植物基因克隆的目的是通过一定的遗传手段，将生物体基因组中的一段DNA分子或者所编码的c DNA分离出来，并对其结构、表达、功能等各方面进行研究，为将其转化至受体细胞作准备。最常见的基因克隆的方法有：①以已知序列为基础的基因克隆方法。通过对已知蛋白质分子序列进行分析，并根据编码不同氨基酸的密码子设计简并引物，使用RT PCR技术扩增该基因的全长；或者通过对不同生物来源的蛋白质分子或差异表达的蛋白质分子的序列进行分析，获得该序列的一段具有保守性的氨基酸序列，根据此段序列设计简并引物，使用RT PCR技术扩增该基因的核心片段，再以此段序列设计引物与基因的5′和3′端的特殊引物配对进行RACE PCR扩增，获得基因全长。对于已知核酸序列可直接设计引物，使用RT PCR技术扩增基因全长。②以表达差异为基础的基因克隆方法。此类方法是基因克隆方法创新最为活跃的一个领域。从传统的c DNA文库的扣除杂交到现在大规模的DNA芯片技术，利用基因表达差异发展起来的基因克隆方法达数十种之多。其基本原理为当某个或者某些基因在两种不同的组织之间存在表达差异时，利用其中一种组织中所有表达的c DNA为探针，对两种不同组织中表达的基因进行筛选，可获得差异表达的基因。③根据生物大分子之间的相互作用克隆基因的方法。其中酵母双杂交系统的可行性和实用性已得到大量的实验证实。此外还有以分子标记连锁图谱和以人工突变体为基础的基因克隆方法等。