应该说，查士丁尼一世生前基本上实现了他的理想，无论在内政还是在外交和军事方面，他都取得了令其后人羡慕的成就，罗马帝国似乎又重放光辉。但是，查士丁尼一世的成就未能持久。565年，查士丁尼一世去世，同年，贝利撒留和普罗柯比也相继撒手人间。他们毕生为之奋斗、苦苦追求的罗马帝国不久便告瓦解，他们历尽艰辛、千方百计重现的罗马帝国的光荣也很快烟消云散，他们重温昔日罗马帝国的旧梦很快便破灭了，成为后人的回忆。如果说君士坦丁时代的主要成就是完成了拜占庭国家初步形成的历史任务，那么查士丁尼时代则经历了早期拜占庭国家试图恢复昔日罗马帝国的最终失败，几位杰出皇帝在昔日罗马旧框架内寻找走出危机之路的努力只是获得了短暂的成功，却没能持久。

查士丁尼一世去世后，边境地区的形势急转直下。当时，拜占庭帝国东部劲敌波斯军队恢复了对拜占庭人的攻势，从东面侵入帝国的亚洲领土，先后攻占了东部重镇叙利亚、大马士革、耶路撒冷等城，兵临博斯普鲁斯海峡。新兴起的阿瓦尔人和斯拉夫人则从北面多瑙河一线大举南侵帝国腹地和希腊地区，对首都君士坦丁堡形成了直接的陆上威胁。在西班牙，西哥特人对帝国属地展开了全面进攻，拜占庭军队鞭长不及，只能听凭西哥特人为所欲为，最终丧失了其最西部的领土。在意大利，伦巴底人乘东哥特人的再度反叛之机，袭击帝国军队，迫使拜占庭帝国势力龟缩于拉韦纳城内。远在北非的柏柏尔人也频繁打击拜占庭军队，使得这支曾经横扫北非、不可一世的军队只有招架之功。当时的拜占庭帝国真可谓四面告急，战事不绝，朝野上下惶惶不可终日。

外部危机伴随着内部动乱。首先是查士丁尼一世穷兵黩武，长年发动对外战争，以及大兴土木造成了人力和物力资源的枯竭。虽然他在位期间多次增加税收，提高税额，暂时缓解了财政紧缺，但是，随着他的去世，爆发了财政危机。他在位时几乎没有停止过战争，由此而需要的庞大军费开支和重建君士坦丁堡的费用耗尽了国库的全部库存，他的外甥和皇位继承人查士丁二世（Justin II，565—578年在位）在清理了国家财政之后，绝望地哀叹道：“国库一贫如洗，我们负债累累，到了极端贫困的地步。”^【50】由于巨大的财政亏空，迫使帝国政府不得不大量削减军队人数，据现代学者估计，查士丁尼一世晚期的军队人数即大幅度下降，仅相当于4世纪帝国军队的1/6。^【51】帝国各级官员为了弥补中央政府长期停发薪俸的损失，贪赃枉法，中饱私囊，查士丁尼一世在位时大力整治的各种腐败现象死灰复燃，帝国政府极端腐朽，陷入瘫痪。

最令拜占庭帝国统治者头痛的是，再度高涨的宗教斗争使拜占庭帝国社会重新陷入分裂。还在查士丁尼一世统治末期，不甘屈服的主张基督神性高于一切的一性论派信徒就再度挑起教义争论。此时，查士丁尼一世不敢采取高压手段迫害狂热的基督徒，而是被迫作出某些让步。他去世后，该派教徒公开打出分裂的旗帜，提出摆脱君士坦丁堡教会控制的要求，宣称君士坦丁堡主教无权干涉其他教区信徒的信仰。这一主张立刻得到叙利亚、巴勒斯坦和小亚细亚等帝国东部地区基督徒的拥护。这些地区的人民还借宗教斗争的机会提出赶走腐败透顶的帝国官吏，结束帝国残暴统治的要求，表达了当地人民对政府横征暴敛的剥削政策的极大愤怒。这些活动奠定了拜占庭帝国日后在外族入侵下彻底解体的基础，为半个世纪以后阿拉伯人顺利征服这些地区作了准备。

历史证明查士丁尼一世企图在昔日罗马帝国体制内为早期拜占庭国家寻求出路的计划落空了，拜占庭国家的发展只能寻求新的变革。