随后，穆罕默德被判刑入狱、服刑。2001年10月，美国方面要求埃及提供一份他的DNA样本，以便与在阿富汗战场被打死的一些武装分子进行比对，以核实其中之一是否是穆罕默德的兄长。2004年2月，沙特阿拉伯《中东报》发表文章说，穆罕默德还活着，正在埃及托拉监狱里服刑。一个月后，埃及内政部在证实这一消息的同时还宣布，穆罕默德的家人可对他进行探望。穆罕默德的家人在探视后声称，穆罕默德在监狱里受到了埃及情报部门的殴打、虐待。埃及警方随后宣布成立一个调查组，对穆罕默德的案件进行重新调查，但后来维持了原判。

2007年4月，穆罕默德和其他被关押的伊斯兰分子再次要求对他们的案件进行重新审理，声称他们仅是按照“伊斯兰教规”行事，而没有从事“恐怖活动”。经过四年的努力，穆罕默德2011年从埃及监狱获释。

不过，出乎人们和他本人意料的是，穆罕默德又很快被埃及警方逮捕，再次因“涉嫌从事恐怖活动”而受到军事法庭的审判。好在埃及此时的总统是来自穆斯林兄弟会的穆尔西，大环境对他有利，2012年3月，穆罕默德再次获释。