法军在伊比利亚半岛上的军事失利，是拿破仑始料未及的。两支军队的投降使拿破仑不可战胜的神话被打破了。约瑟夫再给拿破仑火上浇油，他告诉拿破仑“打算发布命令，放弃对被武器征服的西班牙人民的统治，回到那不勒斯”。约瑟夫建议法军从伊比利亚半岛越早撤走越好。

拿破仑没有接受约瑟夫的建议，因为他宁可付出更大的代价，也绝不能将西班牙拱手让给英国人。为了不使法军陷入两面作战的困境，拿破仑觉得有必要利用一下新结交的盟友沙皇亚历山大，他邀请沙皇前来爱尔福特会晤。对于拿破仑来说，法军在伊比利亚半岛上失利来得真不是时候，因为他正准备在德意志和新结交的盟友沙皇亚历山大举行重要的谈判；就法国目前的处境而言，无疑对于他即将和沙皇亚历山大进行的讨价还价是极其不利的。

两国皇帝的会晤在德意志引起极大的反响，各王公纷纷前往爱尔福特参加盛会，车驾为之塞途。拿破仑和亚历山大于1808年9月27日在爱尔福特城门外第二次握手。拿破仑授予亚历山大法国的荣誉军团勋章，亚历山大也授予拿破仑俄国的荣誉勋章。然后，他们骑着马，在800人的法国皇家近卫军骑兵卫队的簇拥下，在法国元帅、达尔马提亚大公（苏尔特）和蒙特贝洛大公（拉纳）的陪同下，随着军乐和21响礼炮，浩浩荡荡地开进了这座中世纪古城的广场。

拿破仑对沙皇礼宾相待、殷切备至；亚历山大也还之以礼，甚至亲自参加拿破仑的早朝。一天晚上，巴黎喜剧院的演员为两国皇帝和王公贵族上演了高乃依、拉辛和伏尔泰的名剧。当伏尔泰的《俄狄浦斯王》一剧念出了一句台词“和大人物结交，真是上帝恩赐的幸福”时，亚历山大握住拿破仑的手，献媚地说：“我在此每天都深深感到这一点。”拿破仑则以同样的语言向亚历山大大献殷勤。此后，两位皇帝在邻近的城堡举行了盛大的国宴和舞会后，又一起阅兵并骑马打猎。

亚历山大在爱尔福特期间对拿破仑大献殷勤使拿破仑产生了误解，认为自己完全控制并影响了俄国皇帝。然而，两国君主心里十分清楚：自己需要对方，但不能相信对方。特别是亚历山大已明显看出，拿破仑只是以答应给他“东方”、自己要“西方”的诺言来诱惑他，根本不会让他占领君士坦丁堡，甚至拿破仑宁愿让摩尔达维亚和瓦拉希亚留在土耳其人手中。有时拿破仑变得异常傲慢，超越了可以接受的程度，如同对待自己的下属一样。拿破仑表现得不仅自鸣得意，而且甚至十分鲁莽，如此一来，便深深地伤害了敏感的沙皇。所以，当拿破仑提出让亚历山大在奥国开始军事行动前积极反对奥国时，亚历山大却不想去履行这一义务。

在提尔西特对待拿破仑如此诚恳的亚历山大，实际上是个狡猾善变的人，在提尔西特之后，由于他在提尔西特和弗里德兰的失败而遭到俄国贵族的冷眼，他认真考虑了和拿破仑的关系。举波兰为例，在沙皇的眼里，波兰是俄国的领土，而拿破仑建立“华沙大公国”无疑是在世人面前打了他一记响亮的耳光。亚历山大也不能忘记他的盟友普鲁士国王和王后（仍然在哥尼斯堡避难）的奇耻大辱，拿破仑几乎占据了他们国家的一半。沙皇和普鲁士国王之间有着源远流长的关系。“拿破仑认为我是个傻瓜，”沙皇在爱尔福特给他的妹妹凯瑟琳的信中写道，“但是，谁笑到最后，谁笑得最好。”

这时，法国前外长塔列朗在爱尔福特出卖了拿破仑。他与亚历山大暗中勾结，劝告亚历山大抗拒拿破仑的霸权，他提醒亚历山大注意：“陛下，您在干些什么？只有您才能拯救欧洲，而您要想获得成功，必须马上和拿破仑分庭抗礼……法国人民是文明的，但法国的君主不文明；俄国的君主是文明的，但俄国的人民不文明，必须使俄国的君主和法国的人民结成联盟。”就目前的局势看，“莱茵、阿尔卑斯和比利牛斯均已被法国征服……法国人对拿破仑的征服事实上并不支持。”塔列朗指出，占领德意志、意大利、波兰、荷兰、比利时、西班牙、葡萄牙并不符合法国的最高民族利益。塔列朗无疑是亚历山大最感兴趣的法国人。

拿破仑在爱尔福特和亚历山大会晤要达到三个目的：他要求亚历山大在对奥作战的条约上签字；他要求沙皇的军队入侵奥斯曼帝国，攻占君士坦丁堡；东进挑战英属印度和英国的国际商业地盘。拿破仑则承诺沙皇可以占领奥斯曼帝国的两个省，即摩尔达维亚和瓦莱西亚，并将芬兰和瑞典划为俄国的势力范围。沙皇的态度出乎拿破仑的预料，亚历山大强硬地表示，不可能为拿破仑去攻占君士坦丁堡。法国外交部长康佩尼为此提醒拿破仑：“君士坦丁堡之争不可避免将导致法俄战争。”可是，拿破仑仍然坚持己见。至于奥地利，亚历山大只同意和法国签订模棱两可的防御条约。

亚历山大在塔列朗的怂恿和规劝下，没有同意在拿破仑所要求的对奥作战等条款上签字。1808年10月12日，法俄两国外交大臣康佩尼和罗蒙索夫签订了《爱尔福特条约》。10月14日，爱尔福特会晤结束。两位皇帝分道扬镳，从此再未见面。拿破仑没有取得预期的成功，闷闷不乐地回国了。整个秋天都在忙于制订最后解决西班牙问题的计划，拿破仑决定亲自率领一支足以扫平整个伊比利亚半岛的大军翻越比利牛斯山脉。

9月4日，拿破仑命令陆军部长克拉尔克提前征召两批各为8万人的新兵，这是自1799年以来数量最大的一次征兵活动。当时在法国还没有足够的法制体系来对拿破仑的这一举措提出质疑。9月10日，拿破仑正式签发了命令，为了进行伊比利亚半岛的战役组成了8个军团。

10月26日，拿破仑最后一次拥抱了妻子约瑟芬，乘上马车，从巴黎出发。11月3日抵达巴荣纳，8日到达维多利亚。在这里，他听取了有关法国和西班牙两军阵势的详尽报告，他立刻起草了继续作战的计划，并开始直接指挥其西班牙军团。几个小时之内，整个战争机器又重新运转起来。

拿破仑对西班牙军团进行了改编：维克多（第1军）29000人，苏尔特（第2军）20000人，蒙塞（第3军）24000人，勒费弗尔（第4军）23000人，内伊（第6军）30000人，圣西尔（第7军）30000人，贝西埃尔（近卫军和骑兵预备队）35000人，合计191000万人。此外，莫蒂埃的第5军和朱诺的第8军正在法国集中，可再增加43000人。

在伊比利亚半岛上等待拿破仑的是刚从英国赶来的47岁的英军统帅约翰·穆尔爵士，他有50000人，西班牙中部各地还有正规军和民兵，总共约115000人。穆尔爵士的部队训练有素、装备精良，其中一半是葡萄牙人和西班牙人。其他部队则装备差，纪律也令人大失所望，其武装力量分裂为五六个独立的部队，既无集中的指挥，又没有参谋机构，各地的指挥官还彼此猜忌，不能很好地合作。

拿破仑相信凭着自己那支训练有素的大军，一定能把西班牙的“流氓”部队打得落花流水。拿破仑的第一步就是收复马德里以及确保通过维多利亚和圣希巴斯坦到法国的交通线。他命维克多、苏尔特、勒费弗尔三个军向西作宽广的扫荡，把西班牙起义者全部赶出去。11月10日，苏尔特带领着三个军的67000人向布尔戈斯前进，击败了埃斯特雷马杜拉城的守军，使法军得以占领这一位于巴荣纳和马德里之间重要军事运输通道上的重镇。12月4日，法国终于攻下了马德里。约瑟夫重新登上了西班牙国王的宝座，十分不情愿地回到了马德里。萨瓦里将军所指挥的40000法军在那里保卫国王。

12月10日，穆尔爵士决定向北进击守卫在布尔戈斯的苏尔特军，以切断法军交通线。当时苏尔特只有18000人，数量上处于劣势。12月21日，两国骑兵相遇，法国骑兵败北。正当穆尔准备乘胜前进时，忽然传来拿破仑已经北上的消息，穆尔害怕法军切断他与葡萄牙之间的交通线，立即命令军队向西撤退。

拿破仑留下约瑟夫国王和第1、第4两军驻守塔古斯河谷，自己于12月22日，以内伊为前卫，率军42000人去支援苏尔特。内伊军团奉命开向萨拉曼卡和阿斯托尔加，穿过风雪交加的瓜达腊马山，从侧面进攻穆尔。

穆尔的主力部队35000人（包括他留在海岸的守备军），在维戈顺利登船撤往西班牙西北的海港拉科鲁尼亚，在那里他坚持到1809年1月14日。英国皇家海军舰队接应被苏尔特追击的另外16500人，让他们登船撤走。在舰队撤离前，1月17日，穆尔爵士因被炮弹击中，身负重伤而亡。

不久，败走的英军又重新出现在葡萄牙，此时的拉纳军正在围攻萨拉戈萨城。该城已坚守了几个月之久。1月27日，拉纳占领了该城的外围工事，并攻入城中。但在城中，拉纳又遭到前所未有的英勇抵抗。每一栋房屋都变成了堡垒，每一间茅舍、马棚、地下室、顶楼都必须经过战斗才能占领。这种激烈的战斗在这个已被法军占领的城市中整整进行了三个星期，法军士兵不分青红皂白地屠杀了一切人，包括妇女儿童。然而，只要法军士兵稍一疏忽，妇女儿童也会杀死他们。法军屠杀了2万名守卫部队和3万多名城市居民。此后，法国大军在伊比利亚半岛上一直进行着不间断的零星战斗。

在英军败退前的1月3日，拿破仑在阿斯托尔加把指挥权移交给了苏尔特，自己火速回转巴黎，因为已有确切消息表明：塔列朗和富歇乘他无暇顾及国事，结成了同盟，旨在推翻法国皇帝，恢复和平——缪拉也支持这个计划；奥地利将在春天对法发动进攻。现在，拿破仑不仅要面对巴黎有影响的高级将领和官员正在形成的对皇帝宝座的威胁，同时还将面对在欧洲大陆和半岛的两个战场。