我们领导革命战争时，在全国、在中央决定问题的只有三个人。当时中央书记处共有五个人，分散在两个地方：一个地方是刘少奇同志和朱德同志，他们领导全国土改，搞根据地；在中央只有三个人，毛主席、周恩来与任弼时同志。所谓中央，就是这三个人嘛！

——1961年11月16日周恩来和印度尼西亚共产党总书记艾地的谈话

1947年3月起，战争的局势发生了变化，国民党军队大量被歼，蒋介石不得不收缩兵力，放弃全面进攻的策略，改为以陕甘宁边区和山东解放区为目标的重点进攻。

2月底，蒋介石飞临西安，与胡宗南一起筹划进犯延安的军事部署。3月11日上午，驻延安的美军观察组刚刚乘飞机撤离，国民党空军轰炸机便于当日下午轰炸了延安。周恩来与毛泽东从枣园搬到王家坪的人民解放军总部，同彭德怀住在一起。13日，蒋介石集中34个旅23万人，从南、西、北三面向陕甘宁边区大举进攻。16日，中央军委组成西北野战兵团，由彭德怀任司令员兼政治委员，下辖6个旅，约26000人。由于双方兵力悬殊，国民党进犯兵力为西北野战军团的10倍，中央果断作出了主动撤离延安的决定。面对强敌，周恩来充满着胜利的信心。他对警卫战士们说：“毛主席讲了，这次撤离延安，少则三个月，多则一年，我们是一定要回来的。”

撤离延安前，周恩来作了周密的部署和细致的检查。他幽默地说，要不是有条延河，胡宗南连口水也休想喝上。

18日，国民党军队逐步逼近毛泽东、周恩来的驻地王家坪。傍晚7时，毛泽东、周恩来从容离开。3月29日，中共中央在清涧县枣林沟作出决定：毛泽东、周恩来、任弼时留在陕北主持中央和中央军委的工作；刘少奇、朱德、董必武东渡黄河前往华北组成中央工委；叶剑英、杨尚昆在晋西北负责中央机关的后方工作。

留在陕北的中央机关，按照军事编制，编为四个大队，成立了以任弼时为司令员、陆定一为政委的司令部，定名为“三支队”。周恩来提议，为了保密，每个人起个代号。毛泽东化名李德胜，周恩来化名胡必成，任弼时化名史林，陆定一化名郑位。

毛泽东、周恩来等人处变不惊，运筹帷幄。在王家湾、天赐湾、小河村，中央纵队几度与敌人遭遇，均化险为夷。胡宗南进入延安后，西北野战兵团采用“蘑菇战术”，诱敌北进，先后取得青化砭、洋马河、蟠龙大捷，基本稳定了陕北局势。山东战场的华东野战军，也相继取得莱芜战役、孟良崮战役的胜利，全歼国民党王牌部队整编第74师。国民党重点进攻的战略彻底失败了。6月30日，刘邓大军强渡黄河，发起鲁西南战役，揭开了转入战略进攻的序幕。为了适应战争形势的发展，中共中央于1947年7月在小河村召开会议研究战略问题，又果断作出刘邓大军长驱南下，直插敌人后方的战略部署。全国性的战略进攻开始了！

这年冬天，中央决定不过黄河，继续留在陕北。11月22日，中共中央迁到了米脂县的杨家沟。一到杨家沟，周恩来就投入到中央即将召开的十二月会议的准备工作之中。

周恩来作为中央军委副主席兼代总参谋长，在会议的第二天作了军事报告。他说：战争的第二年，各条战线无例外地转入主动。开始于7月的刘邓渡河，使南线形势根本改变。敌248个旅中，受到歼灭或歼灭性打击的达到145个旅。在蒋管区方面，学生运动在全国内战爆发后发生了三次高潮，这在历史上是空前的。工人斗争也是如此。农村游击战争在闽、粤、浙、皖有很大的发展。周恩来还在报告中对敌我双方的力量对比作了详细分析。在会议的讨论中，周恩来就财政经济、土地改革、统一战线等问题作了多次发言，为纠正土改和整党中已经出现的“左”的偏差作出了积极的努力。

转眼就过年了，战争的形势发展之快，出人意料。1948年1月11日，周恩来在西北高干扩大会议上讲道：“我们中央已经决定一直打下去，不要再走弯路，一直走到胜利。”“我们可以这样看：三五年消灭蒋介石，全国胜利。”为了直接指挥全国的战略大决战，迎接全国性的胜利，中央纵队决定离开陕北，东移华北，与中央工委会合。

1948年4月23日，周恩来和任弼时率领中央机关来到了河北平山县的西柏坡村，同原住在这里的由刘少奇带领的中央工作委员会会合。毛泽东也于5月26日来到了西柏坡。小小的西柏坡就成了中共中央在解放战争时期的最后的指挥所。