裸子植物的化学成分类型很多，主要有黄酮类、生物碱类、萜类、挥发油及树脂等。

（一）黄酮类

黄酮类及双黄酮类在裸子植物中普遍存在，双黄酮除蕨类植物外很少发现，可以说是裸子植物的特征性成分，也是活性成分。常见的黄酮类有槲皮素、山柰酚、芸香苷、杨梅树皮素等。双黄酮类多分布在银杏科、柏科、杉科，如柏科植物含柏双黄酮，杉科和柏科含扁柏双黄酮，特别是穗花杉双黄酮在裸子植物中分布最普遍。银杏叶中含银杏双黄酮、异银杏双黄酮、去甲银杏双黄酮。这些黄酮类和双黄酮类化合物大部分具有扩张动脉血管作用，如由银杏叶中提取的总黄酮已制成新药，用于治疗心血管疾病。

（二）生物碱类

生物碱在裸子植物中分布不普遍，现知的仅存于三尖杉科、红豆杉科、罗汉松科、麻黄科及买麻藤科。三尖杉属Cephalotaxus植物含多种生物碱，现已分离出20多种生物碱，其中酯型生物碱有抗癌活性，如三尖杉酯碱、高三尖杉酯碱，临床上用于治白血病。红豆杉科植物中含有的紫杉醇对卵巢癌、乳腺癌、子宫颈癌等有明显抑制作用。紫杉醇用于治疗卵巢癌已正式应用于临床。麻黄属Ephedra植物多含有麻黄碱类生物碱，如左旋麻黄碱、右旋伪麻黄碱。麻黄碱用于治支气管哮喘、鼻黏膜充血引起的鼻塞。伪麻黄碱对平滑肌的解痉作用和麻黄碱相似。

（三）萜类及挥发油

萜类及挥发油在裸子植物中较普遍，挥发油中含有蒎烯、苧烯、小茴香酮、樟脑等。松科、柏科等多种植物含丰富的挥发油及树脂，是工业、医药原料。

（四）其他成分

树脂、有机酸、木质素类，如松香、松节油。金钱松根皮含有土模皮酸，有抗真菌作用，用于治疗脚癣、湿疹、神经性皮炎。