一种文化潮流必有它借以表现的机关或工具。书院就是理学的机关。于唐朝后期，书院与新儒学同时产生，宋初两者也同时盛行。南宋时理学极盛，同时书院也最多，甚至已发展到泛滥的程度。

北宋初年，私人讲学的书院大量产生，陆续出现了白鹿洞、岳麓、睢阳（应天府）、嵩阳、石鼓、茅山、象山等书院。其中白鹿洞、岳麓、睢阳（应天府）、嵩阳书院并称为中国古代四大书院。绍熙五年（1194年），朱熹扩建岳麓书院，学生达千余人。他又以白鹿洞书院作为研讨、传布理学的中心。其建置、规约，乃至讲授、辩难等方式，无不受禅宗寺院的影响。各派理学家的书院相继而起，如理学心学派陆九渊的象山书院、理学婺学派吕祖谦的丽泽书院等。南宋先后兴建的书院总数达三百所以上，书院大多得到官方的支持。书院与州县官学，成为南宋地方的主要教育机构，书院大多又是理学的传布中心，理学因而益盛。