1798年12月底时，拿破仑曾率一支小型侦察队前往苏伊士，进行了三天的匆匆考察，该地早已为邦将军所占领。他的主要目的是想获得西奈半岛的阿拉伯部落的友谊，以便实现其进军印度的伟大梦想，这一梦想像海市蜃楼一样浮现在他的脑际。拿破仑原来很模糊的入侵计划越来越清晰了。

拿破仑决定先发制人。他计划进军阿克，击败杰查，然后率领新招募的50000大军逼迫苏丹言和，进而协助他进军印度。11月19日，他给杰查下了最后通牒：“如果你继续在埃及边界为易卜拉欣提供避难所，我将视之为战争行为并将向阿克进军。”但随着阿布基尔海战的失败，法国人在地中海地区无论是外交还是军事上都满盘皆输。由于未获答复，拿破仑便按计划行事。为了入侵巴勒斯坦，他集结了一支由4个师组成的远征队，只让杜高留下镇守开罗，梅努驻防罗赛塔。德塞师仍留在上埃及征讨穆拉德。1799年1月25日，拿破仑给在塞林加帕坦的蒂普苏丹写了一封信，告诉他“一支难以计数和无往不胜的法军”即将把他“从英国的铁枷下”解救出来。然而，他却未料到四个月后，蒂普苏丹竟会陈尸于他的要塞的残垣断壁之中，英国的阿瑟·韦尔斯利中校成了那里的总督。

尽管拿破仑的战线很长，而且军队减员严重，他仍然决定进军叙利亚。这是拿破仑在中东的最后一次大规模远征，而且从一开始就注定要失败。

临行前的一天，拿破仑心血来潮，突然想埃及需要一个国王，他派人把弟弟路易叫到皇宫里，指着典雅而神秘的皇宫对路易说：“我要你成为这里的国王。”

路易对他的话感到莫名其妙：“要我当国王？这是从那儿得来的好主意啊？”

“是的，我要让你统治这个古老的埃及，并让法国的自由民主制度在这里生根开花。”

“你疯了，我从来就不知道任何诗人做过国王。”路易有些气恼地提醒道。

“亲爱的路易，这只是你谦虚而善良的意愿，可我仍然要把开罗的最高权力恩赐给你。既然你喜欢写诗，那么做一国之王也就是最好的发挥，这首杰出的诗任你用笔墨去谱写，它都会是非常动人的。”他点燃一支雪茄轻轻劝告。

“我只是不想做国王，亲爱的拿破仑将军。”路易并没有看他，他知道自己的眼睛从来不敢与拿破仑对视。他天生充满热情与幻想，但他的心是献给女性和大自然的，他没有能力、也没有兴趣去管理和统治一个国家。“我不配做呼风唤雨的国王。”他把这句话低声重复了好几遍。

“那么我把王位交给谁？”拿破仑显然很生气，他既然征服了开罗，而自己又有新的计划，那就必须指派人做这里的国王，眼下约瑟夫在法国，他总不能把他从遥远的地方召来。

“让给你信得过的将军，或者那些曾跟随你转战南北的人。”路易嚅嗫地建议，反正他打定主意不做恼人的国王。

“我不想跟你过多地理论，这里反正交给你了。你反对也好，哭泣也罢，反正我要把你留在这里，即使每天闭门写诗我也不会管你，你手下自有很多仆人侍从会为你办事的。”他衷心地希望路易做个像模像样的国王，他——波拿巴家族的整个辉煌将从埃及、从开罗开始，将从小小的路易开始。

遭到路易无情拒绝后，拿破仑放弃了这一想法。

1799年1月31日，法军第一批4个军团从开罗出发，由陆路向叙利亚进军。拿破仑于2月10日随第二批军团从开罗出发。

2月8日，雷尼尔将军到达阿里什堡时，受阻于土耳其的边防要塞。城堡的包围战一直持续到2月16日拿破仑到来。三天后，城堡中的900名幸存的守军官兵缴械投降。

22日，法军继续沿着海边的荒漠向加沙进发。与当初相比，法军现在较为适应这里的水土了，而且为了适应沙漠作战，还改善了部队的装备，大多数人都有了水壶，还有热带棉布制服。但这又有不幸之处，因为拿破仑没有料到巴勒斯坦沿海地区2月份的天气特别寒冷潮湿。这次的气候就非常恶劣，结果部队又一次吃尽了苦头。

2月24日，法军未遇抵抗便进入加沙。3月3日，法军兵临雅法城下遭到守军的顽强抵抗。3月7日，法军工兵在城墙上炸开了一个缺口，遂攻克并洗劫了该城；法军在城内大肆奸淫掳惊，比在意大利比安斯柯的大屠杀有过之而无不及。由于粮食匮乏，法军的给养还不够自己吃，而且也没有足够的水，甚至没有足够的人力押解战俘回埃及。拿破仑召开了军事会议讨论这些问题，会上意见存在分歧，僵持不下。3月10日，拿破仑将他的最后决定通知了贝尔蒂埃：“命令已经下达，将这批战俘就地枪决。”当在堡垒内据守的2500名土耳其部队于第二天投降之后（他们的投降条件是免于一死），拿破仑仍下令屠杀这些战俘。他把他们驱赶到海边枪杀或刺死，借口是他既无足够的部队押送这些战俘回埃及，也没有足够的口粮养活他们。在城内，法军找到了40万份干粮和100吨大米，与此同时，法军也遭到了他们无法控制的灾难的折磨，鼠疫迅速在法军中蔓延开来。法军每天都有30人左右死于这种疫病。

3月17日，拿破仑到达海法并在卡梅尔山设立了司令部。由此向北，隔海望去，就是杰查的老巢阿克要塞。阿克要塞是十字军时代的一个古堡，此时已开始坍塌。其真正的价值在于地理位置，它三面环海，耸峙在一个岩质半岛上。法军发现阿克城墙十分坚固，并有250门火炮严阵以待，迎接从海上或陆上来犯的敌人。尽管守军只有5000人，但是法军缺乏海上的支援和攻城的重炮，而且驻守城堡的杰扎尔，这个波西尼亚奴隶出身的土耳其人虽然已经有70多岁了，却是个十分难以对付的、无所畏惧的老将。此外，西德尼·史密斯替换胡德准将封锁埃及沿海，他的部队两天前赶来更增加了守军的炮火威力，并截断了拿破仑从亚历山大运往海法港的辎重后援。

拿破仑率领着4个师团开始了一场用挖地道的方法对城堡展开中世纪式的围城战。在拿破仑抵达卡梅尔山的当天，运载其攻城炮的船只也到了阿克港外。这些炮到达得正是时候，但那天雾大，结果这些船一头闯进了英国海军中队的怀抱，以致全数被俘获。拿破仑攻城时不仅没有用上这些重炮，反倒遭到了这些重炮的轰击，因为它们被英军转给了守城的土耳其军。但拿破仑毫不气馁，他包围了该要塞朝陆地的那一部分，并于3月28日发动了第一次不成功的强攻。

拿破仑担心在阿克城外遭到从大马士革向阿克逼近的土耳其军队的钳制，他于3月30日派他最信任的副官朱诺带领500人去内陆侦察。4月1日，在用一枚地雷将城墙炸开一个缺口之后，拿破仑又发动了一次强攻，结果也失败了。法军伤亡惨重。此外，每周死于鼠疫者多达140余人。西德尼·史密斯派了800名陆战队员增援土耳其守军。

4月10日，法军攻城部队遭到了人数大大超过他们的数千敌人的包围，好在克莱贝尔率领的1500人的小分队及时赶到将阿拉伯人击退。4月15日，缪拉率领的骑兵纵队越过约旦河，有效地拦截了大马士革的援兵。但是，由大马士革出发的约25000人的骑兵和10000人的步兵越过白雪覆盖的塔博山，出其不意地来到了克莱贝尔军队的面前，无论人数、弹药还是装备都远不及对方的克莱贝尔军一时束手无策。此时，拿破仑亲自率领着步兵师团翻过多石的山丘前来为克莱贝尔解围。虽然土耳其的兵力仍然是法军的9倍，但拿破仑出其不意的炮火将人数众多却纪律涣散的阿拉伯骑兵打得一败涂地，向大马士革的方向落荒而逃。

4月16日，克莱贝尔率领的一个2000人的支队在阿克东南厄斯德累伊伦平原的塔波尔山遭到了攻击。法军英勇抗击达10小时之久，眼看弹药即将耗尽，就在这千钧一发之际，拿破仑率领邦师赶到并将这股土耳其人击退。此后三周，他不顾伤亡，反复向要塞进攻，但都失败了。他的总工程师加法雷利将军战死，虽然城墙已被地雷炸开了一个缺口，但16日的塔博战役仍以失败而告终。

5月10日，拿破仑组织的最后一次进攻也被击退而且伤亡惨重。拿破仑终于决定放弃围攻阿克城。

5月17日，拿破仑向其部队发布了一个自欺欺人的离奇告示，说他们已完成使命，即将返回埃及。5月20日，法军开始撤退，四天之后到达雅法。5月27日，总司令在上呈督政府的报告中称：“（他们）在过去三个月中已在叙利亚光荣地完成了任务。放弃攻城是为了防止土耳其人在亚历山大进行大规模的登陆。”

从卡梅尔山到雅法的四天行程中，法军历尽磨难，他们遭到难忍的饥渴的折磨。饮水极其缺乏，加上沙漠的炎热，士兵在灼热的流沙上行军，军心涣散，士气十分低落，到了几乎哗变的程度。6月14日，他们到达开罗。一周之后，拿破仑命令海军将军冈托姆在亚历山大港准备两艘快速炮帆船待命出港。

一个月后的一个傍晚，一名阿拉伯使者带来的驻守亚历山大港的马尔蒙的一份紧急报告说：一支土耳其舰队已抵达亚历山大港外并准备登陆。拿破仑立即率领一个纵队长驱100英里沿尼罗河而下赶到阿拉马尼亚。在那里，他才获悉一个土耳其运兵船队在西德尼·史密斯的海军中队护送下，已在阿布基尔湾登陆了8000人并俘虏了据守该要塞的法军。不过，这支土军没有前进，而是在该堡以南的滩头掘壕据守。拿破仑在集结了10000人之后，于7月25日拂晓向土军防线发起进攻。缪拉准将率一个骑兵旅冲击，结果突破了土军的防线，他还亲手砍伤并俘虏了土军司令。土军被赶进大海，数千人战死或淹死。这是拿破仑自到达埃及后的第一场真正的胜仗。

8月11日，拿破仑班师返回开罗。虽然他打了胜仗，但是情绪仍然很糟。心情沉郁的拿破仑跑到了他离开六个月的波利卡娜身边，他们长久地拥抱。突然，他朝波利卡娜转过了头说：“孩子？我们的孩子呢？”少妇遗憾地低下了头，她表情黯淡而伤感，双目中闪动着晶莹的泪花。拿破仑下了床，忽然间生气了，急忙穿上衣服。她哭了。这段时间她很情绪化，很容易哭。

拿破仑跑到了贝尔蒂埃家，开门见山地对他说道：“我要她给我生个孩子。我会娶她的。可是这个小傻瓜就是不会生！”

他没等贝尔蒂埃说什么，就神经质地离开了。这话很快传到了波利卡娜的耳里。

“天哪！那不是我的过错！”她气恼地喊道。

但是，在分手短短两天后，拿破仑又回到波利卡娜的怀抱。这天晚上，他向她倾吐他的担忧。之后，他突然眼睛发亮，朝波利卡娜俯身重复道：“为什么不给我生个孩子？我会离婚的，很快就能娶你。”

波利卡娜满口答应，但是想到自己偷了别人的丈夫，波利卡娜又感到特别沮丧，因为这个丈夫是她很不愿意偷的，可她偏偏厚颜无耻地把他偷了，而且偷得那么高兴，那么幸福，那么沾沾自喜，那么得意忘形，以至于使她觉得偷别人的丈夫没有什么不对，她永远不是妨害家庭的第三者，而别人也最好不当她是第三者。波利卡娜用纤巧的双臂紧紧搂住他，她知道从今以后自己的命运再也跟他分不开了，她把自己完完全全呈献给了他。

8月16日，从英国军舰那里得到的报纸上，拿破仑得知在他远征埃及期间，欧洲又组成了一个强大的反法同盟——儒尔当将军在莱茵河地区一败涂地；舍雷尔的意大利军在利沃里和其他地方都吃了败仗；举国上下惊惶不安，一片混乱。“祖国处于危险之中！”这对拿破仑的确是一个很好的借口。他决定返回法国。

在动身之前，他没有告诉任何人。他叫来了波利卡娜：“我知道你很勇敢。听我说，我要回法国，那里的情况非常可怕。我们的军队在德国、在意大利到处遭到打击，奥地利人和俄国人正准备入侵我们的国家，旺代省又一次暴动，饥饿和无政府的社会混乱到处可见。由那些无能的享受主义者组成的督政府正将法国带向灭亡。我必须回去。”

波利卡娜失声啼泣：“带上我！”

“这太危险了！我会被英国人抓住的。”

波利卡娜哭了，恳求了，但拿破仑毫不动摇。第二天，他将这位年轻的女人托付给了克莱贝尔。

8月18日，他带了一批精心挑选的将士，趁着夜幕悄悄离开了开罗，声称他要去上埃及视察，却登船沿尼罗河而下。他抛弃了他的部队，也抛弃了他的情妇，仅留给克莱贝尔一封信，命令他代理东方军团司令。

8月23日，他在拂晓的微风中从亚历山大港起航回国，抱着深深的遗憾离开了埃及。