这是德国植物分类学家恩格勒（A．Engler）和勃兰特（K．Prantl）于1897年在《植物自然分科志》（Dienatuelichen pflanzenfamilien）巨著中所发表的系统，它是植物分类史上第一个比较完整的自然分类系统。它将植物界分为13门，第13门为种子植物门，种子植物门再分为裸子植物和被子植物两个亚门，被子植物亚门再分为单子叶植物和双子叶植物两个纲，并将双子叶植物纲分为离瓣花亚纲（古生花被亚纲）和合瓣花亚纲（后生花被亚纲）共计45目，280科。

恩格勒系统以假花学说为理论基础，认为无花瓣、单性、木本、风媒花等为原始的特征，而有花瓣、两性、虫媒花是进化的特征，因此将单子叶植物放在双子叶植物之前，将柔荑花序植物作为双子叶植物中最原始的类群，而把木兰目、毛茛目等认为是较为进化的类群，这些观点已不被现代许多分类学家所赞同。

恩格勒系统几经修订，在1964年出版的《植物分科志要》第12版中，已把被子植物独立为门，并把双子叶植物放在单子叶植物之前。被子植物共有62目，344科，其中双子叶植物48目，290科，单子叶植物14目，54科。由于这一系统范围较广，包括了全世界植物的纲、目、科、属，而且各国沿用已久，为许多植物学家所熟悉，所以在世界许多地区仍较广泛使用。本教材被子植物分类部分采用修订的恩格勒系统，部分内容有变动。