染色体是由两条染色单体组成的，其大小、着丝点的位置和次缢痕的出现三个方面具有较大的变化，因而具有分类学意义。其中染色体的大小，一般以各染色体的长度来表示，其长度范围一般在0.5～30μm之间。各染色体的绝对大小及两臂的相对长度是识别细胞中特定染色体的主要方法，也是物种的一个相当稳定的特征。一般来说，单子叶植物比双子叶植物的染色体要大些，木本植物几乎都是小染色体，草本植物则大小都有。而着丝点指染色体上和纺锤体的牵引丝相连的区域，是识别染色体的一个重要标志，依据着丝点的位置通常可将染色体分为中部着丝点染色体（着丝点位于染色体中部，m）；近中着丝点染色体（着丝点位于接近染色体中部区域，sm）；近端着丝点染色体（着丝点位于接近染色体一端的区域，st）；端部着丝点染色体（着丝点位于染色体的一端，t）。每种植物染色体的着丝点位置是一定的。而染色体又以着丝点为界分成两部分，称为染色体臂，两臂长度相同称等臂染色体；长度不等，则分别称为长臂和短臂。两臂之间着色较浅而缢缩的部分，称为主缢痕。有的染色体还有另一个着色较浅的缢缩部分，称为次缢痕。另外，在有的染色体末端还有一个球形或棒形的突出物，称为随体，随体也是识别染色体的一个重要特征，但随体的辨别通常较为困难，特别是当次缢痕很长时，常导致错误的染色体计数。

一个种的染色体组的结构即染色体的数目、大小、形状、主缢痕和次缢痕等特征的总和称为染色体核型，或染色体组型。在染色体核型分析中，目前一般采用如下的方法：①常规的形态分析。如测量染色体的长度，确定着丝点的位置，次缢痕存在与否与位置，以及随体的有无、形状和大小等。②带型分析。近年来，使用Giemsa、荧光色素染色剂的染色体带型研究取得了比较大的突破。C带、G带、Q 带、Hy带等分带技术以及银染技术的应用，有助于更精细而可靠地识别染色体结构的个体特征，如区分异染色质和常染色质区。③着色区段分析。在同源染色体之间着色区基本相同，而在非同源染色体之间则有差异。④定量细胞化学分析。根据细胞核、染色体组或每一个染色体的DNA含量以及其他染色体化学特性鉴定染色体。