正当拿破仑在米兰城里尽情地享受他的胜利欢乐时，奥地利的部队已退到明乔河岸的后面一条河的要塞——曼图亚城内。

1796年5月下旬，在意大利战场上的法军主力经过短时间的休整之后，在拿破仑的率领下，向东挺进追击奥军残部。法军一路攻占佩斯基拉、卡斯特诺福和维洛纳，几天后，法军占领了威尼斯共和国领土上最大的城市布里西亚。紧接着，法军继续向加尔达湖至曼图亚一线挺进。5月底，法军终于抵达了奥地利人在北意大利赖以生存的最后一道天然障碍明乔河，逼近了伦巴第的最后一个重镇曼图亚。

屡遭战败的博利厄一路望风而逃，多次向上司表示他已经无力抵御法军。他在曼图亚留下12000名守备队后，便北上进军，通过罗韦雷托到达特兰托。此时，拿破仑开始对欧洲最著名的军事要塞曼图亚展开围攻。

曼图亚位于波河和明乔河交汇处，有“意大利锁匙”之称。明乔河里汇集了加尔达湖过剩的湖水，流经30英里之后与波河汇合。这个坚固的要塞地形险恶，被两个大湖和烟瘴的沼泽包围和保护着，地势对作战双方都是致命的因素。只要奥军坚守下去，他们的阵地就固若金汤。而且，奥地利皇帝为了保住他对意大利的控制，下定决心为曼图亚解围。但法军要控制北意大利，并打通前往德奥之路，此要塞就是必争之地，哪怕不惜代价，也是志在必得。

6月，拿破仑的骁将奥热罗和沃布瓦征讨罗马教皇领地和托斯卡纳成功，迫使23岁的罗马教皇庇护六世割地求和。条约规定教皇用梵蒂冈教廷的大量黄金和名画作为赔偿，并割让安科纳。惊恐万分而毫无防御能力的佛罗伦萨、弗拉拉和里沃那相继为法军打开城门。至于热那亚，现在也被虚张声势的缪拉占领。在这些城市缴获的火炮被法军用骡马拉到了曼图亚。

奥军方面鉴于博利厄屡屡出师不利，奥皇派了莱茵战线上享有盛名的维尔姆泽元帅前来接替他。维尔姆泽是奥皇最年轻的元帅，他在莱茵战线上抽调了30000名精锐部队，并在上任途中从善战的提罗尔居民中征召了一些新兵，使得意大利战线上的奥军达到60000人，法军在数量上再次处于劣势。奥军统帅维尔姆泽非常得意，曾夸下海口说：8月底以前奥军将重占米兰，意大利将是法军的坟墓。

6月底，说到做到的维尔姆泽兵分三路，从北部加尔达湖的两翼浩浩荡荡而来。维尔姆泽派副手科斯达诺维奇率领一支部队去占领加尔达湖西岸，从侧面进攻法军，自己则指挥主力沿阿迪杰河两岸向曼图亚进军。他还派达维多维奇率部队进攻莱尼亚戈，以牵制法军。然而，维尔姆泽复制了前任博利厄的错误：他的三个纵队互不关联，不能互为犄角，尤其是科斯达诺维奇分队与其他两路纵队中间还横亘着宽阔的加尔达湖面。敏锐的拿破仑一眼就发现了破绽，他立即决定暂时放弃对曼图亚要塞的围攻，集中兵力将得不到其他两路纵队支援的科斯达诺维奇分队先围而歼之。

维尔姆泽万万没有想到拿破仑另有所图，对拿破仑的计划变动毫无所知，还以为是法军因对自己的恐惧而仓皇撤退。正当他幻想着全面胜利的时候，传来了不幸的消息，拿破仑军队击溃了科斯达诺维奇部队，科斯达诺维奇率残部已退向老巢提罗尔。

但是，7月底，马塞纳在维洛纳又一次遭到奥军的突然打击，于7月29日舍弃军事重镇维洛纳而逃。同时，在加尔达湖西岸，18000名奥军攻下了萨洛，接着里沃利和卡罗纳相继失守。维尔姆泽不费吹灰之力进入了曼图亚。他向奥皇报捷说，他在阵地上缴获了法国的180门大炮。

拿破仑要避免战线拉得过长的法军全面崩溃，就必须抽出兵力阻止维尔姆泽几路军队的合围。

8月5日，拿破仑将塞吕里耶师的25000人马带到了俯视卡斯蒂里恩的高地上。马塞纳师首先向奥军的右翼发起进攻，刚刚交手，法军便力不能支，匆匆向西北方向败退。维尔姆泽喜出望外，当即命令奥军对马塞纳师发起追击，他决心抓住这一有利时机，一鼓作气，迅速打通与科斯达诺维奇的联系。然而，正当维尔姆泽将自己的预备队投入到右翼的时候，一场大规模的进攻却在奥军的左翼开始了。法军12门重炮一起发射，对奥军发起突袭，打得奥军惊慌失措，维尔姆泽这才明白法军匆匆撤退只不过是一个圈套。

攻击奥军左翼后，经过整夜的急行军，马塞纳和奥热罗出其不意地出现在奥军右翼，将维尔姆泽逼退到明乔河一线。拿破仑的强制急行军又一次得到了回报，他于8月7日夜晚夺回了维洛纳。维尔姆泽立足未稳便在外围吃了几场败战。罗纳托和卡斯蒂里恩两镇也回到拿破仑手中。

战斗进行了7天，在毫无屏障的平原争夺战中，双方都付出了巨大的代价，法军伤亡近10000人，奥军伤亡17000人，平民百姓死伤无数，被摧毁的民宅建筑以及被奸淫的妇女更是不计其数。血流成河，尸体遍野。

7天中，拿破仑从没有脱过靴，也没有睡过一夜安稳觉，无休止地急行军，一仗接着一仗，3天之内累死了5匹战马。他深知这场战役鹿死谁手尚无定论，连他自己的事业也吉凶难料。疲惫不堪、屡吃败仗的维尔姆泽历尽艰辛回到了司令部所在地特兰托，心情极为沮丧。他大骂拿破仑：“简直是疯子，是魔鬼！”

在维洛纳，拿破仑乘隙整顿队伍。为了重振法军士气，在充满敌意的意大利人面前显示他必胜的决心，自进入意大利以后，拿破仑第一次举行了阅兵式。

陷入困境的奥军统帅维尔姆泽并不甘心失败，他重新集结了50000兵力，打算再次奋力解除曼图亚之围。他亲率30000人从特兰托经由布兰塔的狭道向曼图亚进发，命达维多维奇率20000人留在罗韦雷托以掩护提罗尔。维尔姆泽的军队长驱直入到达巴萨诺。结果，9月4日，马塞纳和沃布瓦迎头痛击在罗韦雷托的奥军，将其20000人马打得溃不成军。两天后，拿破仑命令这支部队强制急行军增援巴萨诺。在那里，拉纳和缪拉两师于9月8日又一次大获全胜。维尔姆泽带着16000名残兵，逃过了马塞纳的阻截，于9月12日抵达曼图亚。此后，维尔姆泽及其23000名守备队在曼图亚固守城池。

这段时间，莱茵战线上（北路）的法军战绩却很不佳，儒尔当将军被奥地利查理大公的军队击退，莫罗将军在奥军的压力下作“战略性”的退却。因此，奥军得以从莱茵战线上调集两个军团约46000人，由享有盛名的、年过六旬的老将阿尔文齐元帅率领，前去解救曼图亚的维尔姆泽，这样，奥军的总兵力将达到69000余人。

此时，疟疾和伤寒在两军军营流行。拿破仑的部队几次战斗损失后，剩下30000余人，其中14000人暂时失去战斗力，仅剩9000名士兵继续围困曼图亚，另外8000人运动作战。拿破仑不得不一边应对疾病，一边扩整军队。双方一个月内没有交战。

奥军增援部队有足够的时间向曼图亚推进，但奥军将领好像受过统一培训一样，分兵作战的错误又一次在阿尔文齐身上重犯。他决定从不同方向同时向法军发起进攻。阿尔文齐自己率25000人朝着正面方向挺进布兰塔河，另一支部队约21000人由达维多维奇率领，沿阿迪杰河谷直下提罗尔。

拿破仑得知奥军各路纵队已开始行动，且各路军之间分得很开，便如法炮制上次的战术，派伏布阿和马塞纳驻守特兰托和巴萨诺，以迎头阻击阿尔文齐元帅的推进。但由于这支部队是奥地利的精锐部队，他们人数众多、来势汹汹，伏布阿和马塞纳顶不住阿尔文齐的进攻，沿阿迪杰河谷败退。拿破仑只得留下8300人包围曼图亚，自己率28000人立即前去接应马塞纳，阻止阿尔文齐从维琴察向西同达维多维奇会师。两军在维琴察发生了激烈的遭遇战。法军慢慢在退却，一直退到维罗纳。拿破仑在此地设司令部。此时，拿破仑非常生自己的气，他学会了敌人的错误——分兵多处，战线超长。他把对自己的愤怒发泄到伏布阿的败军身上，他骂道：“你们让我大为生气，你们居然让人从一夫当关万夫莫开的阵地上赶了出来。你们不配当法国兵士！你们不属于意大利军团！”几句话说得这些将军热泪纵横，士兵们呼喊着：“只要再让我们打一次冲锋，看我们像不像意大利军团！”其实，拿破仑并不是真的骂他们，而是提醒自己改变战术——集中优势兵力，各个击破。他决定首先在达维多维奇同阿尔文齐会合前，击溃阿尔文齐的军队。当阿尔文齐的军队抵达卡列迪耶罗时，他命令马塞纳率军冲向这个阵地。交战时，狂风暴雨大作，法军进攻十分困难。尽管马塞纳使出浑身解数，但仍被奥军击退，法军骑兵主力被俘。拿破仑的军事计划变成了惨遭屠宰的计划，他甚至有了死到临头的感觉。此时，他只有两种选择：战败或进攻。

在这紧急关头，拿破仑采取了更为大胆、出人意料的行动。当晚，拿破仑仅给基尔马内留下1500人防守维罗纳，其余部队全部后撤，佯装退到曼图亚。不久，他的队伍又转向阿迪杰河，迂回到阿尔文齐军的尾部阿尔科拉村，冒险地把自己置于阿尔文齐和达维多维奇之间。阿尔科拉村四周都是沼泽地，完全没有道路，只有狭窄的堤坝通往村内。如果战败则会进退两难，而有21000人守在卡列迪耶罗的阿尔文齐显然认为自己是相当安全的。

11月15日拂晓，法军分兵三路，沿通往阿尔科拉村的三条堤坝冲锋。奥军始料不及，起先还以为是法军轻装部队的突袭，后来才弄清真相。奥军顽强地把守着这几条狭窄的通道。奥热罗渡河北进，率领第一纵队冲到阿尔科拉村桥头，猛攻不下，伤亡惨重，被迫退兵。这时，抢占洛迪桥时那一幕精彩的场面又重现了，拿破仑当即抓起一面法国三色旗，奋不顾身地朝有重兵把守的阿尔科拉桥头堡冲去，奥热罗等人抓住这位不顾死活的司令官，用力将他拉回，劝他保持理智。

混乱之中，拿破仑掉下堤坝，陷入沼泽，行将灭顶。这时奥军的先头部队已赶到他前面，把他和他的败军隔开。士兵们眼见拿破仑身处险境，情势紧急，高呼“救出司令”，奋勇地冲上前来，以压倒一切的气势冲垮了奥军，从沼泽中拉出满身淤泥、水草和装了满靴泥水的拿破仑，攻占了桥梁。这时，马塞纳从另一条堤坝向阿尔科拉村发起进攻。拿破仑一次又一次地下令奥热罗攻下阿尔科拉桥，但是每次都被守桥奥军击退。

战斗持续了3天，打得非常艰难，阿尔科拉桥三易其主，其间没有任何喘息机会。最后时刻，拿破仑派25名精锐骑兵，迂回到敌军的侧翼，吩咐他们在冲锋时吹响随身带的三只喇叭，并高呼：“法国骑兵来了！”果然，奥军见此情景一片大乱，他们以为法国的全部骑兵已经越过了沼泽地。趁这当口儿，拿破仑再次下令全线总攻。

突然，一颗榴弹飞来，眼见着就要在拿破仑身边爆炸，拿破仑的随从军官米尔隆立即扑倒他，米尔隆为救司令自己被炸得血肉横飞。拿破仑像一只被激怒了的狮子，咆哮着再次冲入敌阵。

11月17日，天刚蒙蒙亮，法军分纵队渡过阿迪杰河沿各个堤坝向阿尔科拉轮番进攻，搞得双方都疲惫不堪。战斗进入决定性的阶段，由于一连几天都未能攻下阿尔科拉桥，法军在阿尔波尼河上又建了一座桥，使奥热罗的9000人马过河击退了奥军。中午过后，拿破仑对阿尔科拉村发起了最后进攻。马塞纳从堤坝发起进攻，同时奥热罗从阿尔波尼河东岸进攻，阿尔科拉终于被法军攻下，阿尔文齐向北退至维琴察一线。

法军又一次在阿尔科拉战役中取得了胜利。