穆罕默德·扎瓦赫里1953年出生于埃及，是“基地”组织最高领导人扎瓦赫里最小的弟弟，现年61岁。他是埃及伊斯兰圣战组织的成员之一。该组织被美国列入“恐怖组织”名单，据悉于2001年与“基地”组织合并，穆罕默德也成为被美国中央情报局在“9·11”事件后进行全球通缉的14名案犯之一。

1974年，穆罕默德·扎瓦赫里从开罗大学工程学院毕业后，前往沙特阿拉伯，在一家建筑公司工作。关于他在沙特工作和生活的具体情况，很少有资料提及。1981年，他因涉嫌卷入刺杀埃及前总统萨达特一案而被埃及法院缺席起诉。埃及法院认为，穆罕默德·扎瓦赫里的一个兄长供认，穆罕默德·扎瓦赫里在沙特阿拉伯招募了两个埃及人卡迈尔·穆斯塔法和阿卜杜尔·哈迪，企图行刺萨达特。不过，穆罕默德聘请律师，成功地使他从此案中脱身。

此后，穆罕默德加入了“世界伊斯兰信仰组织”，前往印度尼西亚、波黑和马拉维等国，帮助当地建立伊斯兰学院和医疗诊所。大约在这期间，穆罕默德开始接触一些极端的伊斯兰思想和组织。20世纪90年代早期，他先是带着妻子和六个子女迁居也门，后到苏丹首都喀土穆与哥哥艾曼·扎瓦赫里团聚。此时，中东地区的“圣战”浪潮开始暗流涌动。不久，扎瓦赫里被苏丹方面驱逐出境，前往阿富汗，与本·拉登走到了一起，后来在本·拉登被美军打死后成为“基地”组织的最高头目，而穆罕默德则带着家人回到也门，继续在建筑公司任职。

然而，穆罕默德所在的建筑公司发现，穆罕默德频繁到阿联酋旅行，而且卷入了一起针对从阿尔巴尼亚归国人员的行刺案，第二次受到埃及法院的缺席起诉。1999年3月，穆罕默德突然被也门警方逮捕，随后被引渡给埃及方面。这是穆罕默德第一次锒铛入狱。由于是秘密逮捕，穆罕默德的妻子不知其丈夫到哪儿去了，直到10月份与埃及驻也门大使馆联系后，才证实他已在埃及监狱里。于是，她带着孩子回到开罗，被警方拘捕。在被警方连续审讯三天、发现她确实与案件无关后，她才被释放。

值得注意的是，穆罕默德的另外一个兄长哈桑为马来西亚的一家建筑公司工作。1999年，他在开车上班路上被警方逮捕，而美国中央情报局、埃及情报部门和马来西亚安全部门一起参与了这起逮捕行动。因此，加上大名鼎鼎的“基地”组织最高领导人、美国“9·11”事件的主谋艾曼·扎瓦赫里，说扎瓦赫里家族是“恐怖分子家族”一点也不为过。