角膜接触镜也会导致角膜内皮细胞形态的改变，其真正原因不甚清楚，但推论与角膜缺氧造成代谢产物堆积有关。此种改变在长期戴接触镜后会发生，即使停戴半年后，此种变化仍不消失。临床上是否有意义尚不清楚，但如患者年纪大以后需行眼内手术，会使角膜失代偿的危险性增加。所以年轻时享受角膜接触镜的舒适方便，年纪大时可能需要付出代价。