第二种威胁中国的势力来自日本。嘉靖年间，倭寇大盛，他们组织武装集团，在中国沿海大抢大掠。倭寇所以能猖獗横行，有多方面的原因。一是日本经过了战国时代，商业有了很大发展，各诸侯都要求来中国通商，而官方贸易不能满足其要求，于是就组织武装进行抢掠。二是中国沿海地区也由于工商业发达，许多豪族大姓及海商巨贾都私自出海贸易，并且与日本倭寇相勾结，著名的头子有许栋、李光头、汪直、徐海等，这些海盗集团对明末倭乱要负一部分的责任。这可说是国家不知扶助方兴的闽粤人向海外正常发展所收获的变态结果。

同时，人才的缺乏与政治的腐败又使这种中日合作的海寇难以平定。例如，嘉靖二十六年（1547年），浙江巡抚朱纨擒杀了海盗首领李光头及奸商等九十六人，但以通倭谋利的闽浙官僚豪绅群起攻讦，指使在朝官员诬陷朱纨擅杀良民，朱纨被迫服毒自杀。朱纨死后，海防更加废弛。嘉靖三十四年（1555年），有一股倭寇不过七十二人，竟然深入内地，直达南京，南京明军与之接战，死者八九百人，此七十二人不折一人而去。明朝官吏和官军的腐败无能，于此可见一斑。

但倭寇终是小问题，日本内部平定后倭寇自息。对明真正有危险的是方才安定强盛的日本国。日本关白（宰相）丰臣秀吉统一日本后，矛头直指朝鲜和中国。若非朝鲜的缓冲与丰臣秀吉的早死，最少中国一部很有一个日本朝代出现的可能。