延安，位于陕西北部的陕北高原、延河中游，距西安市300多公里，1937年1月至1947年3月，中共中央和毛泽东等中央领导，在这里领导了全国抗日战争和人民解放战争，是中国人民革命的圣地。刘少奇自1942年底回到延安，至1947年3月离开延安，在这里生活、工作、战斗了六个年头，延安是他在建国前工作时间最久的地方。

从中原回到延安，刘少奇实际上经历了一个“小长征”。刘少奇由苏北回延安，从1942年冬开始准备，到1942年12月才到达延安，时间一年有余。路经江苏、山东、河南、河北、山西、陕西六省，行程数千里。沿途要穿过敌占区、国统区和无数敌顽的据点和封锁线，当时敌人控制了交通要道，这些地方到处炮楼林立，巡逻严密，通行极难，为了安全，行军时间多在晚上。这样，更增加了吃、住、行军的困难。但刘少奇对此并不在意，他在行军中乔装打扮，与人亲切，更在行进中约束自己的行为，不给队伍找麻烦，同时也约束队伍干部人员不得损害人民群众的利益。他们一路走来经历了无数考验。所以，在一次会上，刘少奇对随行的工作人员说：“我们经历了一个‘小长征’，这是一次很好的考验。”

刘少奇回到延安后，住在离延安市约3公里的杨家岭，分给他的两间窑洞，一间做卧室，一间做办公室。他的邻居有任弼时、李富春、吴玉章、杨尚昆等人。刘少奇到达杨家岭后，毛泽东从枣园的住处乘汽车来看望刘少奇，两位领导人互相问候并进行了交谈。1943年1月1日，中共中央办公厅在杨家岭中央大礼堂举行晚会，进行团拜庆贺新年。毛泽东在会上做了热情洋溢的讲话，向大家祝贺新年，欢迎刘少奇从华中胜利回到延安，并提出了1943年的任务。刘少奇自从加入共产党以来，一直从事党的秘密工作，由于工作繁多，到处奔波，致使他的身体状况十分不好。毛泽东对其身体状况表示担忧，曾多次致电询问。

1943年3月20日，中共中央政治局在延安举行会议，研究党中央组织机构及职权等问题，刘少奇参加了这次会议。会议通过了《中共中央关于中央机构调整及精简的决定》，推选毛泽东为中央政治局主席，会议决定中央书记处由毛泽东、刘少奇、任弼时三人组成，毛泽东任主席。从此，刘少奇成为党中央书记处三个书记之一。会议决定在中央政治局及书记处之下，设立宣传委员会与组织委员会。这两个委员会是中央政治局和书记处的助理机关，由毛泽东任宣传委员会书记，刘少奇任组织委员会书记。为了保证党务工作能与军事行动更密切地配合，会议决定刘少奇为中央军委副主席，同时决定，由刘少奇继续分管华中地区党、政、军、民工作，并兼任中央研究局局长。从此，刘少奇走上了中央主要领导的岗位，成为党和军队的核心领导之一。在他的肩上，为党为人民服务的担子更重了，党和人民对他的期望也更大了。而刘少奇不愧是一个经过各种考验的、成熟的革命家，在党中央和毛泽东的正确领导下，他以一个革命家的雄才伟略和严谨、科学的工作作风，在党中央主要领导的岗位上，为党为人民继续创造着新的辉煌。

随着1945年8月15日日本的无条件投降，国内的时局再次发生了变化，国内的矛盾也发生了变化，蒋介石抢先占领了华东、华南、华中地区大批大中城市和主要交通干线，但要很快占领华北、东北等地并发动内战还需较长的时间。为此，蒋介石一面积极准备打内战，一面伪装和平，并于1945年8月14日、8月20日、8月30日三次电邀毛泽东到重庆进行和平谈判。为了争取和平，揭露蒋介石的阴谋，1945年8月28日，毛泽东在周恩来、王若飞以及来延安迎接毛泽东的国民党代表张治中、美国驻华大使赫尔利的陪同下，乘飞机离开延安赴重庆谈判。在毛泽东去重庆谈判之前，中共中央于1945年8月23日召开了中央政治局扩大会议，根据毛泽东的提议，决定在毛泽东去重庆谈判期间，由刘少奇代理中共中央主席职务，并增选陈云、彭真为中央书记处候补书记。后来在毛泽东养病期间，刘少奇一直在处理党中央的日常工作。毛泽东去重庆谈判以后，刘少奇遵照毛泽东对各项工作的安排和部署，认真、严谨、科学地履行代主席的职责。由于日本刚投降，事务繁多，而当时最紧迫的问题就是我军的战略部署和发展方向问题，即共产党所辖在华北、华中、山东等地的部队，如何根据抗战胜利后的新形势，不失时机地迅速部署到位，去占领可能占领的战略要地，开辟新的根据地，更好更快地发展自己，争取优势，达到最后战胜敌人的目的。根据我军战略部署方向以及国际形势的变化，我军决定向东北发展。接着，为了尽快地、不失时机地争取东北，刘少奇、朱德征得在重庆谈判的毛泽东、周恩来的意见后，代表党中央做出了“向北发展，向南防御”的重大战略决策。11月2日，刘少奇在给周恩来的致电中通报了“让开大路，占领两厢”“建立东、北、西满根据地”的设想。为了迅速落实这一方针，1945年11月至12月之间，刘少奇多次为党中央起草电报给东北局负责人，强调我军退出大城市以后，在东北要取得对国民党斗争的胜利，除了竭力巩固一切可能的战略要点外，还要取得东北人民的支持及我党我军与东北人民的密切联系。东北局和东北我军根据中央的方针和部署，在东北逐步建立了巩固的根据地，部队发展迅速，并不断击退了敌人的无数进攻。在以后的战争中为我军提供了在兵力和财物上的支援，为人民解放战争的胜利以及东北人民的幸福生活都做出了极大的贡献。

中共中央政治局的领导，当时除在中央分管一线或多线的工作外，有的还分工指导各地区的工作。1943年3月23日，政治局召开会议，决定刘少奇继续分管华中地区党、政、军、民的全面工作。由于华中地区特殊的战略地位，中央和毛泽东对华中地区的工作特别重视，中央政治局于1943年4月28日和6月16日两次详细听取了刘少奇关于华中工作的汇报。中央对以刘少奇为首的中原局、华中局几年来坚持敌后抗战、建立根据地、发展武装部队、建立政权、进行减租减息运动、开创了华中敌后抗战的新局面表示满意。

抗日战争胜利后，由于国内的主要矛盾已发生变化，原来的土地政策已不适应现在的情况，这就有必要在全国解放区制定一个关于土地改革的文件，统一全国土地改革运动的政策，中共中央和毛泽东、刘少奇对解决农民土地问题高度重视。1946年4月，刘少奇在听完各地负责人的汇报后，感觉各地政策、办法不一，须有一个统一的政策，中央应发一个指示，以便各解放区有所遵循。因此，刘少奇主持起草了《中共中央关于清算减租及土地问题的指示》，同年5月4日，在中共中央召开的会议上，讨论并通过了这个文件（后称《五四指示》）。

《五四指示》发布以后，各解放区在解决农民土地问题方面取得了巨大成绩，在到1947年下半年的一年多的时间里，已有2/3的地方基本解决了农民的土地问题。但尚有1/3的地区未进行土地改革。通过减租减息和对地主的各种清算，农民从地主手中获得了大量的土地，在广大农村有力地削弱了封建势力，农民从现实中直接获得了经济利益和政治利益，亲身、实际和深刻地体会到共产党和国民党有着根本的区别，大大提高了农民保卫解放区、保卫胜利果实、努力生产、参军参战的积极性。但是鉴于全面内战尚未爆发，国共关系尚未最后破裂，为了争取一切可能争取的社会力量，减少变革土地关系中的阻力，团结更多的人来参加反对蒋介石独裁和发动内战的斗争，所以，当时党的土地政策带有过渡性质。例如，《五月指示》没有废除封建制度，没有把无偿没收地主的土地给无地或少地的农民。

刘少奇担任中央主要领导后，工作更加繁忙，但他对党的建设，特别是对宣传和学习毛泽东思想高度重视。在党的建设方面，刘少奇有许多理论著作，如《肃清关门主义与冒险主义》《关于党内教育问题》《论共产党员的修养》《做一个好的党员，建设一个好的党》《论党内斗争》等。这些著作对加强党的理论建设和党员的教育、修养产生了重大影响，起到了极其重要的作用。1943年7月，刘少奇为纪念中国共产党诞生22周年，写了《清算党内的孟什维主义思想》一文（“孟什维主义”泛指党内的机会主义），原载7月6日《解放日报》。这篇文章是针对当时党内存在的把马克思主义公式化、教条化的错误，为宣传、捍卫、发展毛泽东思想而写的。

1944年10月，刘少奇搬到距延安市西10公里处的枣园居住。这里是1940年至1942年、1944年至1947年中共中央书记处的所在地。刘少奇住中央小礼堂背后的山下，为一排五孔窑洞，左边两间为刘少奇的住房和办公室，右边三间为八路军副总司令彭德怀居住和办公的地方。刘少奇在这里为党的七大繁忙地做准备，并在这里写了著名的《关于修改党章的报告》。在1945年4月23日至6月11日召开的中国共产党第七次全国代表大会上，刘少奇在大会上做了关于修改党章的报告，这个报告在1950年1月经刘少奇校阅后改名为《论党》，后由人民出版社出版。在此代表大会上，毛泽东思想作为中国共产党的指导思想第一次写进党章，成为中国人民革命事业从胜利走向胜利的光辉旗帜。在这之后，随着日本的投降，历史开始进入解放战争时期，并进入战略反攻阶段。随后，刘少奇率中央工委东渡黄河，经晋绥解放区进入晋察冀解放区，于1950年5月上旬到达河北省平山县，随后开展工作。