大报恩寺还有一处遗迹——三藏殿。朱偰说得很明白：“在报恩寺南，旧属寺内。殿后有石塔，遗址尚存。《金陵梵刹志》 谓藏元奘 （即玄奘） 爪发处。或曰，宋天禧寺僧可政往陕西紫阁寺得唐三藏顶骨，归瘗于此。未知孰是。”（朱偰《金陵古迹名胜影集》）

三藏殿前有三藏塔。《金陵梵刹志》云：“三藏塔，石塔。唐时建，在寺内左。宋天禧寺僧可政往陕西紫阁寺，得唐三藏顶骨归，塔于此。”三藏说的就是唐代高僧玄奘。

宋代苏颂有《三藏塔》诗：“周遭严佛宇，直上俯天关。登陟缘梯险，淹留布坐悭。椽楹亦涂附，棂槛遍朱殷。白日分明到，青云咫尺攀。龙潭斜影落，鸟翼怯飞还。……往事稠重问，前朝指顾间。谁知息心处，香火老僧闲。”

三藏塔的高度与规模，无法与琉璃塔相提并论，苏颂的诗将三藏塔拔高了很多，几乎与琉璃塔比肩。从纪念的角度而言，当然是玄奘贡献大、影响大，所谓得道高僧，琉璃塔不过是纪念永乐皇帝的生母，母以子贵；就其规模而言，当是琉璃塔投入资金甚大，建得巍峨雄伟。

三藏塔、三藏殿都是为了纪念玄奘，意义更为深远，在信徒中的威望更高。