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从总体的理论框架来看，两书另一鲜明特征，是结构严谨，思路清晰。《中国儒学史》将儒学的发生、发展、演变和衰落的全过程相对划分为五个时期，即:先秦为儒学形成和初步发展时期;两汉为儒学经学化时期;魏晋至隋唐为儒学玄学化和儒、释、道融合时期;宋明为儒学理学化时期;清代为儒学衰落时期。这里，著者以儒学的兴、衰和“三化”，即五个不同的历史阶段，将儒学发展演变的复杂过程，简易明白地呈现在读者面前。在著者看来，儒学不同的历史阶段，即是儒学由早期的原态演化为后来的变态的历史过程，由孔子创立并经孟、荀阐发的儒学学派，乃是原生的儒学;而秦汉以后，为了适应封建统治者的政治需要而不断调整和修正过的儒学理论形态，系汉儒和宋儒那样的“新儒学”，即变态的儒学。这样，著者便从概念范畴上，不但将原生儒学与变态儒学加以严格区分，而且将变态儒学同儒学诠释加以严格区分，从而为深化儒学研究提出了一条重要的方法论原则。这是两书的主要成绩，也是两书的新意所在。

另外，两书在史论结合方面，也颇具特色。著者在以丰富的史料论述儒学兴衰过程的同时，还提出了一些新的见解和看法，诸如在儒学对封建专制政体的维护与制约的两种社会作用，儒学是中国传统文化的主干，儒学与精神文明建设，儒学与商品经济的关系等等问题上都很有新意。书中有些观点也还值得商榷，如未将玄学化的儒学算作变态的“新儒学”。此外，《儒学在现代中国》一书的结构框架也还需要更系统化，但瑕不掩瑜。两书的出版，反映了我国儒学研究的新进展和新水平。