诊断生殖道沙眼衣原体感染，应考虑病人有无非婚性接触史、潜伏期长短及临床表现等。要注意有相当一部分病人可无症状。病人分泌物涂片和培养应排除淋球菌，依靠病原学检测。其目的是：①确定病因，一旦检出沙眼衣原体，就可以针对病因进行治疗，同时能够比较准确地估计病人的预后。②检查衣原体有助于对病人及其性伴侣的治疗，阻止进一步传播；③诊断无症状感染者。发现这类病人并给予治疗，将消除这一可能的传染源。④女病人检查并治疗衣原体感染将能防止其远期并发症，如异位妊娠或不育的发生。