现代数量分类学基于以下原理：①分类基于表征的相似。因而以表型特征为基础。②分类中，所依据的特征数量越多、信息含量越多，得出的分类结果越好。所以可以综合形态学、生理学、植物化学、胚胎学、解剖学、孢粉学、细胞学、超微结构和微形态学等各方面的信息，这是传统分类学中很难做到的。③分析时的先决条件是在进行自然分类时，每个特征都有相同的价值。④在对进化的途径和机制做出一定假设的基础上，研究者可以依据分类群的系统排列和形状的相关性来推论它们的系统发育。⑤任何两个分类实体之间的全面相似性是对许多特殊相似性的概括，而这些特殊相似性源于两个分类群的每一个特征的比较。⑥性状间的相关性因所研究的类群而异，因此研究者总可以选取到有用的形状把所研究的类群区分开来。