沙眼衣原体患者是本病的主要传染源。有症状或无症状者均可通过以下途径传播。

1．性接触传播 在成人，生殖道沙眼衣原体感染的传播途径通常是经过性传播。经性接触传播的危险性很难估计，这是由于某些影响因素和无症状感染、性接触的频繁性、避孕方式及抗生素的影响等常常变化很多大，或是未知的。据报道，有衣原体宫颈炎的妇女，其81%的性伴被感染。从表面上看，似乎衣原体的传染性低于淋病，但考虑到感染的自然病程不同（衣原体感染的潜伏期长），衣原体分离的敏感性低，机体免疫状态的影响及前述诸多因素，这种结论并不可靠。新近使用聚合酶联反应（PCR）技术发现女性对男性的传播率为68%。

2．非性接触传播 直接或间接接触患者的分泌物可受感染，如新生儿经母体产道可引起新生儿衣原体结膜炎，接触分泌物污染的衣裤、床上用品、毛巾、浴盆、马桶等物品可以受感染。在性活动时，或通过手-眼接触，将生殖道分泌物接种至眼部，可导致包涵体结膜炎。在成人，这是一种自限性疾病，特征是滤泡形成。与沙眼不同，感染部位主要在下眼睑而非上眼睑，但较少累及角膜，无血管翳和瘢痕形成。

生殖道衣原体感染可持续相当长时间，有的可达数年。因此，如果没有与其他人有性接触，可在感染后很长时间突然出现症状。由于衣原体诊断方法目前还不十分敏感，貌似新近感染，其实可能为既往感染而未被发现。