南京有书院始于宋代，至明清时期鼎盛。清代南京的书院，主要有文昌书院、虹桥书院、钟山书院、尊经书院、惜阴书院、金陵书院、文正书院等。

惜阴书院原名惜阴书舍，系清末南京著名的八大书院之一，旧址在龙蟠里原江南图书馆（今南京图书馆特藏部）内。

明清时期南京学风正盛，建有若干书院，如崇正书院清凉山，由桐城派名家姚鼐主持。至清末，南京书院有八所最为出名，惜阴书院位居其一，书院的山长为名儒薛时雨。薛时雨的住所薛庐也在龙蟠里。