马其顿王朝统治时期推行的宗教政策主要涉及与罗马教皇为首的天主教教会的关系问题。毁坏圣像运动以后，基督教教会的分裂日益明显。罗马教会在8世纪中期摆脱了拜占庭皇帝的控制，建立和发展独立的教皇国。为了夺取基督教教会最高领导权，罗马教会与君士坦丁堡教会之间的斗争愈演愈烈。

巴西尔一世时期，大教长佛条斯（Photios I of Constantinople，858—867年和877—886年在位）推行对罗马教会的强硬路线，与皇帝巴西尔一世结好西方教会的政策相对立，被罢免了职务。新任大教长伊格纳条斯（Patriarch Ignatius of Constantinople，867—877年在位）遵循巴西尔一世的方针，极尽所能取悦于罗马教皇，并邀请教皇访问君士坦丁堡。869年，基督教大会在罗马和君士坦丁堡举行，东西方教会在许多问题上达成一致。但是，当拜占庭帝国极力扩大其在东欧斯拉夫人地区的影响时，两大教会之间再次发生冲突。对拉丁教会态度强硬的佛条斯先是被从流放地召回，进宫担任皇太子的教师，而后重新担任大教长。从此，东西方教会之间的斗争更加激烈，最终导致基督教历史上第一次大分裂。

1054年，双方因争夺对南意大利教区的管辖权再起争端，关系极为紧张。同年，罗马教皇派遣特使宏伯特（Humbert）前往君士坦丁堡与大教长米海尔一世（Michael I Cerularius，1043—1058年在位）进行谈判，在基督教圣餐使用发面饼或死面饼问题上，两人互不相让。这一争执源起于《圣经》福音书，其中涉及圣餐时只是说，耶稣基督“又拿起饼来，祝谢了、就劈开，递给他们（门徒们）说：‘这是我的身体，为你们舍的，你们也应当如此行，为的是纪念我。’”^【11】这里的饼显然是指小麦制成的面粉所做，但是没有说明究竟是使用发面饼还是死面饼的问题。罗马天主教认为这里的饼当为死面饼，而君士坦丁堡东正教认为此饼应为面包。这一圣礼之争的实质在于，双方借此强调各自的正统与正确，进而占据神学理论的制高点，并最终控制基督教整个世界的领导权。这年夏季，宏伯特利用在君士坦丁堡圣索菲亚大教堂演讲的机会，指责米海尔一世及其追随者犯有多种罪行，宣布开除他们的教籍。米海尔一世则立即召开宗教会议，批驳宏伯特的指责，并宣布开除宏伯特及所有在圣餐礼中使用死面饼为圣餐者的教籍。事实上，在米海尔一世背后有拜占庭帝国君主和贵族的支持，他们不能容忍罗马教皇势力的迅速发展，因此基督教第一次大分裂是拉丁教会与希腊教会长期争夺最高教权的结果，也是拜占庭皇帝与罗马教皇争夺实际利益的结果。