中共扩大的六中全会深信国共两党有长期合作之必要和可能，故不避任何困难，愿为此基本信念而努力，深望国民党同志更能恢宏其量，于此基础上建立共信，以努力于事实之验证。

——1939年1月25日周恩来致蒋介石信

1938年8月29日，周恩来同王明、博古等离开武汉回延安，参加中共中央六届六中全会。

为了开好这次全会，中共中央政治局在9月14日至26日先举行了十多天的会议。会议的第一天，刚从莫斯科回来的王稼祥传达共产国际总书记季米特洛夫同他的谈话：“在领导机关中，要在毛泽东为首的领导下解决。领导机关中要有亲密团结的空气。”周恩来在26日的发言中说：我完全同意国际指示与毛泽东等同志的报告。关于抗战形势，他指出：抗战面临着由第一阶段向第二阶段转变。在第二阶段要发展游击战争，并使正规战与游击战适当地配合。新四军中的老干部要大胆放手去发展游击战争。关于统一战线问题，他说：我们拥蒋合作，拥护三民主义是巩固统一战线的政治基础，但我们必须在保持党的独立性的原则之下。他还强调：根据今天中国战争长期性与发展不平衡的特点，对于各种区域的不同情况，要采用不同的方式，不要机械的呆板规定，要有具体性与灵活性。

9月29日，中共六届六中全会开幕。王稼祥在会上再一次传达共产国际的指示。毛泽东作了题为《论新阶段》的政治报告。30日下午，周恩来以中共中央代表团的名义作关于统一战线工作的报告。他详细叙述了六届五中全会以来抗日民族统一战线建立和发展的历史过程，接着又剖析抗战中国民党政策的矛盾性：第一，联苏实现了，但是还存在反共的思想，所以在各方面或明或暗地反对苏联影响的扩大；第二，联共政策实行了，可是同时又在国民党区域内发展限制中国共产党的政策；第三，要群众，因为抗战需要群众，军队补充需要群众，粮食的供给需要群众，同时又统制民众运动。他认为，中国共产党统一战线工作的原则应该包括：坚持抗战高于一切，一切服从抗战；坚持党的政治上的独立性，信仰共产主义；实现三民主义，从共产主义的观点来实现三民主义；认定国民党为主要合作对象，不是削弱国民党，而是推动国民党进步；坚持民众的动员；坚持国内民主；坚持国际和平阵线；坚持反对汉奸、托派；发展我们的力量，扩大和巩固统一战线，等等。

11月6日，全会通过《中共中央扩大的六中全会政治决议案》，批准以毛泽东为首的中央政治局的路线。会议根据形势发展的变化，决定撤销长江局，设立中原局和南方局，中原局以刘少奇为书记，南方局以周恩来为书记、董必武为副书记。

六届六中全会是中国共产党历史上的一次十分重要的会议。这次会议，阐明了党在抗日战争时期的基本政策，基本上克服了王明的右倾错误，初步统一全党的认识，增强团结，推动各项工作迅速地向前发展。

周恩来没有参加完这次会议。他在会议第二天发言以后就离开延安，在10月1日回到武汉。