沙眼衣原体感染在发达国家和发展中国家均极为常见。由于无症状感染的存在和检测手段的匮乏，很多情况下只能用非淋菌性尿道炎（NGU）的发病数来估计衣原体感染的发病情况。NGU病例中约有一半由衣原体引起。在很多国家，淋病的发病数逐渐降低，而沙眼衣原体感染的发病数逐年上升。WHO估计全球每年新发的沙眼衣原体感染约9 200万例。美国疾病预防与控制中心（CDC）的统计显示，2003年美国大约有87．7万例沙眼衣原体感染（而淋病奈瑟菌只有33．5万例）。近年，我国非淋菌性尿道炎的发病呈缓慢上升的趋势，据中国疾病预防与控制中心性病控制中心流行病学分析报道，2003年NGU占35．03%，年发病率为19．85／10万，2004年NGU占35．94%，年发病率为22．43／10万。2009年全国105个性病监测点的监测资料表明，全年报告的生殖道沙眼衣原体感染为27 112例，比上年增长了9．23%。沙眼衣原体感染病例仅次于梅毒而高于其他3种性病（淋病、尖锐湿疣和生殖器疱疹）。

在一些欧美国家，已有不同人群中的生殖道衣原体感染率的报道。如在妇产科及计划生育门诊就诊者中为3%～20%，卖淫妇女中为4%～33%，健康女性中为1%～4%，而在性病门诊男女性就诊中分别为15%～20%和18%～27%。在女性宫颈炎中为20%～40%，输卵管炎中为20%～70%。在男性尿道炎中为20%～60%，附睾炎中为40%～80%。

我国报道的不同人群中泌尿生殖道沙眼衣原体的感染率有所差别，各地报道的结果也迥异，但总的来说要低于国外的感染率。在宫颈炎患者沙眼衣原体感染率为29．15%，在性病就诊人群中为11．2%。广州报道男性患者NGU患者中衣原体感染率为16．1%，女性中，婚外性行为者为12．2%，宫颈炎为14．8%，尿道炎为8．3%，早孕人流者为5．7%。南京地区的调查结果，在生殖道衣原体感染在性病门诊中，男性为8．7%，女性为8．8%，妇科门诊病人为3．0%，卖淫妇女为20．8%，性活跃男性为1．3%。感染的危险因素为年轻（年龄＜30岁）、多性伴、既往有性病史和合并有其他性病。