第三种要闯进中国门户的势力就是西洋。明初中国对西洋的知识仍极模糊。明朝末叶最早由海路到中国的西洋人是葡萄牙人。正德年间，葡萄牙人占据广东屯门岛，旋被明军收复；又占浙江宁波的双屿、福建漳州的月港等地，又被逐；但葡萄牙殖民者总是不肯从中国离去，最终占据了澳门，这是西洋人在中国站稳的第一块地盘。

西班牙未得与中国直接交通，只在南洋与闽粤人发生正面的冲突。西班牙人在菲律宾屠杀华侨，华侨纷纷驾舟回国。明政府一向视华侨为奸民无赖之徒，不但不予保护，反倒移书西班牙总督说，屠杀华侨一事，不必视为重要，中国皇帝绝不兴师问罪。这使海外移民这支朝气正旺的汉族遭遇极大的挫折。

天启四年（1624年），中国早就知道而始终未十分注意的台湾大岛被荷兰占据，成为其向大陆发展的根据地。

除了国家的政治经济的活动外，西洋各国人在天主教的支配之下都到中国来传教。为避免士大夫的反对起见，教士多假借中国所缺乏的科学为传教的秘诀，因此也很受一部分人的欢迎。如利玛窦介绍了天体知识，解释日食、月食的原理，著有《乾坤体义》一书，又与徐光启合作翻译了《几何原本》六卷。但同时也有人直觉地感到西洋文化对中国是一种潜在的威胁，非极力排斥不可。明末清初天主教的地位，在中国士人这两种相反的意见之下，时起时伏，升沉无定。

西洋人此时一方面忙于新大陆、印度、南洋诸地的争夺与开发，一方面对于中国的实情尚未看透，所以在中国的行动还不能毫无顾忌，不敢抱过大的野心。因此这个在可能性上最大的威胁，暂时在外表上反倒不成为一个严重的问题。