但是安定的日子只过了三年，昊国与陈国的大战重开，孔子不得不再度远徙，这次是不折不扣的逃难。从地缘政治来看，陈国的情况让人不敢羡慕，它以一个小国夹在大国之间，东北是齐国，西北是晋国，南边是楚国，东南是昊国。大国争雄，经常以陈为战场，战事不断，民不聊生。哀公六年（前489年）春，吴国为了报旧日怨仇，大举进攻与楚国结盟的陈国。攻陈也就是攻楚，楚国当然不能坐视。楚昭王闻讯立即率军来救。那年秋天，昭王在攻打大冥（在今河南项城县境）时病逝，主帅缺位，楚国便从陈国撤军。吴军乘机挥军前进，打到宛丘城下。孔子师弟就是在这种情况下仓皇出逃的。他们的目标是楚国，具体说是楚国的负函（今河南信阳）。楚国叶公诸梁是一位贤人，既管理着叶（今河南叶县），也管理着负函，孔子闻名已久，这次赴楚便是奔他而去的。

老子说：“大军过后，必生荆棘。”孔子一行往南走，一路上见到的是逃难的人民，破败的房舍，荒芜的土地，满眼战争景象。他们带的粮食不多，几天之后粮食吃光，路上竟然找不到一粒粮食，大家都饿坏了，好几个人根本站不起来。这就是有名的“在陈绝粮”。孔子有惊人的意志力，他虽然也和大家一样没有吃的，但是却精神抖擞，照常讲诵弦歌。他的弟子中多数是急于用世的，跟着孔子学习是希望增长才干，与政界建立联系，以利于将来承担重任。但是目前的困境，是他们原来没有预料到的。子路跟着孔子曾经辉煌过一阵子，做季氏宰时不必说，即使是在卫国时也是吃穿不愁，现在见这么多好弟兄饿得东倒西歪，就不高兴地来见孔子，问他：“君子也有穷困的时候吗？”孔子坦然地回答：“君子固然也有穷困的时候，但是小人一遇穷困便要胡作非为了。”也就是说， 目前的困难正考验着每一个人是君子还是小人，自己可要把握得住啊。孔子意识到，对他的思想学说的怀疑情绪正在萌芽：跟孔子是不是跟错了？所以不能仅仅提醒大家划清君子小人的界限，还要认真解决信仰危机，使弟子们的思想得到真正的提高。

于是孔子先请子路来谈。他问道：“诗曰：‘既非兕又非虎，整天在旷野里走。’我的道是错了吗？我们为什么落到这步田地？”子路说：“我想可能我们还没做到仁，所以人家才不信任我们；我们还未做到智，所以人家才不让我们通行。”孔子对他说：“是这样的吗？如果仁者一定被信任，怎么会有伯夷、叔齐？如果智者一定能处处通行，怎么会有王子比干？”仁者伯夷叔齐饿死在首阳山，智者比干被殷纣剖心。不能用他们的遭遇否定他们的仁与智。遭遇更主要的是由环境决定的，在黑暗的社会里，仁智之人有悲惨的遭遇，这是一点也不奇怪的。

接下来，孔子又与子贡谈这个问题，子贡说：“您的道至高至大，所以天下没有人能够容得下您，为了人家能够接受，何不将您的标准降低一点？”孔子说：“良农善于种植不一定善于收割，良工擅长技艺不一定擅长顺从。君子能够修道，把各方面的问题梳理清楚，但是不能够取悦于人，让人家接受。你却不是这样，你的志向不远大啊！”子贡认为孔子之道是对的，但是标准太高了，一般人接受不了，为了让人家接受，应该适应现实，将标准降低。孔子教导他，不能为了让人接受就降低道的标准，那样道就不存在了。

最后，孔子找来颜回，也谈这个问题。颜回的理解迥出于二人之上，他说：“您的道至大，所以天下没人能接受。即使如此，您还是要推行下去，不被接受有什么关系！这种世道，不被接受才显出君子的本色。不修道是我们的耻辱，现在道已经大修而诸侯们不用，这是他们的耻辱。”孔子对于这个答案非常满意，笑着说：“是这样的吗，颜氏之子！如果你财产多，我给你做家宰。”这三个得意门生受到点拨，思想境界都有提高。

通过探讨，大家认识得到提高，觉得眼前的困难并不意味着孔子的道是错的，恰恰相反，在黑暗的世道下，不被接受才显出它的正确，才显出君子之道的本色。有权势者不行孔子之道是他们的耻辱，而不是孔子的耻辱。弟子们的信心更坚定了，相信困难一定会过去的。孔子派子贡先行一步，到负函向楚国大夫叶公诸梁求救，叶公素慕孔子大名，很快送来粮食，挽救了这场饥荒。