元祐元年十一月，作为翰林学士，苏轼首次主持进士候选馆职的考试，他在试题中说：

今朝廷欲师仁祖（仁宗）之忠厚，而患百官有司不举其职，或至于媮；欲法神考（神宗）之励精，而恐监司守令不识其意，流入于刻。

——《策问·师仁祖之忠厚，法神考之励精》

这本来颇为准确地概括了仁宗、神宗两朝施政方针的不同特点。但程颐的门生、左正言（谏官）朱光庭却借机生事，从这道策问题中截取两段，断章取义加以笺注，上表弹劾苏轼，说他“谤讪先朝”，要求朝廷予以惩治。

高太后虽是久处深宫的女流之辈，但她历经丈夫英宗、儿子神宗两朝，对于政界的恩恩怨怨见多识广，因而知人善任，稳健宽仁。读过谏章，并不相信苏轼真有不臣之心，明白谏官寻瑕摘疵是官场打击异己的惯用手段，但宋室传统尊重台谏意见，为君者不便出面反驳，以免堵塞言路，便将此事淡化处理，下诏对苏轼免罪。

苏轼认为他本来无罪，不甘心被人平白无故地诬陷，十二月十八日上章自辩：这封辩状递上去后，太后再次下诏免罪。但朱光庭不肯罢休，继续上章攻击，认为罪不当免。

臣之所谓媮与刻者，专指今日之百官有司及监司守令不能奉行，恐致此病，于二帝何与？至前论周公太公，后论文帝宣帝，皆为文引证之常，亦无比拟二帝之意。

——《辩试馆职策问札子》

按照宋朝的规定，大臣对于谏官的指责，只能自辩，不能反击，因此，朱光庭大可出言不逊，苏轼却无法以牙还牙。殿中侍御史吕陶，是苏轼的同乡好友，见此情形颇为不平，于是上疏弹劾朱光庭“假借事权以报私隙”（元·脱脱《宋史·吕陶传》），一针见血地揭发出这件事情的真实背景：

议者谓轼尝戏薄程颐，光庭乃其门人，故为报怨。夫欲加轼罪，何所不可！必指其策问以为讪谤，恐朋党之弊自此起矣。

——元·脱脱《宋史·吕陶传》引

本来这件案子十分简单，不过是洛学弟子为他们的老师报一箭之仇，高太后的处置也完全是不偏不倚的。可是，就在这时，忽然传出来一个谣言：朝廷认为朱光庭所言非是，将要罢去他的左正言之职。一石激起千层浪，苏轼当初为争免役法而得罪的那帮官员也按捺不住，纷纷登场，合力围攻，元祐党争由此公开爆发，“遂有洛党（河南派）、蜀党（四川派）、朔党（河北派）之号。洛党以程颐为首，朱光庭、贾易为辅；蜀党以苏轼为首，而吕陶等为辅；朔党以刘挚、梁焘、王岩叟、刘安世为首，而辅之者尤众”（清·毕沅《续资治通鉴》）苏轼身陷其中而无法自拔。

洛朔二党联合攻击苏轼，除了报复旧怨，还隐含着具体的政治目的。苏轼自登州召还，“曾未周岁，而阅三官”（《谢宣召入院状》），骤然之间，身入玉堂，跻位禁林，宠遇之隆，已令人侧目，何况当时又正逢司马光去世、继任宰相吕公著因为老病频频求退的微妙政局之下。按照宋朝惯例，翰林学士常为宰辅的后备人选，朝中大臣无不对此极为敏感，因此，苏轼初任翰林学士之时，人们就纷纷议论开了，照这个趋势发展下去，苏轼迟早就会拜相。于是，那些有旧怨的、有野心的，以及对苏轼的政治观点和为人处世态度不尽赞成的人，都开始想方设法要遏止这个趋势。司马光尚未去世时，侍御史孙升就曾对他说：

“苏轼为翰林学士，其任已极，不可再加。如用文章为执政，则国朝赵普、王旦、韩琦，未尝以文章名世。”

后来，他又在太后帘前上奏道：

“辅弼经纶之业，不在乎文章学问。今苏轼之学，中外所服，然德业器识，有所不足。为翰林学士，可谓极其任矣，若或辅佐经纶，则愿陛下以王安石为戒。”

可见事情已经提上日程，所以，一旦谣传朱光庭在与苏轼的矛盾中可能失败，怀着形形色色目的的人便都迫不及待地跳了出来，加入这场混战。

策问题文理显豁，并没有丝毫可以引起歧义之处，一帮官僚政客却胡搅蛮缠，死死揪住不放。

欲息波澜须引去，吾侪岂独坐多言。

——《次韵钱越州见寄》

苏轼心中渐渐明白他们的目的所在，一切不就是为了做官吗？不做官便没有这些是非纠葛。对于高官厚禄，苏轼从来就没有太大的兴趣，他随时准备放弃这个受人妒羡的职位。

逝将江海去，安此麋鹿姿。

——《次韵钱穆父会饮》

所以，他不再和政敌们做无谓的争辩，接连上了四道奏章，请求离朝外任，但是仍然没有得到批准。