基因转化操作后，外源基因是否进入受体植物细胞，进入植物细胞的外源基因是否整合到植物染色体上，整合到染色体上的外源基因是否表达及能否获得预期的目的表型，都需要进行检测分析。对于外源基因整合最有效的检测方法是PCR与Southern杂交技术等分子生物学方法；对于外源基因的表达包括转录水平即m RNA和翻译水平即特异蛋白质检测，主要使用的方法有酶反应法、酶联免疫法（ELISA）和Western杂交技术以及生物学活性的检测。

对转基因植物的确定应有下列主要标准：①须有严格的对照和相应的比较分析。②提供转化当代植株的外源基因整合和表达的分子生物学证据，包括物理数据（PCR、Southern杂交、原位杂交、Western杂交）与表型数据（酶活分析），它们之间应紧密相关。③提供外源基因控制的表型性状证据（抗病虫害、抗寒）。④应有目的基因控制的表型性状稳定地遗传给后代的证据。