孔子晚年另一件重要工作是整理古代文献——具体对象是被称作《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》的六经。但是他对六经所做的工作各不相同。有的是整理，有的是在教学中加以发挥，而有的则是重新写作。

孔子自认是文王之后担负古代优秀文化承传重任的人，对于古代典籍向来十分重视。六经是他教育弟子的重要教材，由于时间久远，简策有散乱，传写有错误，写本有不同，所以有必要进行整理。自司马迁以来人们常说孔子“删《诗》《书》，定《礼》《乐》”。但是仔细考察，证据似不充分。对于《诗》《书》，他很可能只是编辑整理，而不是删节。至于《礼》，孔子时代还不存在。《周礼》、《礼记》是战国秦汉儒家著作，《仪礼》是春秋战国时代的部分礼制的汇编，其中可能有孔子口授的内容，主要是战国儒家的作品，而由汉代儒者编定。《乐》早已失传，它与孔子的关系已无法考证。孔子订正过古乐，他说：“吾自卫反鲁，然后乐正，雅颂各得其所。”（《子罕》）在孔子时代，诗都是可以歌唱的，所以诗与乐是一回事。他正乐的结果是雅颂各得其所，也就是不仅使雅与颂文字对，声调正，而且明确什么人用什么乐，什么场合用什么乐，不得僭越。

至于《易》，孔子四十几岁时已经深入地研读过，晚年更是爱不释手，反复阅读，以至于连贯《易经》竹简的皮带子断了多次。一种很有影响的说法是孔子作《易传》（包括《彖传》、《象传》、《文言传》、《系辞传》、《说卦传》、《序卦传》、《杂卦传》等），理由是其中包含了孔子的重要思想。此说不能成立，因为有确凿证据说明《易传》是战国中期以后的作品。由孔子开始直至秦汉，有一个大体清楚的一代接一代的传《易》系统，《易传》作者就是这个系统中人，是他们把孔子《易》学研究的体会，写进《易传》中去的，所以其中有孔子思想并不奇怪，但是据此不能断定《易传》为孔子所著。

六经中《春秋》的情况与其他都不同，它是孔子所作。自孟子和司马迁肯定此事之后已经成为定论，后代虽有人提出不同意见，但都缺乏足够的证据。当时各国都有自己的历史著作，如晋之《乘》，楚之《祷机》，鲁之《春秋》等都是。孔子《春秋》的特点是以鲁国《春秋》为主线，同时兼及天下各国大事，所以它是中国春秋时代的编年史，而不仅仅是鲁国史。孔子《春秋》的又一个特点是改变了以往历史仅仅记录史实的旧面貌，在历史著作中贯彻史家的思想观念，具体说来就是他的仁、礼、中庸等理论，及建设美好社会的理想。通过对春秋时期的历史人物与事件的评价，让人们建立正确的道德观和政治观，努力为善而不敢为不善。孟子说：“孔子《春秋》成而乱臣贼子惧。”（《孟子·滕文公下》）其实不但是乱臣贼子惧，昏庸无道之君也惧。因为孔子虽然较多地批评了犯上作乱的行为，但是对于无道之君也有批评。这批评一般都是言简意赅的，如吴楚之君自称王，而《春秋》依原来周天子给他们的封号，称之为子，这便是对他们擅自称王的批评。又如卫献公暴虐无道，被大夫孙林父、宁殖逐出国外，旧史书上说“孙、宁逐卫侯”，但是孔子将它改为“卫侯出奔齐”，表示他是“自取奔亡之祸”。孔子主张写历史要秉笔直书，他赞扬直书的董狐为“古之良史”，这是中国史学的优良传统，但另一方面，他还要为尊者讳，为亲者讳，将君父的过失、屈辱和其他不光彩的东西曲笔加以掩饰，这是《春秋》中的糟粕。司马迁说：“孔子为官断案时，他的判词尽可能地听取别人的意见。但是在写《春秋》时就完全不一样了，该写的写，该删的删，他的杰出弟子子夏根本帮不上忙。”孔子在讲授《春秋》时说：“后世了解我是由于《春秋》，怪罪我也是由于《春秋》。”可见他本人对这部书的重视。