对于植物表面特征的观察则主要集中于表皮，其研究价值在于表皮覆盖了植物的几乎全部器官，同时在扫描电子显微镜观察的准备中，由于表皮厚而稳定，很少受环境、准备条件等的影响，因而表皮结构的高度多样性愈来愈多地给被子植物分类提供了新的、有价值的信息。表皮的微形态学研究包括：①初生雕纹：涉及细胞的排列和形状，对于一些分类群来说，细胞的排列是特定的。如罂粟科中种皮细胞以特殊的排列形成一种网状的超细胞式样，这成为该科的特征之一，而禾本科植物的表皮细胞排列式样可作为种和属级分类单元的鉴别特征。②次生雕纹：由于外壁表皮的下陷、次生壁加厚或者干燥细胞的皱缩与崩裂形成。次生雕纹具多种类型，有光滑、具条纹、网状或小的乳突状（具疣）等。如荨麻目植物叶片和茎常具有形态特殊的毛状体，此独特特征提供了荨麻目精确的界定。③三生雕纹：由外角质层的分泌物，如蜡质和其他黏液质等黏性亲脂物质形成，并具多种式样。而蜡状物的出现总是掩饰表皮的，所以次生雕纹和三生雕纹通常是相互排斥的。在单子叶植物中，外角质层蜡质的方位和式样似乎是具有高度系统学意义的新分类学特征。在仙人掌科和兰科等具有复杂系统发育关系的大科中，种皮微观结构的多样性同样可以提供极有价值的分类学依据。