玄奘唯识学的理论旨趣，主要在于建构形成一种修持成佛的唯识学理想境界，而这一境界的显现，正是通过人们心体中本所具有的阿赖耶种子识的修炼转智来完成的。玄奘在印度求法期间，曾经提出了一个有名的“真唯识量”，即唯识学的命题，全文是这样的:

真故，极成色，定不离眼识(宗);

自许初三摄，眼所不摄故(因);

如眼识(喻)!^[2]

这里的宗(命题)、因(论据)、喻(论例)“三支”，也就是因明逻辑的三段式。这个“真唯识量”的意思是说，一切客观存在的视觉对象，都离不开人的心体中的阿赖耶识，其实，它们就是由职阿赖耶种子识所变显出来的。这个命题同宋明理学中的心学派所谓“心外无物”的意思比较接近。如果将玄奘的“真唯识”命题翻译成比较通俗的语言，那说是说:例如视觉，依照大乘有宗佛教教义(“真故”)所讲，人们所共同承认的(“极成”)各种可见物质的存在，一定离不开人的视觉;因为人们承认它(色)是属于视觉器官(眼根)、视觉对象(色尘)和视觉本身(眼识)这“初三”(即“眼根”、“色尘”、“眼识”)所摄，而不仅仅是器官的缘故。所以，这种“真唯识”才是构成一切事物的根本原因。这就是说，视觉所感知的对象(色)，并不是独立存在的客观现象，而只不过是视觉本身的一种幻影。唯识宗人所追求的正是这种以阿赖耶识变显一切的唯识学境界。

在唯识宗人看来，世界上的一切都是由“识”所变。正如《成唯识论》所说:“由假说我法，有种种相转，彼依识所变。”那么，能够“变现”出一切的都是一些什么样的“识”呢?《成唯识论》又说:“此能变唯三，谓异熟、思量，及了别境识。”这就是说，能变现一切的“识”唯有“三种”，即“异熟”识、“思量”识和“了别境”识，也就是第八识、第七识和前六识，即谓之三类八识。

下就三类八识，即“初能变识(第八识)、“二能变识”(第七识)、“三能变识”(前六识)的具体内容加以略述。在三类八识中，具有决定意义的是“初能变识”即“阿赖耶识”。《成唯识论》说:“初阿赖耶识，异熟，一切种。”这即是说，“初能变识”具有三种属性:第一，就其自相而言，能够含藏各类“种子”。“阿赖耶”是“藏”的意思，它能摄藏诸法和一切种子识，而且被第七识执之为“我”，是变现一切、产生一切的本原;第二，就其果相而言，则能变异而熟或异时而熟、异类而熟。由于第八识中含藏着无数善、恶种子，其中某些部分成熟的时候，即会招感“三界”、“六道”中的各种善、恶果报;第三，就其因相而言，因为第八识能摄藏一切善恶种子，所以又叫做“种子识”。

“二能变识”即“末那识”，它具有“依彼转、缘彼，思量为性相”^[3]的特征。由于第七“末那”识，只有依靠第八识方能生起，所以它既“依彼转”，而又是“缘彼”。它又要经常仔细思量以第八识为“我”，因而，又是“思量为性相”。这就是第七识即“二能变识”是依据“初能变识”的变显而变显，它本身则应经常思量以八识为“自我”。“三能变识”其差别为六种，即眼识、耳识、鼻识、舌识、身识、意识。前五识其实就是视觉、听觉、嗅觉、味觉和触觉;第六识，关似于我们常说的意识。由于这六种识，都是以了别(缘虑)外境为特点，所以，是“以了境为性相”。在三类八识中，“初能变识”是“根本”识，是派生前七识的依据，而前六识和第七识(即“二能变识”和“三能变识”)都叫“转识”，即第七识依第八识“转”，前六识依第七、第八识“转”。所以，《成唯识论》说:“阿赖耶为依，故有末那转;依止心(指第八识)及意(指第七识)，余转识(指前六识)得生。”归根结底，根本的还是第八识。如果没有第八识，也就没有前七识。这就是说，能够成为宇宙本原而变显一切的只有第八识。

第八识又何以能够“变现”出世界上的一切?因为它的内部摄藏聚集了能够产生一切的“种子”，具有“本识中亲生自果功德差别”^[4]的功能，是说它有各种不同的能够“亲生”和“自”己相应的“果报”功能。这种“种子”又分为“本有”和“始有”两类。所谓“本有”是指无始以来就有，并能产生一切的“种子”;而“始有”是指后天才有，并由“识”的各种“现行”活动“熏习”出来的一种“种子”。所谓“熏习”就是由“熏”而成“熏习”，成习而后长养“种子”，这就叫“习所成种”。在唯识宗人看来，不但“现行”能够生“种子”，而且种子也能“生”种子。这都说明“识”的各种“现行”活动和“熏习”的作用，对“识”的变现派生活动有着重要的意义。

在阿赖耶识中储藏的种子，就其体性来说，又有以下六个方面的特征:一刹那灭。即才生无间便灭，生时即是灭时，而常住不变的“无为法”是不能成为种子;二果俱有。即种子和现行定俱不离，因果同时，相依俱有;三恒随转。谓长时间内一类相续，前灭后生，相似随转;四性决定。谓随前熏时现行的因力，遂生成善恶等性;五待众缘。是说种子本身不能孤起，必须因任自然而运行，需待众缘而和合;六引自果。谓色、心等法，都只能由各自的“因”，引各自的“果”，而非唯一因生一切果。正由于唯识种子具有刹那生灭、因果相依、待缘而动、各个引生等特性，所以，它们能辗转地分别地蔚然而生出世间的一切。

阿赖耶识中的种子，按其善恶性质来说，又分为两大类:一类，是漏于生死轮回的“有漏”种子，也称为“染污”种子。这些种子起作用时，就会使众生趋诸“流转”生死，“轮回”不息，以至于不能证得涅另一类，是不漏于生死轮回的“无漏”种子，也称为“清净”种子。当心体中的第八识经过修持磨炼而“转染成净”，“有漏种子”已被净化，而“无漏种子”在起作用的时候，就能使芸芸众生灭除一切烦恼而证得涅，即达到唯识宗人所虔心追求的修持成佛的唯识学境界。在佛教的实践中，这就叫“转识成智”的修炼过程和功夫。

在唯识宗人看来，佛家僧徒只有经过长时间的修习，才能使虽处凡位而本有的无漏智种，断彼障而起现，达到大觉位，证得觉智双俱的大菩提，进入四智相应心品的理想境界。这种四智心品的理想境界，又包括以下四个方面:一是大圆镜智相应心品。是说第八识中的有净种子起现，犹如金刚定此中心，而此智又寂静圆明，功德无边，故喻如大圆镜。二是平等性智相应心品。是说第七识处于凡位的时候，有我执而未能随第八识相转。经过修习而智起我断，遂同第八识取得平等，所以，叫平等性智。此智起时，末那识舍染得净，却与此智相应。三是妙观察智相应心品。神用无方，称之为妙。善观诸法自相、共相，无碍而转，名为观察，此智起时，第六意识即已舍染得净，与此智相应。四是成所作智相应心品。所谓成所作智，即是成就本愿力所应作之事的一种智慧。此智起时，前五识已舍染得净，即与此智相应。由此可以看出，所谓四智心品，即是经过修习使僧徒心体中的八识，从前五识到第六识、第七识，再到第八识都能舍染得净，转识成智，达到唯识学的理想境界。

这里也可以看出，在修持成佛的方法上，唯识宗不同于其他宗派，他们不讲涅、解脱，而讲转依、体悟，或者准确点说，是以转依、体悟来讲涅、解脱。唯识宗的所谓转依，就是舍杂染分而转化为清净分，亦即舍染为净，转凡入圣，转烦恼为菩提，转生死为涅。因为唯识宗所讲的阿赖耶识，并不是“心性本净”，后业才为客尘烦恼所污染，也不是清净如来藏后来才为无明尘垢所熏染，而是清净杂染同时本具，又同时依止于阿赖耶识。阿赖耶识从一开始就具有染净、善恶两个方面的二重属性。唯识宗的转依、体悟说，正是建立在这个思想基础之上。

既然阿赖耶识是一切染净之所依，那么，僧徒修习实践的最终目标就是转染成净，转识成智。问题是如何转染成净，转识成智。唯识宗把这一实践任务付之于熏习，在唯识宗人看来，只有通过长期的修持熏习，才可以达到使本识中本有的无漏种子逐渐增强、滋长、显现，而使其有漏种子也逐渐削弱、消灭、断灭。当杂染之有漏种子完全断灭，而清净之无漏种子真正显现之后，唯识学的最终目的和最高境界即转染成净、转识成智也就实现了，也就是佛徒僧众进入“涅”状态而解脱成佛了。

但唯识宗人又有五种种性之说，主张众生有性，而有一种人是永生不具三乘无漏功德种性的，因而也永远不能成佛。玄奘去印度求法期间，曾发誓愿:“圣教称众生界有一分无佛性者，玄奘今自疑不知有不?若有佛性，修行可成佛者，愿华贯挂尊颈项。”^[5]因为玄奘西行之前，亲眼看到中国佛教界多主众生有性说，担心将阐提无性的思想“传至本国，必不生信”，因此想“略去无佛性之语”。^[6]但被戒贤法师阻止。玄奘还是将一阐提无佛性的思想带回中土，并秘密传授给窥基。其实，玄奘的担心忧虑完全是多余的。因为按照唯识宗的阿赖耶识种子说，通过众生的修持熏习，无漏种子或有漏种子均可发生新的变化，产生新的果相，这就必然要整个地动摇五种种性之说，从而根本否定一分无性的佛性思想。这应是唯识宗走向中国本土化的途径之一。