元为整个的中国初次陷于外族，又是唯一不肯与中国同化且想同化中国的外族，所以中国人对其反抗也最烈。同时蒙古本身并不十分健全，帝位承继的问题始终未得解决，当继位的人很少得立。此种情形，加以种种有意无意的暴政，再逢严重的天灾，就很自然地引起民变。

元成宗以后，继位的是海山，即元武宗。武宗以后，是爱育黎拔力八达，也就是元仁宗。武宗是依靠爱育黎拔力八达的拥立而登上帝位的，他精通军事，而昧于政事。他一登位，立即任用亲信，遥授官职，排斥世祖忽必烈时代的旧臣，造成朝政紊乱。由于滥封滥赏和无节制地建佛寺、崇佛事，财政危机加深。武宗即位后四个月，就已开支银四百二十万锭。连年灾荒，农民破产，流离失所。武宗即位的第二年正月，绍兴、台州、庆州等六路，发生饥荒，死者甚众，饥户达四十六万。六月，山东、河南大饥，有父食其子者。第三年蝗灾遍及南北各地，黄河在归德府决口。他在位期间，灾害没有间断过。自至正二年（1342年）后，黄河连年泛滥成灾。脱脱复相后，贾鲁被任命治河。至正十一年（1351年），黄河决口。元政府修河，发动民工十五万，另外还有在庐州各地的军队两万人。命贾鲁以工部尚书充河防使，开凿新河道二百八十里引黄河汇合淮河入海。经过五个多月，“河复故道”。但由于连年的灾荒，人民流离失所，修河的官吏从中舞弊，政治上的危机加深，所以黄河开凿之日，成了大起义爆发之时。

最初起事的人一方面利用历代必有的妖言，一方面利用深入人心的排外复国的心理。颍州（今安徽阜阳）人刘福通和栾城（今河北栾城西）人韩山童等以白莲教积极组织起义。他们宣传“弥勒下生”，“明王出世”，同时，散布民谣：“莫道石人一只眼，此物一出天下反。”并且把凿好的一个独眼石人，埋在黄陵岗（山东曹县西南）附近黄河的河道上。民工开河道时掘出这个石人，远近的百姓都轰动了。至正十一年（1351年），韩山童、刘福通等于颍州的颍上（今安徽颍上）聚集三千多人，准备起义。起义者宣称韩山童是宋徽宗的八世孙，发布文告说，要“重开大宋之天”。此后，起义的烽火点燃元朝各地，最后由朱元璋创建了二百五十年来所未有的汉人自治的一统帝国。