生殖器疱疹的病原体是HSV-2，它普遍存在于自然界，人是它的天然宿主。HSV-2是直径为150～200nm中等大小的DNA病毒，包含一个75nm直径的双股DNA核（基因组）和约100nm直径包绕它的蛋白质衣壳。衣壳是由162个壳粒组成的20面体，其外包以被膜，被膜含有脂质。HSV内部密码至少有6种多肽，其中2个是衣壳的蛋白质成分，另外4个是糖蛋白（gB、gC、gD、gE）。在活动性感染时，gB、gC、gD是基本免疫原，它能诱导中和抗体和细胞介导的免疫反应，现已确定HSV -1与HSV -2的生物学、血清学和致病性是不同的。

病毒由破溃皮肤或黏膜表面进入人体易感细胞并繁殖，导致细胞坏死、气球样变。与此同时，引起细胞免疫反应，起初为中性粒细胞的聚集，然后转为淋巴细胞，病毒经周围神经轴索传入骶神经节而长期潜伏。由于神经细胞缺乏病毒繁殖所需要的特异性转录酶，因而病毒的基因组在神经细胞内保持静止不动。只有当外伤、感染、月经和受冷刺激时，神经细胞出现此酶，病毒才再活动，并沿受累神经根下行返回至经常受累部位的皮肤和黏膜，临床表现为复发。