备说：“形势很危急了，请让我奉命向孙权求救。”（原文见《三国志·诸葛亮传》）而在此之前，孙权的部属鲁肃就建议孙权与刘备联合，孙权便派鲁肃借着吊唁刘表之机劝说刘备和诸葛亮。鲁肃在当阳长坂遇到正在南逃的刘备和诸葛亮，得知刘琮已投降曹操，便不再北行，而向刘备和诸葛亮陈述了孙刘联盟的想法。鲁肃又特别对诸葛亮说：“我是诸葛瑾的友人。”（原文见《三国志·鲁肃传》）诸葛瑾自兴平二年（195）离开家乡后，到江东自谋出路。建安五年（200）被孙权的姐夫弘咨推荐给刚刚袭位的孙权，与鲁肃等人并见宾待，后为孙权长史，转为中司马。诸葛亮见鲁肃是自己兄长的朋友，在孙刘联合抗曹的问题上又与自己意见一致，即与鲁肃定交，成为好友。刘备见诸葛亮和鲁肃都主张孙刘联合，共抗曹操，心中非常高兴，便派诸葛亮随鲁肃一同到柴桑（今江西九江）去见孙权，共商孙刘联盟之事。