孔子回到鲁国之后，跟老伴亓官氏感情非常之好。十四年不在一起，现在重逢，多么值得珍惜。那时两人总在一起述说各自的经历，说起来就没个完。孔子还趁别人不大注意的时候，驾上车带夫人到沂河边上走走。后来孔子全力投入教学，亓官氏身体不好，也没有到书院侍候他。忽然有一天，家人来报，老夫人病危。孔子慌忙回到家里，老伴已经奄奄一息。孔子在她的床边坐着，心里非常沉重。孔鲤要换他休息，他不同意：“你去歇歇，我在这好好陪陪你娘。”第二天早上，亓官氏去世了。孔子一直重复着一句话：“你怎么走得这么快，我回来还不到半年！”

孔鲤在娘死后，心情一直不好，想起娘就哭，哭了一年。孔子知道了就批评他：“她过世，大家都伤心，但是哀痛的表达要符合于礼，总哭下去也是非礼的。另外，身体也受不了啊！”孔子不幸言中，孔鲤身体虽然不太差，但一年来的摧折，已经垮了，偶感风寒便也撒手去了。这年孔子六十九岁，是归鲁的第二年。

在孔子七十一岁时，最心爱的弟子颜渊死了。颜渊刚过四十，身体也还可以，谁也没有料到得病不久便命丧黄泉。在他生病的日子里，孔子天天派年轻的弟子到颜渊家里探问、安慰。这一天派去的弟子刚走一会儿，便慌慌张张地跑了回来，报告孔子：颜渊已经去世。孔子正在与几个学生谈话，听了之后如五雷轰顶，呆呆地说不出话来，好一阵子才捶着自己的胸脯哭喊道：“老天啊，你要我的命啊！老天啊，你要我的命啊！”哭了半个时辰还不停止，弟子们劝他说：“先生，节哀吧。您悲痛过度了！”孔子说：“我悲痛过度了吗？不为这样的人悲痛，我为谁悲痛呢！”孔子喜欢颜渊不仅因为他聪明，悟性好，而且道德水平高，不迁怒，不贰过，达到了三月不违仁的地步。孔子很想倚重他来传播自己的道，不料他却先自己而死，确实比孔鲤死时还要难过。人们发现，孔子老了许多。

颜渊家贫，勉强置办了一口棺材，再也没钱买椁了。颜渊的父亲颜无繇觉得儿子在孔门也是有头有脸的人，连个椁也没有，很不体面，于是要求孔子给颜渊买椁。他一边流泪一边说：“先生，小儿跟了您一辈子，为了您的道，他从来没有出仕，现在不幸病故，我想总该有个椁吧，可是家里太穷，买不起，请您可怜。”孔子说：“无繇啊，丧事虽然不能马虎，但是要根据家里的财力。有钱人葬仪不得过礼，没钱的能够装敛也就可以了。我鲤儿去年去世，你不记得吗，也是有棺无椁。”无繇说：“颜回在孔门弟子中地位特殊，应该有椁。您有一辆车，经常闲置，能不能赏给我儿，用它来换个椁？”孔子说：“无繇，你也跟我学过多年，怎么不懂礼呢？不是我舍不得这辆车，但凡事要依礼而行。我虽然不任实职，但毕竟是大夫，按礼大夫出门是不能徒步走的。所以这车不能卖。”颜渊的几位师弟非常尊敬他，决定厚葬颜渊，孔子告诉他们不可以，但他们不听，偷偷凑钱买了椁，安葬了颜渊。孔子知道后，心情很复杂，心爱弟子得以厚葬，未尝不是个安慰，所以并未责怪这几个人，但是这毕竟让颜渊违了礼，于是他自言自语地对颜渊说：“回呀，你把我当父亲一样看待，可我却没能把你当儿子一样看待，孔鲤的葬仪没有违礼，而你的葬仪却违了礼。不过，这不是我的主意，是你的同学们不听话。”

还是这一年，鲁人在钜野狩猎，叔孙氏的车夫抓获一只四不像，带回来给孔子看。孔子说：“这是麟啊，是瑞兽啊！你们怎么把麟抓回来了！麟呀，你在乱世出来，才有这个下场！唉，吾道穷矣！”他非常伤感，于是绝笔，不再写《春秋》。

哀公十五年（前480年），卫国出公父子争位的斗争有了出人意料的发展。蒯聩的姐姐伯姬是执政大臣孔悝的母亲，孔悝之父死后，伯姬与仆人浑良夫私通。浑良夫不自安，害怕一旦暴露要杀头。在戚邑坚持要取代出公的蒯聩知道此事后，对浑良夫说，你帮我入主卫宫，我免你三次死罪，而且还给你大夫职衔。浑良夫与伯姬商量要做长久夫妻，就答应帮助蒯聩胁迫孔悝，让他支持蒯聩上台。这一年闰十二月，蒯聩潜入孔伯姬家中，由伯姬带领，找到孔悝，拿长戈逼住他，要他与他们盟誓，盟誓之后又劫持他上了孔家的高台。卫出公听说孔悝倒向了蒯聩，便带了一部分人逃向鲁国。子路是孔悝的邑宰，听说事变，不顾一切地跑去援救。路上遇见孔子弟子卫国大夫子羔，子羔对子路说：“你不管政事，没有必要去送死了。”子路说：“我吃了孔氏的俸禄，就不能逃避。”冲到孔氏家中，对着高台大呼：“太子（指蒯聩）何必扣留孔悝！即使杀了他，还会有人与你斗下去！”又说：“太子是胆小鬼，我把台子烧掉一半，你就得放孔悝 ！ ”蒯聩恨得要命，派两个武士到台下去杀子路。子路毕竟上了年纪且又寡不敌众，斗不上几个回合，便被刺中要害，倒在血泊中了。奄奄一息的子路忽然发现帽缨断了，说：“君子即使死了，帽子也要戴好。”艰难地结好帽缨，便死了。

孔子很快便听说卫国的事变，想到在卫任职的两个弟子：子路与子羔，忧心忡忡，寝食不安。子羔是普通大夫，并不与闻政事，不会主动死难，也不会投降蒯聩，逃奔到鲁国的可能性较大。子路虽然是小小的邑宰，但是他为人最讲忠义，必定冒死去救孔悝。所以孔子嘴里不断地念叨着：“柴也其来，由也死矣！”果然，几天之后，子羔来见孔子，备述当时情况，估计子路是九死一生。又过了几天，卫国一位送信的人来见孔子，刚说到子路已死，孔子便流下泪来，马上吩咐在中庭祭子路，他到了那里朝着子路的神主放声痛哭。哭了很长一段时间，然后又让送信人谈详情，听说子路最后被剁成肉酱，只觉心头作呕，差一点吐了出来，立即命人把自己家里早上刚剁好的肉酱倒掉。这之后多少天都不想吃饭。

回到鲁国的这几年，不幸的事情接踵而来，先是夫人亓官氏、儿子孔鲤病逝，然后是心爱弟子颜回去世。这回又是另一心爱弟子子路死难，而且死得如此之惨。这对于孔子的打击实在太大，哀公十六年夏四月，在子路死去五个月之后，他终于得了重病。这一天，孔子一大早起来，拄着手杖，在门前漫步，子贡听说他病了之后，急匆匆从外地赶来看他，大老远地就喊了一声“先生！”然后跑过来施礼。孔子看到他又高兴又难过，说：“赐呀！你来得怎么这样晚？真怕见不到你啊！昨天晚上梦见自己坐在两楹之间，我大概快死了。”子贡心头一阵难过，平时伶牙俐齿的他，一时不知如何安慰孔子，只是说：“您身体一向硬朗，寿长着呢！”孔子说：“我的寿已经很长了，死并不遗憾，遗憾的是看不到大道流行于天下。”说罢便吟唱一首歌：“泰山要坍塌了，梁木要摧折了，哲人要凋谢了！”反复唱了几遍，才慢慢走回房去。

七天之后，孔子去世了。

弟子们将孔子葬于鲁城北泗水边。他们为纪念孔子都服丧三年。三年之后各自打点行李回家，临行前相向痛哭，尽哀而去。只有子贡没有走，他在孔子墓边造一小屋，独居三年，然后回归故里。《史记》说：“弟子及鲁人，往从冢而家者，百有余室，因命曰孔里。鲁世世相传，以岁时奉祠孔子冢，而诸儒亦讲礼乡饮大射于孔子冢。”后来大概孔子子孙葬在他墓边的越来越多，住家户便逐步让了出来，孔里便成为孔氏家族的墓地，这就是现在曲阜城北的孔林。

孔子死后，弟子们开始编辑整理他们平日记录的孔子及部分弟子的言论，由于所闻不同，思想倾向不同，各人有各人的本子，名称也不一致，有的叫《论》，有的名《语》，有的称《记》，到了汉代才把它们编辑在一起，称为《论语》。开始时，有鲁人传的《鲁论语》，齐人传的《齐论语》，这都是今文即当时通行的隶书写的，后来又在孔子老屋墙壁中发掘出用篆书写的《古论语》。三种本子大体相同，但篇目、内容、文字等方面都有小的差异。西汉安昌侯张禹将鲁、齐两《论》编在一起，而成《张侯论》。东汉郑玄将《张侯论》与《古论》编在一起，成为流传至今的本子。《论语》中记录的孔子言行，与《左传》的有关记载是研究孔子最可靠的资料，其他如《孟子》、《礼记·檀弓》等所记录的资料也较可靠。汉代以来，注释和研究《论语》人、书非常之多，形成经久不衰的《论语》热。历代读书人中除去为应试而读的情况之外，许多有识之士，特别是历史转折时期的思想家们，为解决当时的重大历史课题服务，总要重新阅读和解释《论语》，重新学习孔子的智慧。