秦汉时代第三种宗教的潮流，并且是神秘成分最多，而同时对儒道两家都有极大影响的潮流，就是烦琐的阴阳谶纬学。此学有两个大题目。一个就是附会扩大《洪范》而产生的“五行灾异说”，一切非常甚至平常的事都用这个万能的学说解释。《洪范》原是商代贵族政权总结出来的统治经验。“洪”的意思是“大”，“范”的意思是“法”。“洪范”即统治大法。它的中心思想是，倡导一种基于上帝意志的神权政治论，强调按照神的旨意建立最高统治准则——“皇极”，以保障“天子作民父母，以为天下王”。认为龟筮可以决疑，政情可使天象变化，后成为汉代“天人感应”思想的理论基础。董仲舒、刘向等人均鼓吹阴阳五行、天人感应之说。

阴阳谶纬学的第二个大题目就是“五德终始说”。“五德终始说”是战国时的阴阳家邹衍所主张的历史观念。“五德”是指五行木、火、土、金、水所代表的五种德性。“终始”指“五德”的周而复始地循环运转。邹衍常以这个学说来为历史变迁、皇朝兴衰作解释。后来，皇朝的最高统治者常常自称“奉天承运皇帝”，当中所谓“承运”就是意味着“五德终始说”的“德”运。

秦自认为水德，汉犹豫不定，开始定为土德，但直到西汉将亡时自己仍不能确知以往二百年到底由何德支配。汉室中兴，光武才最后决定汉为火德。五德终始的学说在王莽与东汉之际最为盛行。王莽要假借这种《推背图》式的预言学作为他篡汉的工具。汉朝是火德，他制造各种预言和祥瑞，使世人相信，火德销尽，土德当代。光武又用它作为汉室复兴的根据，告天祭神，以确定自己政权的合法性。

中兴居然成功之后，光武对谶纬更加崇信，平常极大方的皇帝对于怀疑谶纬的人也很不大方。当时的经学家桓谭上书反对谶纬，认为荒诞不经，光武帝很不高兴，说：“桓谭非圣无法，将下斩之！”谭叩头流血，才得以保命，后被贬官外放，病死于途中。