据《九华山志》载，净信寺始建于唐代，一名“安禅院”，又名“碧云庵”，俗称“老庵”。南宋诗僧释希坦将碧云庵修葺、扩建后易名“净信寺”。释希坦，号率庵，工诗，著有《九华诗集》，早佚，旧志中尚存其诗五首，现志仅存《九华崇寿塔》和《七步泉》二首。不仅四壁为青麻条石垒砌，而且整个殿宇的梁、柱、斗拱皆系青麻石凿成，有一人合围粗细，并云纹雕刻。正门柁梁之上刻“风调雨顺，国泰民安”八个正楷大字。整个建筑尽显古拙、浑朴。像这种完全的石质性建筑在当地古时多用于修建在官道上的供旅人歇脚用的“路亭”，作为庙宇性建筑，尤其在盛产木材的皖南山区，弃木择石的做法还不多见，在整个九华山圣地的现存庙宇中也仅此一座。不知当年觉净住持是出于何种用意，至今仍是一个迷。另一个有趣的现象是这座寺庙的庙门弃正求斜，居南偏东约三十度“歪开”着。

金大定(1161-1189年)重修，当时建筑规模甚小，布局简略。明正德(1506-1521年)扩大其规模，以正殿原作为南殿，向北扩展补建正殿五间、东西偏殿各五间、戏台一座。明万历三十三年、四十四年(1606年、1617年)又两次修整。建钟鼓二楼、东西两侧补建白衣殿、灰泉殿各三间，脊兽换新、墙垣重整。清康熙十八年(1679年)、清雍正年均进行过简略的维修。清道光四年(1824年)修建规模最大、增建内容最多，过殿前加建卷棚三间，两旁增建碑廊各三间，月门两座，灰泉、白衣二殿上移三丈，并增修东西看亭个三间，东西便门两座，其南戏台重建并扩大其规模，两旁修山门个一座，正殿东西增修关公殿、承善祠各三间，寺外增修灶房十四间，马棚五间，并绕以外围墙。

据介绍，此庙自古以来夏日寺内无蚊蝇。民间也传说，唐时的医圣药王孙思邈的后世传人陆仲远曾居此专研、实践其师的《千金要方》和《千金翼方》，行医乡里，并结合自己的实践、心得潜心编撰了一部《千金圣慧方》惠泽后人。又说陆仲远不忘师恩，将其师的圣像--俗称“药王菩萨”供奉在大殿之上日夜朝拜。自此后，四周的蚊蝇也慑于药王爷的法力不敢进入寺内。药王菩萨至今尚供奉寺内。 净信寺的神奇还在于其独特的地理位置。庙门出向西侧是逶迤南去，壁立千仞，峰峦交错的“笔架山”脉--九华山后山；庙门出向东侧的山体失势，脚下是一马平川的村舍农田；背靠山势平坦的“平山顶”；位置山腰“横排”--当地人因此又称庙址为“排上”。按懂风水的老者说法:此为“太师椅”状，是个风水地，暗合左青龙，右白虎。只不过右白虎--笔架山过于高峻险恶；而左侧轮空，青龙缺势，于是当年希坦和尚在修葺扩建寺庙时在寺庙的左前方建一七级石塔。塔高五米，略向南倾，微呈“s”状，形同兵器谱上的蛇形剑，立于危岩之上，名曰：青峰。远观青峰塔恰似一柄直刺天空的“青龙”与左侧“白虎”确具分庭抗礼之势。又传说净信寺庙址排上，暗合竹排。而净信寺的西侧泉潴峰侧有一终年不进阳光的山沟--阴洼。泉潴峰顶有一天泉，清澈甘冽，泉水四时不竭，溢流成溪，顺阴洼而下经净信寺，向东南方向流去，名“龙溪”。因竹排极易被水流失，犯净信寺流逝不保之忌，故立青峰塔以镇之，寓青峰塔为定“排”的“篙”。当然这都是些传说和不足信的迷信说法，不过在当时的时代和文化背景下，不排除有这种建造思想的可能。但有一点我们可以肯定，就净信寺环境布局和寺内柁梁上的石刻以及“歪门”来看，在宋代时，外来宗教文化在与中国传统道教文化碰撞中已有了明显的本土化和世俗化痕迹。‍