在生殖道沙眼衣原体感染的鉴别诊断中，首先应与淋菌性尿道炎相鉴别。有人曾比较了214例淋菌性尿道炎（宫颈）炎和185例男性淋菌性尿道炎（GU）的临床表现，发现同一病人中，若有分泌物和尿痛两种症状同时存在则可能是淋病，而单独存在两种症状之一者更像是生殖道沙眼衣原体感染。两种分泌物的性状和量也明显不同，淋菌性尿道炎的分泌物多为脓性，分泌物量多，稍挤压尿道或脓液自发流出的占84．5%，而生殖道沙眼衣原体感染时，分泌物较少，需用力挤压尿道才有分泌物占58%，分泌物的性状也多为浆液性。尚有19%的病人无分泌物。但两者的最终鉴别应通过实验室检查（表2-4）。

表2-4　淋病和生殖道沙眼衣原体感染的鉴别